Thái độ quá khích của lục quân dần dần lan tràn sang hải quân. Ngay từ năm 1938, nhiều sĩ quan hải quân trẻ đã công khai chống đối các đô đốc Yonai và Yamamoto. Họ đả kích quan điểm của Yamamoto về việc Nhật gia nhập khối Trục và thái độ của Yamamoto đối với quyền lợi của Nhật Bản. Yamamoto bắt đầu nhận được rất nhiều thư công kích thù nghịch. Thoạt đầu ông chăm chú đọc những lá thư này, nhưng về sau ông hiểu rằng đây chỉ là một phần chiến dịch của phe quá khích muốn lung lạc tinh thần ông, nên ông không thèm quan tâm đến những lá thư này nữa. Nhưng sau đó, những lá thư công kích chuyển thành những lá thư hăm dọa giết ông. Sự hăm dọa này cũng không làm Yamamoto thay đổi quan điểm. Vốn là một quân nhân can trường, thấm nhuần truyền thống dũng khí của võ sĩ đạo, ông coi cái chết vì sự công chính đẹp như những cánh hoa anh đào. Ông đã viết:
"Chết cho Nhật Hoàng và tổ quốc là hy vọng cao cả nhất của một quân nhân. Sau một trận chiến đấu khó khăn và can đảm, những cánh hoa sẽ bay tả tơi trên chiến trường. Nhưng nếu một người ái quốc bị ám sát, thì người chiến sĩ ấy sẽ vẫn đi tới sự bất diệt trường cửu cho Nhật Hoàng và đất nước. Sự sống hay cái chết của một con người không quan hệ. Ðiều quan hệ là Ðế Quốc Nhật Bản. Khổng Tử đã viết: "Người ta có thể đập vỡ thần sa nhưng người ta không thể lấy đi được mầu son của nó; người ta có thể đốt một cây cỏ thơm, nhưng người ta không thể diệt được hương thơm của cỏ." Những kẻ bất đồng quan điểm có thể hủy diệt được thân xác tôi, nhưng họ không thể lấy đi được ý chí của tôi."
Yamamoto đã thất bại không xoay chuyển được khuynh hướng hiếu chiến của lục quân, và để lục quân đưa nước Nhật vào vòng chiến, một phần vì những biến cố sau đây:
Biến cố đầu tiên là quyết định của tổng thống Roosevelt ra lệnh tập trung hải quân Hoa Kỳ tại Trân châu cảng, thay vì tại bờ biển phía tây của Hoa Kỳ như trước. Việc thay đổi này khiến người Nhật tin tưởng rằng Hoa Kỳ đang sửa soạn gây hấn với Nhật Bản. Người Nhật coi việc tập trung hải quân Hoa Kỳ tại quần đảo Hawaii như là một "mũi dao chĩa vào trái tim Nhật Bản." Việc tấn công vào căn cứ hải quân Mỹ tại Trân châu cảng bỗng trở thành một nhiệm vụ cần thiết, nhưng bộ tư lệnh hải quân Nhật nghiên cứu, và đi đến kết luận đây là một công cuộc mạo hiểm vô cùng khó khăn.
Trong lúc đó thì hai nhà độc tài Hitler của Ðức và Mussolini của Ý ra công thúc giục Nhật Bản tham gia khối Trục của ba cường quốc Ðức Ý Nhật để đương đầu với khối Anh Mỹ Nga. Chính phủ Nhật lúc đó nằm trong sự kiểm soát của lục quân và lục quân lúc nào cũng hoan nghênh việc liên kết với Ðức và Ý. Trong khi đó hải quân Nhật phản đối việc Nhật đi chung đường với Ðức và Ý, để phải đương đầu với các hạm đội hùng mạnh của Anh và Mỹ. Nhưng hải quân không có tiếng nói mạnh trong những quyết định của chính phủ. Hai đô đốc Yonai và Yamamoto liên tục chống lại việc thành lập trục Ðức-Ý-Nhật. Mặc dầu bị áp lực nặng nề của lục quân, nhưng cả Yonai và Yamamoto cương quyết phản đối bất cứ một sự thống nhất hành động nào với Hitler và Mussolini. Yamamoto lý luận rằng bất cứ một sự liên minh nào với Ðức và Ý cũng sẽ đẩy Nhật phải xung đột với Anh và Mỹ, ngay cả với Nga Sô nữa. Yamamoto tận dụng mọi khả năng để ngăn cản sự xáp lại gần hai nước Phát xít Âu châu. Lúc nào ông cũng lập lại quan điẻm của mình: "Nhật Bản có thực điên rồ mới trở thành kẻ thù của Anh và Mỹ."
Sự hăng say chống lại khuynh hướng của lục quân đã đem lại cho Yamamoto nhiều kẻ thù, đặc biệt là trong nhóm quốc gia cực đoan. Kẻ thù của ông gọi ông là một kẻ thân Mỹ và phản bội tổ quốc. Họ hăm dọa sẽ ám sát ông. Tuy thế ông vẫn không hề nao núng. Khi đô đốc Yonai khuyên ông nên mang theo vệ sĩ, ông từ chối ngay. Càng ngày Yamamoto càng trở thành một người cô đơn chống lại trào lưu của thời đại, chống lại chủ trương gây chiến với tây phương. Ông có lý do chính đáng của ông. Ông không phải là người thân Mỹ như kẻ thù gán cho ông, trái lại ông là một người yêu nước Nhật và tôn thờ Nhật Hoàng không kém gì kẻ thù của ông. Ðiều khác biệt duy nhất là không một kẻ thù nào của ông, và không một người hiếu chiến quá khích nào hiểu rõ khả năng của hải quân Nhật bằng ông. Mặc dù hải quân có vẻ hùng mạnh và càng ngày càng có thêm mẫu hạm và chiến hạm, nhưng Yamamoto hiểu rất rõ rằng hải quân của Nhật vẫn còn quá yếu kém, nếu phải đương đầu với lực lượng hải quân hỗn hợp của Anh và Hoa Kỳ.
Yamamoto còn biết rõ rằng nếu chiến tranh xảy ra thì tám mươi phần trăm gánh nặng sẽ đè xuống vai hải quân, mà theo ông thì hải quân của ông chưa sẵn sàng gánh vác bổn phận nặng nề ấy. Thái độ thực tế của ông càng làm lục quân căm giận ông hơn. Phe lục quân hỏi thẳng ông: "Ông không nghĩ rằng hải quân oai hùng của chúng ta không chiến thắng được hay sao?" Yamamoto trả lời thẳng thắn: "Không, tôi không tin hải quân sẽ thắng." Câu trả lời của Yamamoto không những chọc giận lục quân, mà còn làm phe ôn hòa phải kinh ngạc. Họ tự hỏi tại sao người cha đẻ của một hải quân kiêu hùng, một người đã tạo ra được một hệ thống không quân phối hợp chặt chẽ với hải quân lại có thể trả lời bi quan như thế.
Khi những lời buộc tội ông là kẻ phản quốc gia tăng, vì lời tuyên bố trên của ông thì ông chỉ trả lời, "Tôi đang phục vụ tổ quốc tôi đúng như lúc lâm chiến. Tôi đang phải nỗ lực lôi các đồng bào của tôi trở lại với một lối suy nghĩ sáng suốt. Họ có thể giết được tôi, nhưng họ không thể giết được sự sai lầm của họ." Ông biết ông đang gặp hung hiểm; kẻ thù quá khích có thể ám sát ông bất cứ lúc nào, nhất là ông là một khuôn mặt nổi tiếng ai cũng biết, nhưng ông vẫn không tỏ ra khiếp nhược. Hàng ngày ông vẫn đi bộ từ Bộ Hải quân ra các tiệm sách để tìm mua sách. Bất cứ ai đến thăm ông, dù là rất khuya, ông vẫn ra mở cửa cho họ, không quan tâm rằng những người khách ban đêm đó có thể là những thích khách tới ám sát ông.
Ðầu năm 1939 nội các Konoye đổ vì vấn đề gia nhập khối Trục. Hiranuma đứng ra lập chính phủ và đô đốc Yonai và Yamamoto vẫn được mời ở lại giữ Bộ Hải quân. Ðến đây dường như không còn cách gì ngăn được phe lục quân hiếu chiến liên kết với Ðức và Ý nữa. Càng ngày sự hăm dọa ám sát Yamamoto càng nhiều hơn.
Vào giữa năm 1939, tình hình chính trị càng tồi tệ hơn. Chính phủ vẫn cân nhắc lời cám dỗ của Hitler và Mussolini. Yamamoto nhận thức rằng quan điểm chống lại chiến tranh của mình sẽ đưa đến một cuộc ám sát. Ông viết một lời trăn trối, bỏ vào trong một cái hộp. Cái hộp này chỉ mở ra khi ông bị giết chết. Lời nhắn nhủ của ông chỉ có vắn tắt một câu: "Tôi coi cái chết của tôi là một vinh dự khi tôi chết cho một điều mà tôi nghĩ là đúng." Yamamoto là một người thấy xa trông rộng, nhưng tiếc thay nhóm quân phiệt mù quáng không nhận thấy, và đã đẩy nhiều dân tộc trên thế giới vào một cuộc chiến tàn phá nhất.
Cuối cùng đô đốc Yonai thấy tình thế quá nguy hiểm nên bắt buộc Yamamoto phải có vệ sĩ, ngay tại văn phòng cũng như tại tư gia. Dù Yamamoto đi đâu, lúc nào chung quanh ông cũng có một tiểu đội cảnh sát mặc thường phục hộ vệ. Rồi đến một lúc đô đốc Yonai thấy rằng sự bảo vệ như thế cũng không đủ, Yonai liền tìm cách đẩy Yamamoto ra khỏi nơi chính trường hiểm nghèo, bằng cách bổ nhiệm Yamamoto vào chức vụ Tư lệnh Liên Hạm đội Nhật, và thăng Yamamoto lên chức đô đốc. Về sau Yonai phải thú nhận bổ nhiệm Yamamoto vào một chức vụ ngoài biển cả là cách duy nhất để cứu sinh mạng cho Yamamoto.
Chức vụ và cấp bậc của Yamamoto là tột đỉnh trong hải quân Nhật, và dĩ nhiên Yamamoto cũng không từ chối vinh dự lớn lao này, mặc dầu ông hơi ngạc nhiên. Khi được báo tin, Yamamoto vốn là một người không thích rượu mà cũng uống cả ly la de một hơi để dằn sự khích động to lớn. Thực tình Yamamoto muốn đô đốc Yonai làm Tư lệnh Liên Hạm đội và Yamamoto sẽ là tư lệnh lực lượng xung kích, trực tiếp chỉ huy những trận đánh, nhưng Yonai không muốn trở lại chức Tư lệnh Liên Hạm đội một lần nữa.
Hai tuần lễ sau khi Yamamoto nhận chức Tư lệnh hải quân thì quân Ðức xâm chiếm Ba Lan và đệ nhị thế chiến bắt đầu. Bây giờ công việc cấp bách của Yamamoto không còn là chống chiến tranh nữa vì đã quá trễ, trái lại ông lao mình vào nhiệm vụ sửa soạn cho chiến trường Thái Bình Dương, vì ông biết rằng ông không còn nhiều thì giờ nữa trước khi phải quần thảo với hạm đội Mỹ. Ngay khi ông tiếp nhận soái hạm Nagato, ông đã đưa ra đường lối chỉ đạo mới cho hạm đội:
1. Ưu tiên thứ nhất là huấn luyện phi công.
2. Nếu chiến tranh xảy ra, phải dụ hạm đội Hoa kỳ tại quần đảo Hawaii vào một trận đánh quyết định càng sớm càng tốt.