Thuở còn đi học, đi học đần độn tối tăm, đến nỗi học trước quên sau, thày học đã nói mai sau tất Phùng không làm gì nên thân. Nhưng cụ có tính rất tự hùng, thấy anh em mình ai cũng thông minh học giỏi, thì lấy làm phẫn uất vô cùng, cố gắng học để theo kịp mới nghe.
Thành ra ròng rã trong bốn năm năm, trong tay không rời quyển sách, chân không bước ra đường, chỉ mài miệt nơi án sách ngọn đèn, quyết chí lập được công danh sự nghiệp. Cậu bé thường nói với bạn đồng học:
- Ta cố học để mai sau chiếm được khôi nguyên mới nghe.
Chẳng qua cũng chí khí khoa cử như ai! Có nhiên, thời đại nào kỷ cương ấy. Thời đại thường uốn chí khí con người theo khuôn nó, mấy ai hồ dễ thoát được ra ngoài.
Nước ta từ đời nhà Trần, cách kén chọn nhân tài, chỉ có từ chương khoa cử. Ai không ở trong vòng đó bước ra thì không thể là nhân tài, mà cũng khó có ngõ nào để xuất thân cho được.
Cái lối từ chương khoa cử, truyền về đời sau, chẳng những không bớt đi mà lại càng thêm bài vẽ thịnh hành lên mãi.
Sau khi vua Gia Long vừa thống nhất trong nước xong, tức thời gươm giáo xếp xó, thi phú lên đàn. Vua quan làm gương và khuyến khích dân: luôn mấy triều Minh Mạng, Thiệu Trị, Tự Đức, toàn là Thiên tử thi phú; bầy tôi danh vọng như Hà Tôn Quyền, Doãn Uẩu, toàn là quần thần từ chương. Vua tôi chỉ tưởng trong nước có bờ cõi, có nhân dân, thế là trời Nam định phận, không biết bên ngoài có cường lân, có địch quốc, thường để mắt đến ta. Mọi việc khư khư chẳng chịu cải cách. Quan ải không khai, cửa bể đóng chặt, thời thế chẳng hiểu, võ bị lôi thôi, triều đình chỉ lo ngâm thi đặt phú với nhau, tưởng đâu “mấy vần thi phú” cho hay, đủ sức trị dân giữ nước. Kén người, thì khinh võ bời mà trọng văn chương. Dạy dân, thì bỏ thực học mà chuộng khoa cử. Bởi thế, người đời ấy ai không học từ chương không nên người, học mà không thi đậu cũng không nên người, thi đậu mà không được làm quan cũng không nên người.
Giữa lúc thiên hạ đâu đó thông minh tiến hoá rầm rầm, kẻ thì đang ra tay chinh phục đất xa, người thì biết lo thân tự cường cải cách, thế mà ở nước mình, vua quan vẫn kềm giữ nhân dân ở chặt trong vòng học cũ thói xưa. Người ta lo mở mang những thương mãi, những công nghệ, những cơ khí, những khoa học, còn mình đây thì khi đứng khi ngồi, khi tỉnh khi mê, chỉ lo có một việc từ chương khoa cử.
Chính nhà vua có trách nhiệm sửa nước dạy dân, ôm giữ mãi chế độ từ chương khoa cử, buộc dân phải theo đó mà đi, bảo rằng ai đi đến chỗ “khoa hoạn” mới là tới mục đích nhân sinh, hễ ai đi trái con đường ấy, thì không ngõ xuất thân nào khác. Tự nhiên, những người ở dưới cái chế độ giáo hoá đó, bao nhiêu tư tưởng, bao nhiêu hy vọng, bao nhiêu chí khí, đều quanh quất sa đà, ở trong có bốn chữ; bốn chữ ấy chia ra làm hai đoạn, là: thi đậu và làm quan.
Cụ Phan, sinh ra nhằm giữa hoàn cảnh như thế, thì cách lập chí xuất thân của cụ trừ khoa cử ra, không có con đường nào hơn, vậy ta thấy cụ có cái chí "học quyết khoa", chẳng nên lấy gì làm lạ.
Vì lập chí mai sau phải chiếm được giải khôi nguyên, cho khỏi phụ lời mình đã nói cứng cáp, đến nỗi có một phen Phùng đã liều chết.
Năm 21 tuổi cùng em là Phan Đình Vận, thọ nghiệp với ông bác là Phan Đình Tuân, đậu tú tài gặp giữa năm ấy có khoa thi, Phùng năn nỉ bà thân mẫu đến xin bác cho mình được cùng em đi thi. Ông bác nói:
- Phùng học hãy còn kém sút, nó chưa đi thi khoa này được, hãy đợi khoa sau.
Cậu năn nỉ xin đi thi không được, đâm ra bực mình phẫn chí, lén sai đầy tớ ra chợ mua một lượng hương nhu là vị thuốc độc về, viện cớ mua để thử chế thuốc pháo, nhưng kỳ thật là đem trộn vào ly rượu, rồi gọi em là Phan Đình Vận tới bảo rằng:
- Sinh ra làm trai, cốt được học, học cốt đi thi, học mà không được đi thi, thì còn sống làm gì. Phen này anh liều chết cho rồi đời, nghe em.
Em sợ quá, kiếm lời an ủi can ngăn mãi, song anh không nghe, một hai đòi uống thuốc độc tự tử mà thôi. Cực chẳng đã, Phan Đình Vận phải chạy mau mau tìm kiếm bà thân mẫu để nói cho bà nghe rằng anh Phùng đang uống rượu độc tự tử. Trong khi ông Vận chạy đi kêu mẹ, thì Phùng đã uống thuốc độc mà mê man bất tỉnh rồi. Sau bà thân mẫu tới, hô hoán người nhà hàng xóm lại cứu cấp. Họ lấy nước đậu xanh và cam thảo cạy miệng ra mà đổ, một lúc lâu mới tỉnh. Ấy lúc nhỏ, vì chút khoa danh mà Phùng đã có can đảm khinh sinh liều chết đến thế, thảo nào sau ra làm quan, mắng Tôn Thất Thuyết giữa triều đình, cùng là khởi nghĩa trong mười năm trời, lấy sức châu chấu đá voi, tỏ ra một người can đảm đầy mình, làm việc gì cũng toàn là coi chết như không.
Đến mãi khoa thi Bính Tí (1876) là năm cụ 39 tuổi, mới đậu cử nhân. Qua năm sau (1877) vô kinh thi Hội, đậu Đình nguyên Tiến sĩ. Lời thề "thế nào cũng chiếm giải khôi nguyên" ngày xưa, bây giờ làm được như nguyện vậy.
Phùng tuy đậu tiến sĩ, nhưng tài học cũng chỉ ở trong bờ cõi từ chương cử nghiệp mà thôi, không phải là một nhà học vấn uyên bác lỗi lạc, hay khua bút múa văn như người ta. Cho nên sinh bình không có sự nghiệp gì về văn chương; suốt đời không có câu đối nào tuyệt, bài thi nào hay, lưu hành ở đương thời và truyền tụng về sau.
Xem bài văn sách thi Đình của cụ làm trong khoa thi đậu, cùng là sau này, những lúc cầm quân ở trong đám lửa dọc đạn ngang, rừng sâu núi thẳm, cũng có nhiều khi ngẫu hứng mà phát ra ngâm vịnh, nhưng xem lời văn đều là thật thà chất phác thế thôi, không có vẻ chi hùng hào hay xuất sắc như văn chương của nhiều nhà nho khác. Có khi một vài câu liễn, bài thi của cụ, người ta có thể không lấy làm thích ý nữa là khác.
Nhất sinh cụ Phan lấy đức thuần phác trung hậu làm gốc sự học, cho nên phát ra văn chương cũng vậy. Lại được một tính cách thật thà mạnh dạn hơn người là điều gì biết thì nói biết, điều gì không biết thì nói ngay không biết, không có thói đắp điếm lòe đời như ai. Đến nỗi khoa đi thi Đình, đầu bài chính tay vua ra, có vấn đề nào cụ chưa học tới, chưa từng nghiên cứu, thì trong bài làm, tới chỗ đó, cũng viết ngay rằng: “sĩ vị tằng đọc, bất cảm mạo tấu”, nghĩa là: "chỗ này tôi chưa học, tôi không dám tâu càn". Thế cho biết trong sự học của cụ có đức thận trọng và tự khiêm.
Sau làm nên được bậc người oanh oanh liệt liệt trong mười năm trời, nước non ỷ thác, bạn phục dân theo, chính vì có dũng cảm, có nghĩa khí, hơn là vì có cờ biển Tiến sĩ. Bởi thế ta xem cụ, đừng trông vào phương diện văn học. Vì cụ cũng là ông Nghè, nhưng không phải là ông Nghè hay chữ, mà cốt ông Nghè yêu nước.