Sau khi người Tây Ban Nha chiếm đóng các vùng rộng lớn ở châu Mỹ, thổ dân ở châu lục này phải chịu các điều kiện rất hà khắc và cả dịch bệnh. Đến năm 1600, Tây Ban Nha trở thành đế quốc rộng lớn nhất.
Sau khi các vương quốc Aztec và Inca sụp đổ, vua Tây Ban Nha sáp nhập các vùng lãnh thổ này vào đế quốc của mình. Đế quốc Aztec trở thành xứ Tân Tây Ban Nha năm 1535, do một phó vương cai quản. Sau đó, vào thế kỷ XVI, Tân Tây Ban Nha bao gồm cả các vùng của các bang California, Arizona và New Mexico (Mỹ) ngày nay. Vùng đất của người Inca trở thành xứ Peru, cũng do một phó vương cai quản. Nhiều người từ Tây Ban Nha di cư tới sinh sống ở đế quốc Tây Ban Nha mới. Các thuộc địa này do Hội đồng các xứ Ấn (Council of the Indies) đóng tại Tây Ban Nha cai quản. Nhiều đạo luật được đề ra cho các thuộc địa, chứng tỏ chính quyền Tây Ban Nha đã cố gắng đảm bảo để thổ dân châu Mỹ không bị ngược đãi. Nhưng không thể ngăn những người Tây Ban Nha tại thuộc địa ngược đãi họ. Thổ dân châu Mỹ bị buộc phải khai thác mỏ bạc và làm việc như nô lệ. Hàng triệu người chết do không có sức đề kháng các bệnh dịch đến từ châu Âu như bệnh sởi và đậu mùa. Theo chân những kẻ thực dân là các nhà truyền giáo Tây Ban Nha. Họ phá hủy đền thờ, tượng thần có từ trước và xây dựng các nhà thờ Công giáo thế vào đó nhằm cố cải đạo các thổ dân châu Mỹ.
Đế quốc Tây Ban Nha tiếp tục mở rộng dưới thời vua Philip II (1556–1598). Hầu hết quần đảo Philippin bị người Tây Ban Nha xâm chiếm năm 1571. Tiếp đó, năm 1578, vua Bồ Đào Nha Sebastian bị giết ở Morocco. Vua Philip là họ hàng gần nhất của vua Sebastian, nên ông thừa kế đế quốc Bồ Đào Nha. Đến năm 1600, người Tây Ban Nha đã có một đế quốc rộng lớn nhất thế giới, nhưng dần dần họ để mất quyền lực. Vì vua Philip chống Tân giáo ở châu Âu nên ông đã lao vào các cuộc chiến tranh tốn kém, ngốn hết số vàng bạc khai thác được từ châu Mỹ.