Khi còn là học trò ở nhà quê, một làng bên cạnh đắp con đường đi xuyên thẳng qua làng Đông Thái, theo lẽ mê tín phong thuỷ của ta ngày xưa, thì việc mở con đường này tất nhiên có hại cho cuộc lạc nghiệp an cư của dân Đông Thái; nhưng không ai dám đứng lên cản trở. Cậu học trò Phùng ngang tàng đảm nhận việc ấy. Cậu xách gươm ra, ngồi lì ở bên đường, nói rằng hễ ai đi qua đường này thì chém chết. Thế mà con đường ấy sau phải bỏ rêu phong cỏ mọc, không ai lai vãng nữa.
Nhân có bản tính không khái cang cường như vậy, cho nên lúc ra làm quan, phàm gặp việc gì ngang tai trái mắt, mà thiên lương bảo phải làm để sửa lại, là mạnh bạo làm ngay, dẫu biết rằng làm việc đó sẽ có hại đến tước lộc hay nguy đến tính mạng mình cũng mặc.
Cụ làm quan, không như những kẻ tham quyền cố vị kia, động gặp việc gì khó khăn, mà chính là việc nên làm và chính họ có sức làm được, thì co đầu thụt cổ lại không dám làm. Rất đỗi có khi không dám mở miệng ra để nói lẽ phải nữa. Trong ý họ chỉ lo sợ nếu như việc phải đó mà mình làm ra hay nói ra, e thiệt hại cho vợ con mình, thân danh mình, sẽ mất cả áo ấm cơm no, lên xe xuống võng. Họ nghĩ thà cứ chiều đời ngậm miệng cho được vinh thân phì gia là hơn.
Trái lại, cụ Phan không phải là hạng làm quan như thế.
Bởi vậy, khi làm Tri phủ Yên Khánh ở Ninh Bình, thấy một ông cố đạo bản xứ hay ỷ thế tôn giáo, hà hiếp lương dân, cụ Phan không kiêng nể ngần ngại gì, cứ việc hô lính đè cổ giáo sĩ đó xuống hỏi tội và đánh thẳng tay.
Giáo sĩ bị trận đòn ấy tức là cụ Trần Lục, tục gọi là cụ Sáu, mấy năm sau nhờ thế lực Pháp mà được triều đình phong làm Tuyên phủ sứ có oai quyền lừng lẫy một lúc ở vùng Phát Diệm Ninh Bình, ai cũng phải sợ. Người ta nói ông có cái đức giết người như rạ, không kém gì Tôn Thất Thuyết.
Cụ Phan đánh một ông cố đạo là đánh kẻ có tội hà hiếp người, chớ không phải bày tỏ thâm ý ghét đạo Thiên Chúa.
Bọn văn thân ta lúc đó cùng có một ý nghĩ chung, cùng ôm một mối thù chung; gặp đâu có nhà thờ là đốt phá, gặp đâu có ông “mặc áo dài thâm" là vặt râu, gọt đầu, bắt bước qua cây thánh giá, thích chữ vào mặt, rồi giết chết. Bởi các ông văn thân lầm tưởng phàm những người theo đạo Thiên Chúa đều là quân nội công của người Pháp và đạo Thiên Chúa là tà đạo. Ấy, đời xưa từ vua đến quan, từ quan đến dân, đều tin tưởng như thế cho nên đã gây nên không biết bao nhiêu việc lương giáo đánh giết nhau, rắc rối lôi thôi mãi.
Nhưng cụ Phan suy nghĩ thế khác.
Với kẻ thân tín, cụ vẫn thường nói:
- Đạo Thiên Chúa lấy Gia-tô làm trời, cũng như Thích ca Mâu ni là Trời của đạo Phật hay Khổng phu tử là Trời của nhà nho. Hễ ai đã tín ngưỡng điều gì, thì điều ấy là Trời của mình. Mình muốn người ta đừng xâm phạm đến sự tín ngưỡng của mình thì mình đừng xâm phạm đến sự tín ngưỡng của người ta. Thiên Chúa cũng là một thứ tôn giáo, mặc ai tin thì theo.
Còn như thuở ấy người ta bảo giáo dân là quân nội công của người Pháp, thì cụ nói:
- Ấy là tại nước mình hèn yếu, không có nhân tài, không có tàu bền, súng lớn, quân mạnh tướng giỏi, chở lỗi chi ở giáo dân. Chồn mượn oai hùm, dê đeo da cọp, ấy là thường tình của con người ta, có lấy chi làm lạ. Xứ nào mà không có hạng người hèn ấy.
Giữa lúc nhà nho đều cố chấp mà cụ Phan có tư tưởng rộng lượng được thế, quả thật đạt quan.
Có người nói bởi cụ đã có dịp gặp gỡ đàm luận về vấn đề ấy với Nguyễn Trường Tộ, một danh sĩ ở Nghệ theo đạo Gia-tô.
Nhưng vậy mà có một giáo sĩ cậy thế làm xằng và hiếp người bên lương thì cụ làm phận sự chăn dân, vẫn nọc kẻ ấy ra mà đánh, không tha.
Sự thật ở đời bấy giờ, ngoài ra những ông chuyên tâm giảng đạo, bất can thế sự ra, thật cũng có ít nhiều giáo sĩ quá ỷ thế lực người Pháp hùng cường sẵn lòng bênh vực mấy ông, rồi mấy ông được trớn làm quá giới hạn. Họ ỷ vào thế lực đó để giữ gìn quyền lợi của nhà chung và tự do truyền giáo, đã đành là lẽ tự nhiên rồi, nhưng có nhiều ông được trớn rồi hà hiếp những dân vô cô. Giáo dân lại cũng ỷ thế mấy ông cố, ông cha mình để bắt nạt anh em đồng loại bên lương. Do đó mà đôi bên sinh ra lắm sự đánh giết nghịch thù lẫn nhau. Tình tệ như vậy, khiến cho phận sự làm quan phụ mẫu địa phương, bảo cụ phải trừ tệ an dân, dù một ông cố đạo có lỗi cũng không dung thứ. Như trên kia đã nói, cụ đánh một ông cố đạo chỉ là trị một kẻ "ỷ thế hiếp người", không phải có ác cảm gì với đạo Thiên Chúa như tất cả người đồng thời.
Về sau cụ khởi nghĩa, có một lúc kéo cờ đề chữ “Bình Tây diệt Tả" là vâng theo huấn lệnh của triều đình lúc bấy giờ thường hạ chiếu khuyến khích bọn văn thân đánh phá chém giết giáo dân. Nhưng sau cụ suy nghĩ là không nên vì giáo dân cũng là đồng bào, có thù nghịch gì với mình đâu, cho nên khi đóng đại binh ở núi Vụ Quang, cụ vẫn hiểu dụ bọn giáo dân rằng: “Lương dân hay giáo dân đều là xích tử của triều đình, chớ nên vì lẽ gì mà hại lẫn nhau".
Xem thế thì cụ Phan thật không có lòng ghét đạo Thiên Chúa, chỉ ghét những giáo sĩ hay giáo dân nào ỷ thế làm càn đó thôi.
Song ở đời ấy, đánh một ông cố đạo là một việc dễ làm, nhưng cũng là một việc khó xử.
Dễ, là bọn văn thân lúc ấy đang có thanh thế to, bè đảng lớn, thì đánh hay giết ngay một ông cố đạo, cũng như là đánh hay là giết một người dân thường vậy thôi. Nhưng khó, là khó cho triều đình trong việc giao thiệp với nước Pháp.
Một cớ trước hết, mà nước Pháp và nước Nam có cuộc giao binh, sau thành ra cuộc bảo hộ, là tự triều đình ta làm ngăn trở việc truyền giáo, bao nhiêu năm hạ chiếu thúc giục quân dân phải ngược sát giáo dân. Triều đình thấy trong mọi việc Pháp Việt giao thiệp đều có giáo dân làm duyên cớ ở trong, thì bảo: "À, quân này rước voi về giày mồ", bèn ra tay cấm, giết đạo. Đến khi thấy vì cấm đạo giết đạo quá lố, mà việc giao thiệp hai nước càng thêm nguy hiểm khó khăn cho mình, thì triều đình lại bảo: "Ý, quân này mạnh gớm", bèn trở lại trị tội những quan những quân dân nào đã xâm phạm đến người đạo. Triều đình cốt làm vậy để chiều lòng người Pháp. Thế là, khi nào nước Pháp nhịn thì triều đình ta làm tới, khi nào nước Pháp giận thì triều đình ta thụt lui, tự triều đình không có chủ trương nhất định gì cả.
Bởi thế, cụ Phan Đình Phùng, tri phủ Yên Khánh vì cái lỗi đã đánh một ông cố đạo, mà bị triều đình trị tội, phải triệu về kinh, sung vào viện Đô sát, làm Ngự sử. Năm ấy là năm Tự Đức thứ 31.
Cụ được về kinh sung vào chức này, lại càng nhằm chỗ thích hợp với tính cách thiên nhiên là tính cương trực. Gặp lúc bấy giờ việc nước lôi thôi, chính sự rối bét, vua thì nằm cao ở chốn thâm cung, giặc thì tung hoành khắp trong bờ cõi, thế nước hồ nguy, tình dân khổ sở, thế mà các quan đại thần, tiểu thần, trong triều ngoài quận, trên đã không giúp được vua yên nước, dưới lại không có lòng thương dân; tóm lại các ông ấy chỉ biết lo có bản thân và làm toàn những việc dối trên hiếp dưới, cơ hồ không còn có kỷ cương phép tắc gì nữa. Chức Ngự sử đặt ra cốt để can ngăn vua chúa sửa đổi tật hư, và hạch lỗi trăm quan về những việc làm bậy. Làm Ngự sử về thời trị đã khó khăn, vì thấy nhiều ông Ngự sử khiếp sợ oai quyền, rõ biết vua sai, quan lỗi mười mươi, mà không dám nói; huống chi làm Ngự sử thời loạn, khôn sống mống chết, nhưng mà trên thì khổ gián được vua chúa, dưới thì nghiêm hặc được trăm quan, khiến ai nấy trúng khuôn phải phép, lợi nước an dân, như vậy Ngự sử chẳng phải là chức khó lắm sao?
Cụ Phan thật là xứng đáng một quan Ngự sử ở thời loạn. Vì gặp việc sai lầm cụ đều dám nói.
Thứ nhất là việc tập bắn ở cửa Thuận An.
Nguyên là hồi ấy, nhà vua có lập ra một sở tập bắn ở cửa biển Thuận An, cách xa kinh thành 14 cây số bắt buộc tất cả các quan văn võ đại thần ở kinh đều phải ra đó tập bắn. Cái bản ý của nhà vua lập ra trường tập bắn cho các quan, chắc vì lúc ấy trong nước đang có binh đao, nhà vua muốn rằng bất cứ quan dân, ai cũng có thể làm quân lính được cả, cho nên định luyện tập lấy một đội quân “các quan” để rồi ra hộ vệ kinh thành, chống cự binh Pháp chăng?
Ai cũng đủ biết trong chốn triều miếu kinh đô, ai làm nên đến bậc đại thần là vào hạng "các cụ" rồi. Đã làm "các cụ", thì có ai quyền to, thanh thế lớn, không muốn cho ai nịnh hót cũng có người nịnh hót, không muốn ai sợ hãi cũng có người sợ hãi; nhân vậy mà có thiếu gì kẻ bưng bợ oai quyền và khúm núm ton hót ở đằng sau các cụ. Các cụ nói câu gì, dầu cho dở khẹt cũng là nói gang thép, các cụ làm việc gì dầu cho bậy bạ cũng là viện làm hơn người. Rất đỗi là con cháu các cụ dốt mấy, rồi đi thi cử cũng phải đậu, ngu mấy rồi cũng được viện lệ hay tập tước để làm quan. Tóm lại, các cụ ở đời bấy giờ tiếng là phò vua giúp nước mà kỳ thật là dối vua hại nước không biết bao nhiêu.
Chính việc tập bắn ở Thuận An là một chứng cớ.
Nhà vua đã định lệ, hễ cụ này bắn trúng mấy phát, cụ kia bắn trúng mấy phát, thì viên chấp sự trông nom việc tập bắn phải ghi vào sổ hẳn hoi để tâu vua xem. Các cụ đã quen áo dài vai rộng, võng lọng ngựa xe, đời nào mó tay đến khẩu súng tập bắn. Không may gặp lúc trong nước có nạn đao binh, nhà vua bắt buộc quan lớn cũng phải xắn tay áo lên, tập tành cái nghề của tên lính, thì hình như là việc cực chẳng đã cho các cụ; các cụ chỉ làm cho xong chuyện, khỏi trái mệnh vua thì thôi. Có khi các cụ bắn mười phát đều lên mây xanh, không có được một phát trúng đích, thế mà viên chấp sự cũng ghi vào sổ cho nhiều, làm như là các cụ đều bắn giỏi cả.
Việc tập bắn man trá như vậy, các ông Ngự sử ở Đô sát viện đều biết dư, nhưng cũng kiêng nể sợ hãi các cụ, không dám đàn hặc bao giờ. Duy đến cụ Phan không thèm kiêng nể sợ hãi ai, vì cụ suy nghĩ: họ làm như thế là dối vua, bèn làm sớ tâu vua Tự Đức ngự giá ra cửa Thuận An, để xem các quan tập bắn cho rõ hư thực. Vua Tự Đức ngự ra xem, quả thấy trước kia sổ sách biên chép tâu lên là láo cả, trong bá quan tập bắn mười phần chỉ có một hai phần bắn trúng mà thôi. Bởi vậy, ngài châu phê rằng: "thử sự cửu bất phát, phùng Phùng nãi phát" (việc này lâu không có ai phát giác ra, nay gặp Phùng mới phát), rồi thăng chức cho cụ làm Hình khoa chưởng ấn. Cả triều đình bấy giờ, ông quan nào cũng phải kiêng nể cụ về tính cương trực cảm ngôn.
Những việc cụ dám đàn hặc bá quan hồi ấy còn nhiều, song cũng không quan hệ chi mấy, cho nên lược đi.
Vua Tự Đức thương cụ là người cương trực, sau ngài giáng chỉ phái cụ làm quan Khâm mạng ra thanh tra tình hình quan lại ở Bắc kỳ. Cụ đi thanh tra rồi, dâng sớ về tâu vua, hạch tội ông Thiếu bảo Nguyễn Chánh, Kinh lược Bắc kỳ, chỉ ôm tiết việt vua ban làm món đồ bày trước mặt cho oai vệ, còn sự lợi hại của dân gian, thật chẳng để tâm gì tới. Vua Tự Đức truyền cho cụ thâu lấy tiệt việt của Nguyễn Chánh về, không cho làm Kinh lược nữa.
Ở ngoài Bắc trở về kinh, cụ Phan lại sung chức Ngự sử.