Tình cảnh của vua Hàm Nghi như thế.
Ái ngại thay, ngài là ông vua còn nhỏ tuổi, gặp phải lúc việc nước khó khăn, đến nỗi thành mất nhà tan, đem thân đi trốn, vất vả cực khổ trăm bề! Nhiều khi dọc đường vua tôi khóc lóc với nhau, nông nỗi lưu ly, không biết thế nào mà nói cho hết. Thoạt tiên ra đi, thì còn có ít nhiều văn võ hỗ tòng, quân gia hầu hạ, rồi chẳng may giữa đường tan tác chia lìa: nào Phạm Thận Duật bỏ về, nào hữu quân Hồ Hiển bị bệnh chết; đếm số quân lính thì lúc trước đi theo còn được một trăm người, nhưng sau thấy khổ sở quá, chúng nó bỏ đi hầu hết. Sau rốt lại chỉ trơ trọi có cha con Tôn Thất Thuyết, và chưởng vệ Trần Xuân Soạn, cùng mười mấy tên lính đi theo mà thôi. Thôi thì sớm no, chiều đói, ăn uống không bữa nào toàn, nay đó mai đây, ở đâu không dám định hẳn, vì quân Pháp đuổi riết đằng sau lưng, làm cho nhà vua cứ chạy dài mãi...
Ta đã biết hồi tháng 10 năm Dậu (1885, tức là giữa năm mất kinh thành) ngài tới miền thượng du Hà Tĩnh triệu cụ Phan Đình Phùng ra khởi binh cần vương, đến ngày 16 tháng ấy quân Bảo hộ đuổi gấp quá, ông Thuyết phải đưa ngài chạy miết lên Voi Tấn, chính là miền trên tỉnh Quảng Bình, giáp với xứ Lào. Chỗ biên cương này là một xứ Mọi. Trương Quang Ngọc làm thổ tù. Rồi ngài tạm trú ở đó.
Được ít lâu, Thuyết ngó thấy ở đấy cũng tạm được yên thân nhà vua rồi, còn sự cứu vong thì Thuyết tự liệu sức mình không thể làm gì được, tất phải cầu ngoại viện hoạ là. Nhưng Thuyết không sang cầu viện Xiêm như theo kế sách của cụ Phan đã tỏ hồi trước; Thuyết đi sang Tàu, vì lão còn tin nơi thế lực nước Tàu nhiều lắm. Thuyết tâu vua Hàm Nghi đành trốn ở đất Mọi, và để hai người con ở lại hộ vệ, còn mình thì cùng chưởng vệ Trần Xuân Soạn dắt nhau sang Tàu để cầu viện binh.
Vua Hàm Nghi nương náu ở đất Mọi được hơn một năm, tuy ăn uống khổ sở, nhưng mà được điều yên ổn. Chính phủ Bảo hộ cố tâm bắt cho được ngài, nhưng vẫn chưa tìm được ra tung tích, đã hơi có ý chán nản, không biết rồi ra có bắt được hay không và đến bao giờ? Hữu chí cánh thành, việc gì cũng thế: lần hồi Bảo hộ cũng dò ra tung tích mà bắt sống được vua Hàm Nghi, vì có bộ hạ và lũ Mọi phản ngài để lập công với người Pháp.
Lối sau này, nghĩa là sau khi Thuyết đã sang Tàu rồi, tình cảnh ngài lại càng khổ sở bội phần. Còn sót lại ít nhiều tả hữu tòng vong cũng bỏ ngài lần lần mà đi, bởi chúng thấy vua bây giờ nông nỗi chìm đắm như thế, chắc cũng không còn trông có ngày nào lại trở về làm vua nữa được, vậy thì còn theo làm chi cho mệt xác? Thành ra chúng rủ nhau đi lần hồi, bỏ ngài trơ vơ, duy còn người con ông Thuyết là Tôn Thất Thiếp theo hầu ngài một cách trung thành cung kính như trước. Khổ sở lâu ngày quá không chịu nổi, ngài đâm ra bệnh thương hàn, làm cho thân thể gầy còm ốm yếu. Tội nghiệp! mỗi khi hơi có tin báo động, thì có một thằng Mọi trung thành phải lật đật cõng ngài chạy, vì tự ngài không đi được nữa.
Nhưng cái mồi vinh hoa phú quý nó xui khiến người dễ dàng làm việc phản trắc, đến quân Mọi cũng không khác gì ai!
Lúc bấy giờ ngài trốn ở một làng Mọi là Khê-ta-bao, ở miền trên châu Tuyên Hoá tỉnh Quảng Bình. Chính phủ bảo hộ phái ông đại tá Boulangier chuyên việc đem quân đi tầm nã, nhưng đã sáu tháng trời không tìm thấy tung tích đâu cả.
Trương Quang Ngọc, là thổ tù ở miệt Khê-ta-bao và chính hồi ấy vua Hàm Nghi đang nương náu trong nhà nó. Mồi phú quý động tâm, Ngọc cùng một tên đồng đảng là Nguyễn Đình Thanh lặn lội đi báo tin cho quân lính bảo hộ biết, rồi dẫn ông Boulangier về bắt vua Hàm Nghi.
Đại tá Boulangier lén dẫn quân tới vây bọc túp nhà ngài ở, lúc ấy mới độ 7 giờ tối. Ngài và hai người tuỳ tùng đang gối đầu vào thanh gươm mà ngủ say lắm, vì bụng đói, sức mệt. Chợt thấy quân Pháp tới, thày trò vùng tỉnh dậy, thì quân Pháp đã nhảy vào trong, nắm chặt lấy tay ngài, ngài biết là thằng Ngọc phản, giận lắm mắng nó rằng:
- Thằng Ngọc, mày giết tao đi, còn hơn đem tao nộp cho Pháp.
Ông Tôn Thất Thiếp thấy sự thế hỏng mất rồi, bèn tuốt gươm ra, định bụng một là giết viên quan võ Pháp để giải cứu cho vua, một là giết vua đi để cho ngài được trọn danh tiết, chứ không muốn cho ngài bị bắt. Song viên quan Pháp lanh mắt, ngó thấy cử chỉ ấy, chĩa súng ra bắn ông Thiếp chết ngay;
Vua Hàm Nghi bị bắt giữa hôm 26/6/1888. Bấy giờ ngài đã 18 tuổi.
Quân Pháp dẫn ngài về tỉnh lỵ Quảng Bình, rồi cho 80 tên lính Pháp hộ vệ ra chợ Huyện. Trong lúc đi đường, ngài thở than chửi mắng nọ kia luôn miệng. Tới chợ Huyện, quân Pháp đem xuống đò, để đưa về Huế, định cho ngài giáp mặt vua Đồng Khánh. Nhưng ông Khâm sứ Rheinart nghĩ là sự gặp mặt này vô ích, nên khi đưa về tới cửa Thuận An, thì chính phủ bảo hộ sai dẫn ngài xuống ngay pháo thuyền "Comète" chạy thẳng vào Sài Gòn. Rồi từ Sài Gòn có tàu khác, đem sang an trí ở xứ Algérie. Sang đây ít lâu, ngài kết hôn với một thiếu nữ Pháp, sinh hạ ba người con. Công chúa Như Mai học trường Canh nông ở Paris mấy năm trước đây thi đậu kỹ sư canh nông số một, là con đầu lòng. Người con trai thì hiện làm võ quan trong quân đội Pháp. Có tin nói ngài thiên cư sang Paris ít lâu rồi qua đời, cách nay vài năm.
Việc bắt được vua Hàm Nghi phát sinh vào hồi tháng 10/1888, nghĩa là sau khi thất thủ kinh thành 3 năm và sau khi Phan Đình Phùng ra Bắc một năm.
Còn Tôn Thất Thuyết bỏ vua ở giữa đường, tách mình đi sang Tàu, nói là đi cầu viện. Sang Tàu rồi, chẳng biết rằng ông có nói chuyện cầu viện gì được với quan quyền Mãn Thanh không, hay là biết tình thế nguy hiểm cô cùng rồi, nên kiếm chuyện tìm đường trốn tránh lấy thân vậy thôi. Nhiều người Pháp - trong đó Đại uý Gosselin là một - chê Thuyết hèn nhát vì cái cử chỉ bỏ vua giữa đường tách mình đào nạn như thế. Nhưng họ ngợi khen hai người con trai của Thuyết, Đạm và Thiếp, là thanh niên anh hùng.
Có người nói rằng Thuyết định đi cầu viện thật tình, nhưng mới sang Tàu ít lâu, nghe được tin vua Hàm Nghi bị bắt, thì đành ở lại nương náu tại Long Châu (thuộc tỉnh Quảng Tây, giáp giới nước ta) rồi sau chết già ở đó.
Nghe nói hồi ông chết ở Long Châu, có người Tàu hay là người Việt Nam chí sĩ vong mệnh nào đó không biết, làm câu liễn điếu như vầy:
Quý bất khả ngôn, thiên cổ trung hồn lai Tượng quận,
Tô vô di thượng, bách niên tàn cốt táng Long châu.
Hai câu này, cứ xem cho kỹ, tuy bề ngoài có ý tâng bốc Thuyết những là tôn quý như vua, tận trung với chúa, nhưng mà bề trong hình như có ngụ ý mỉa mai Thuyết một cách kín đáo.