Việc đóng tầu tuy có nhộn nhịp, nhưng người Nhật che dấu các hoạt động này rất kỹ. Các cơ xưởng đều có những hàng rào kín thật cao để che cản mọi con mắt tò mò, và việc bảo vệ an ninh quanh những xưởng đóng tầu thực là cực kỳ nghiêm mật. Ðô đốc Yonai vẫn tuyên bố rằng Nhật bản không thể đuổi kịp hải quân Anh Mỹ, và không có ý định đóng thêm chiến hạm. Trong khi Yonai tuyên bố như vậy thì công việc đóng chiến hạm vẫn tiếp tục mạnh mẽ hơn bao giờ hết.
Hầu hết các đô đốc Nhật rất hào hứng với việc đóng các đại chiến hạm cho hải quân Nhật, trừ đô đốc Yamamoto. Yamamoto đã mạnh mẽ phát biểu quan điểm của mình, nhấn mạnh rằng các đại chiến hạm đã lỗi thời rồi. Bây giờ phải là thời của hàng không mẫu hạm, một sự phối hợp chiến đấu giữa hải quân và không quân. Các đô đốc già không đồng ý với quan điểm của Yamamoto, nhưng các sĩ quan trẻ đang vươn lên trên nấc thang quyền bính đứng về phe Yamamoto.
Yamamoto gay gắt chỉ trích việc đóng đại chiến hạm. Ông nói: "Những đại chiến hạm chẳng khác gì những bức trướng tôn giáo mà người ta treo trong nhà. Chúng chỉ tạo ra một niềm tin tưởng chứ không có ích dụng thực tế. Giới quân nhân thường mang theo những hào quang của chiến trận quá khứ bên mình. Họ mang những thanh kiếm cổ lỗi thời và họ không thấy rằng những thanh kiếm ấy nay chỉ là những vật trang trí mà thôi. Sự ích lợi của những đại chiến hạm cho Nhật bản trong chiến tranh tân thời cũng tương tự như là thanh kiếm võ sĩ đạo vậy."
Dần dần quan điểm của Yamamoto có vẻ chiếm ưu thế và hai mẫu hạm mới được ra đời, đó là các mẫu hạm Shokaku và Zuikaku, mỗi chiếc nặng 30 ngàn tấn, và có tốc độ 34 hải lý một giờ, nhanh hơn các mẫu hạm lớn của Nhật đang có là hai chiếc Akagi và Kaga. Vẫn có một số người chỉ trích quan điểm của Yamamoto và cho rằng chủ trương của Yamamoto rất nguy hiểm cho Nhật Bản. Giới chiến lược gia cổ điển quan niệm rằng chỉ có chiến hạm mới đánh hạ được chiến hạm. Nhưng Yamamoto cho rằng dùng các các phi cơ phóng thủy lôi hữu hiệu hơn nhiều. Yamamoto dùng hình ảnh một con rắn hung hãn cũng có thể bị một bầy kiến đông đảo cắn hạ trong tục ngữ Nhật Bản, để cổ xúy cho việc phát triển mẫu hạm với mục đích đưa lực lượng xung kích Nhật tới gần mục tiêu. Sau này trong các trận đánh tại Trân Châu Cảng và Tân Gia Ba, người ta mới công nhận Yamamoto là người sáng suốt, đi trước những người cùng thời.
Yamamoto chủ trương chế tạo các phi cơ có tầm bay xa, vì nếu Nhật bản muốn kiểm soát Thái Bình Dương thì rất cần loại phi cơ này. Cuối thập niên 1930, ông đã có những phi cơ có tầm bay xa tới 800 dặm và chở được thủy lôi hoặc bom nặng hai ngàn cân. Năm 1938 trong cuộc Trung Nhật chiến tranh, thế giới lần đầu sửng sốt chứng kiến những phi cơ Nhật cất cánh từ đảo Kyushu tới oanh tạc tại Thượng hải, rồi trở lại căn cứ mà không cần phải tiếp tế nhiên liệu. Ðứa con tinh thần thứ hai của Yamamoto là loại chiến đấu cơ Zero. Ðây là loại chiến đấu cơ hữu hiệu nhất trong đệ nhị thế chiến, và các phi cơ này đã làm chủ không phận Thái Bình Dương trong suốt hai năm.
Khi Nhật Bản nỗ lực phát triển tiềm lực chiến tranh thì Nhật Bản đã xác định trước địch thủ của mình là ai rồi. Thoạt đầu đối thủ của Nhật tại Á châu là Nga Sô, nhưng sau khi đánh bại Nga Sô rồi thì kẻ thù chính yếu của Nhật phải là Hoa Kỳ. Sự so tài giữa hai đại cường đang phát triển tại hai bên bờ Thái Bình Dương là điều không thể tránh khỏi. Ngay sau đệ nhất thế chiến, chính sách quốc phòng Hoàng gia Nhật đã xác định Hoa Kỳ có tiềm năng là kẻ thù số một, và Nga Sô trở thành kẻ thù số hai. Tuy vậy sự bành trướng của nước Nga Sô cộng sản sau đệ nhất thế chiến đã là một trở ngại cho việc xâm chiếm Trung hoa của Nhật Bản. Thực ra thì lục quân Nhật vẫn cho rằng nếu Nhật Bản bành trướng tại Á Châu thì thế nào cũng phải xung đột với Nga Sô, trong khi hải quân nghĩ rằng trận chiến nếu xảy ra tại Thái Bình Dương thì sẽ là trận hải chiến và rất e ngại hai hạm đội Anh và Mỹ. Chính vì quan niệm khác nhau như thế nên lục quân chỉ lo đề phòng Nga Sô, và gửi những sĩ quan lục quân xuất sắc nhất sang làm tùy viên quân sự tại Mạc Tư Khoa để làm tai mắt theo dõi tình hình. Trái lại hải quân Nhật hướng cặp mắt lo âu sang bên kia bờ biển Thái Bình Dương, và gửi những sĩ quan ưu tú sang làm tùy viên quân sự tại Hoa Thịnh Ðốn. Yamamoto từng là một trong những tùy viên của hải quân tại thủ đô Hoa Kỳ.