“Phượng Huyền Cung Thương” kể về cuộc sống của một người đàn ông xuyên không từ thời hiện đại về thời cổ đại. Trước đó, hắn làm cha của một đứa con 6 tuổi vô cùng đáng yêu, sau vẫn làm cha nhưng lại làm cha của một đứa con trưởng thành vừa kiêu ngạo, vừa lạnh nhạt.
Một người đàn ông 32 tuổi như hắn đã từng có một gia đình ba người hạnh phúc. Thế nhưng, ngay khi sự nghiệp hắn xuống dốc, vợ hắn lại vì lợi ích tiền bạc trước mắt mà yêu cầu ly hôn với hắn. Hắn cũng không có cách nào níu kéo, chỉ đành để vợ rời xa mình lấy một người đàn ông khác. Cuộc hôn nhân bảy năm cứ như vậy hoàn toàn kết thúc.
Hắn ngỡ bản thân sẽ một mình ở bên cạnh đứa con cho đến cuối đời nhưng nào ngờ, chính hắn lại là người ra đi trước. Ấy vậy mà hắn lại không chết để rồi xuyên không đến một thời đại kỳ quái nào đó. Tại đây, hắn là cung chủ của Phượng Huyền Cung, có một đứa con cứng đầu, lãnh đạm mang tên Phượng Hiên Dã. Hai cha con này từ trước tới giờ dường như không có ưa nhau cho lắm. Cuộc sống của hắn lại một bước liền thay đổi hoàn toàn.