Phe quá khích nhận thấy rằng nếu họ muốn nắm được quyền thì họ phải dùng phương cách bạo động. Mầm mống cuộc nổi loạn của phe cực hữu năm 1936 là ở đó. Các sĩ quan trẻ đã hoạch định một cuộc nổi loạn để cướp chính quyền. Sáng sớm ngày 26-2-1936, bốn trung đoàn trong đó có cả Binh Sĩ Phòng Vệ Hoàng Gia, mở một chiến dịch ám sát các nhân vật trong chính phủ và quân đội. Nhiều tướng lãnh, đô đốc và các nhà lãnh đạo chính trị bị giết chết. Các sĩ quan trẻ chiếm Bộ Chiến Tranh và trụ sở Quốc hội, nhưng họ thất bại không chiếm được Bộ Hải Quân.
Mục tiêu hàng đầu của các sĩ quan phản loạn là giết cho được thủ tướng ôn hòa Okada. Nhưng Okada thoát chết nhờ lòng ái quốc của người em rể. Các sĩ quan tiến vào dinh thủ tướng để giết Okada lại không biết mặt Okada. Ðêm đó người em rể của Okada đến chơi và ngủ lại trong dinh thủ tướng. Khi quân phản loạn bao vây dinh và tiến vào lùng bắt Okada. Osaka thấy có biến vội tìm chỗ ẩn lánh. Quân phản loạn tưởng lầm người em rể của Okada là chính Okada. Người em rể cũng biết quân phản loạn đang tìm giết Okada. Vì lòng ái quốc, ông tự nhận mình là Okada và chịu chết thay cho thủ tướng. Nhờ công Lê Lai cứu chúa này mà Okada thoát nạn.
Ngay lúc quân phản loạn bắt đầu hành sự thì đô đốc Yamamoto đã có mặt tại bộ Hải quân vì đêm đó là phiên trực của ông. Ông lập tức hành động chống lại nhóm sĩ quan trẻ quá khích. Thực ra các sĩ quan cao cấp của hải quân cũng phỏng đoán các sĩ quan trẻ sẽ ra tay làm một cuộc phản loạn đảo chính. Trong nhiều tháng trời các sĩ quan trẻ của hải quân đã bị các sĩ quan lục quân quá khích tuyên truyền, kêu gọi phải đứng lên hành động chống lại khuynh hướng chính trị ôn hòa. Một số sĩ quan hải quân ngả theo phe quá khích của lục quân, nhưng một số sĩ quan hải quân trẻ khác không đồng ý, và báo cáo cho các sĩ quan cao cấp hải quân biết những dự định của phe quá khích.
Các đô đốc của bộ Hải quân đã sửa soạn phòng ngừa. Ðô đốc Inouye đã bố trí sẵn một chiến xa trước cửa bộ Hải quân để phòng hờ. Inouye lấy cớ rằng đặt một chiến xa trước cửa bộ Hải quân như vậy là để dân chúng Nhật làm quen với vũ khí quân xa. Các đô đốc cũng chuẩn bị cho Ðệ Nhất và Ðệ Nhị hạm đội phải can thiệp. Nếu phe phản loạn chiếm trụ sở Quốc hội, hải quân phải sẵn sàng phản công và phá hủy bình địa trụ sở Quốc hội cùng với quân phản loạn. Hải quân chỉ cần ba loạt đại pháo từ tầu chiến tại hải cảng cũng đủ hoàn thành nhiệm vụ. Một đơn vị đặc biệt hải quân đã được thiết lập để ứng phó trong cuộc giao tranh này.
Tuy nhiên cuộc nổi loạn không thành công. Ngay khi cuộc nổi loạn bắt đầu, đô đốc Yamamoto biết rõ tình thế, nhưng ông không có thẩm quyền ra lệnh cho chiến hạm và phi cơ oanh kích giải vây. Ông chỉ có thể gửi một chiếc xe cứu thương tới tư gia của đô đốc Kantaro Suzuki, đại thị thần của Nhật Hoàng. Ðô đốc Suzuki bị trúng bốn phát đạn của quân phản loạn nhưng không chết. Việc ám sát đô đốc Suzuki chứng tỏ việc hỗn loạn vô trật tự trong hàng ngũ phản loạn. Phe phản loạn chiếm một số công thự nhưng không có khả năng và thực lực khởi lên một cuộc cách mạng. Chỉ vài giờ sau Nhật Hoàng tuyên bố thiết quân luật tại Ðông Kinh. Khi viên tướng già tùy viên quân sự của Nhật Hoàng phản đối lệnh thiết quân luật, Nhật Hoàng cho biết sẽ tự mình hướng dẫn Vệ Binh Hoàng Gia đi dẹp loạn. Khi phe phản loạn nghe biết lòng cương quyết của Nhật Hoàng thì cuộc khởi loạn lập tức tan rã. Cuối cùng 13 sĩ quan trẻ bị buộc tội phản quốc và bị xử tử.
Cuộc nổi loạn năm 1936 đã đưa đô đốc Yamamoto vào chính trường, một lãnh vực ông không thích và đem lại cho ông nhiều hung hiểm hơn là ngoài chiến trường. Sau khi cuộc nổi loạn thất bại, phe quá khích trong lục quân và hải quân im lặng hơn trước, nhiều tướng lãnh phải về hưu và thủ tướng ôn hoà Koki Hirota đứng ra lập chánh phủ. Vì ngả theo phe quá khích, đô đốc Osumi mất chức bộ trưởng hải quân và đô đốc Nagano được chọn thay thế. Nagano muốn Yamamoto làm thứ trưởng cho mình, vì Yamamoto nói giỏi tiếng Anh và thông thạo các vấn đề Anh Mỹ; ngoài ra trong hội nghị tại Luân Ðôn, Yamamoto đã chứng tỏ là một nhà ngoại giao có tài, và quan điểm ôn hòa của Yamamoto đối với Anh Mỹ rất trùng hợp với chủ trương của thủ tướng Hirota.
Thoạt đầu Yamamoto từ chối không nhận chức thứ trưởng, vì ông vốn không ưa chính trị, và ông rất yêu thích nhiệm vụ phát triển không lực cho hải quân của ông. Nhưng khi đô đốc Nagano đặt trách nhiệm và lòng ái quốc ra thì Yamamoto đành phải miễn cưỡng chấp nhận bước vào sân khấu chính trị. Thế là cuối năm 1936, đô đốc Yamamoto bước vào một lãnh vực mới, thiên về chính trị ngoại giao hơn là quân sự. Ông dùng hết khả năng ngăn chặn không cho phe quá khích nắm được quyền hành. Ðây là giai đoạn nguy hiểm nhất trong suốt cuộc đời của ông. Chỉ vài ngày sau khi nhận chức thứ trưởng, Yamamoto trở thành mục tiêu ám sát số một của phe ái quốc cực đoan.
Phe cực đoan vô cùng bất mãn trước quan điểm của Yamamoto khi ông cho rằng khai chiến với Hoa Kỳ là một hành động tự tử, vì sức mạnh kinh tế vô song của Hoa Kỳ trong thời kỳ đó. Khả năng kỹ nghệ của Nhật Bản rất có giới hạn. Trong năm 1936, trên ba triệu công nhân Nhật thất nghiệp, và tài nguyên chiến tranh của Nhật quá thiếu kém. Nhưng phe quá khích bác bỏ những con số thống kê của Yamamoto đưa ra, và cho rằng Nhật Bản đã chiếm được Mãn Châu là một xứ rất giầu tài nguyên như sắt và than đá; quân Nhật cũng có thể lấy được đồng tại Phi luật tân và tại những nước Ðông nam á khác; Mã lai á sẽ cung cấp cao su cho Nhật và dầu hỏa tại Nam dương thừa cho nhu cầu chiến tranh của Nhật.
Công việc của thứ trưởng hải quân không đem lại cho Yamamoto nhiều hứng thú. Trước hết phần vụ của Yamamoto là lo về hành chánh và phải ủng hộ quan điểm của bộ trưởng. Yamamoto không khâm phục cấp trên của mình là đô đốc Nagano, nhất là quan điểm của Nagano khác với quan điểm của ông về sự hợp tác với Ðức và Ý. Yamamoto cực lực bác bỏ sự hợp tác với Ðức và Ý. Ngay khi ông công du tại Âu châu, ông từ chối không thèm gặp Hitler, mặc dầu Hitler rất muốn gặp ông, một người có nhiều triển vọng nắm hải quân Nhật. Dần dà phe trung dung của lục quân bắt đầu thắng thế. Ðể tránh một cuộc khởi loạn thứ hai, phe trung dung của lục quân loại trừ hết những người bất mãn khỏi những chức vụ then chốt, và thay thế bằng những người của phe mình. Trong dịp này, tướng Ðông Ðiều được bổ nhiệm làm tư lệnh Quân đoàn Quan Ðông tại Mãn Châu, một chức vụ rất nhiều quyền hành.
Khi phe của Ðông Ðiều củng cố được quyền hành rồi thì mục tiêu của họ cũng giống như phe quá khích. Chính phủ Hirota chủ trương hòa bình và quyền chính trị phải thuộc chính phủ dân sự càng ngày càng suy yếu. Ðầu năm 1937, trong một cuộc tranh chấp với phe lục quân, thủ tướng Hirota thất bại và phải từ chức. Không một chính phủ Nhật nào hoạt động được mà không có vị bộ trưởng chiến tranh. Bộ trưởng chiến tranh do lục quân chỉ định, và phải là một tướng lãnh. Nếu vị bộ trưởng chiến tranh đi theo chính phủ dân sự thì phe lục quân cho vị bộ trưởng ấy về hưu ngay, và bổ nhiệm một ông tướng khác thay thế. Nếu lục quân không đồng ý với chính sách của chính phủ dân sự, lục quân sẽ bắt ông tướng bộ trưởng bộ chiến tranh phải từ chức. Ðiều này đã xảy ra cho thủ tướng Hirota. Bộ trưởng chiến tranh từ chức và lục quân không chịu đề cử người thay thế. Hirota không thành lập được chính phủ và phải từ chức.
Chính phủ kế tiếp do tướng Hayashi, một người ôn hòa, thành lập. Hayashi có được sự ủng hộ của lục quân. Tân bộ trưởng hải quân là đô đốc Mitsumasa Yonai, vốn là bạn cũ của Yamamoto trong trận Nga-Nhật chiến tranh. Lúc đó Yonai là trung úy còn Yamamoto mới chỉ là thiếu úy. Hai người ở chung với nhau và rất ý hợp tâm đầu. Vì thế Yonai rất vui mừng giữ Yamamoto tiếp tục làm thứ trưởng cho mình. Trước khi về làm bộ trưởng hải quân, Yonai là tư lệnh toàn thể hạm đội Nhật, một chức vụ tuyệt đỉnh trong hải quân mà đô đốc nào cũng mơ ước. Hai người bạn cũ cùng chia xẻ một mục tiêu là cố gắng ngăn chặn sự điên rồ của phe lục quân đang muốn xô đẩy Nhật Bản vào con đường chiến tranh.
Mặc dầu thủ tướng Hayashi là một ông tướng, nhưng ông ta cũng không kiểm soát được lục quân, và chính phủ của ông chỉ đứng vững tới tháng 5-1937 vì sự xung đột giữa hai phe quân sự và dân sự trong chính phủ. Nhật Hoàng đứng trước một vấn đề khó xử. Nếu Nhật Hoàng bổ nhiệm một ông tướng ra lập chính phủ thì không khác gì đặt cả đế quốc Nhật vào tay lục quân. Lúc đó lãnh tụ phe lục quân là tướng Sugiyama. Nhưng cuối cùng Nhật Hoàng chọn hoàng thân Konoye làm thủ tướng vì Konoye là một người được cả phe quân nhân và dân sự kính trọng. Phe lục quân tạm thời giữ thái độ trông chờ xem thủ tướng Konoye hành động thế nào. Konoye giữ hai đô đốc Yonai và Yamamoto tại bộ hải quân để quân bình lực lượng với phe lục quân. Một sai lầm của Konoye là bổ nhiệm tướng Araki làm bộ trưởng giáo dục. Lục quân không bỏ lỡ cơ hội thay đổi chính sách giáo dục, đề cao quan điểm: Tất Cả Cho Nhật Hoàng!
Tháng 6-1937, tướng Ðông Ðiều từ Mãn Châu gửi một báo cáo quan trọng về Ðông Kinh, cho biết người Trung Hoa mỗi ngày một mạnh hơn và đã ký kết thỏa hiệp phòng thủ chung với Ngoại Mông. Sự kiện này hăm dọa những toan tính của Nhật tại Nội Mông. Ðông Ðiều đề nghị Nhật Bản phải ra tay trước khi Tưởng Giới Thạch củng cố được sự phòng thủ. Ðề nghị của Ðông Ðiều được chính phủ Nhật tán đồng, và cuộc chiến tranh Trung Nhật đẫm máu đã xảy ra.