Quá trình phổ biến đức tin Tân giáo đã làm nảy sinh các vấn đề ở một số vùng của châu Âu. Phức tạp nhất là ở nước Pháp, nơi đã trải qua 36 năm nội chiến đẫm máu.
Nhiều người Pháp đi theo Tân giáo dòng Calvin. Phần đông dân Pháp vẫn theo Công giáo, nhưng tín đồ Tân giáo Pháp (gọi là người Huguenot) là những người có thế lực vì nhiều người là thương gia và thợ thủ công giàu có. Thời gian đầu, tín đồ Công giáo vẫn khoan dung đối với tín đồ Tân giáo, nhưng giới quý tộc (đặc biệt là gia tộc Guise theo Công giáo) và các thế lực nước ngoài đang cạnh tranh ảnh hưởng đã làm phức tạp thêm vấn đề. Năm 1560, Charles IX lên ngôi trị vì nước Pháp khi mới mười tuổi, nên người cai trị thực chất là thái hậu Catherine de Medici vốn ủng hộ Công giáo. Năm 1562, dòng họ Guise thảm sát nhiều tín đồ Tân giáo Pháp. Trong 36 năm sau đó, một loạt cuộc nội chiến đã xảy ra. Năm 1572, Catherine âm mưu tàn sát thêm nhiều tín đồ Tân giáo thế lực, và vào ngày Thánh Bartholomew, có tới 20.000 người bị sát hại trên toàn nước Pháp.
Những người theo đường lối ôn hòa kinh hoàng trước vụ thảm sát đẫm máu này, và bắt đầu từ đó, ngoài xung đột giữa tín đồ Công giáo và tín đồ Tân giáo, còn có xung đột giữa những người cực đoan và những người ôn hòa. Năm 1574, Henry III, một người con trai khác của Catherine de Medici, trở thành vua Pháp. Ông cũng chịu ảnh hưởng của mẹ, và nội chiến lại tiếp diễn. Năm 1576, Henry đạt được một thỏa thuận giữa tất cả các bên. Đó là Sắc lệnh Beaulieu, nhưng nó cũng không chấm dứt được tình trạng hỗn loạn.
Vào cùng năm Sắc lệnh Beaulieu ra đời, một nhóm Công giáo cực đoan, do Henry xứ Guise lãnh đạo, đã được thành lập nhằm phản đối sắc lệnh này, và tình hình căng thẳng giữa các phe nhóm tôn giáo lại gia tăng. Các tín đồ Công giáo ở Pháp, có đồng minh là Tây Ban Nha và những nước khác theo Công giáo, cố ngăn cản Henry xứ Navarre (theo Tân giáo) kế vị ngai vàng Pháp. Việc này dẫn tới cuộc chiến giữa ba ông vua Henry, gồm vua Henry III, Henry xứ Navarre (theo Tân giáo) và Henry xứ Guise (theo Công giáo). Vua Henry III không kiểm soát được tình hình và chiến tranh bùng nổ. Henry xứ Guise cố chiếm ngai vàng và cấm tuyệt đối Tân giáo vào năm 1585. Năm 1589, Henry III cho người giết Henry xứ Guise. Nhưng chính Henry III sau đó bị một tu sĩ cuồng tín ám sát.
Henry xứ Navarre trở thành vua Pháp Henry IV. Để xoa dịu tình hình, ông quyết định cải sang Công giáo năm 1593. Cuộc chiến tranh tôn giáo ở Pháp cuối cùng chấm dứt vào năm 1598 bằng Sắc lệnh Nantes, cho phép mọi người dân có quyền bình đẳng và tự do tôn giáo. Tuy nhiên, vào thế kỷ XVII vẫn còn tình trạng rối loạn, và vào những năm 1680, nhiều tín đồ Tân giáo Pháp rời bỏ đất nước để bảo toàn tính mạng.
1533 Catherine de Medici cưới Henry II của Pháp
1559 Henry II qua đời, Francis II kế vị nhưng mất ngay năm sau; Catherine làm nhiếp chính.
1560 Charles IX lên ngôi vua Pháp năm mười tuổi, Catherine tiếp tục làm nhiếp chính
1562 Vụ thảm sát ở Vassy mở đầu cuộc chiến tranh tôn giáo ở Pháp
1570 Hòa bình và các quyền hạn chế dành cho tín đồ Tân giáo
1572 Vụ thảm sát vào ngày Thánh Bartholomew – có tới 20.000 tín đồ Tân giáo bị giết
1574 Henry III theo đường lối ôn hòa trở thành vua Pháp
1576 Sắc lệnh Beaulieu, một hiệp ước thể hiện lòng khoan dung đối với người Tân giáo Pháp
1585-1589 Cuộc chiến giữa ba ông vua Henry
1593 Henry xứ Navarre (sau này là vua Henry IV) cải đạo sang Công giáo
1589-1610 Henry IV trở thành vua Pháp
1598 Sắc lệnh Nantes ban quyền bình đẳng và tự do tôn giáo cho mọi người