Mặc dù những di cốt của con người cổ nhất được tìm thấy ở châu Phi nhưng mãi tới gần đây, lịch sử châu lục này từ năm 1500 TCN trở về trước vẫn không được biết tới nhiều, trừ Ai Cập.
Sahara ngày nay là một sa mạc khổng lồ nằm chắn giữa Bắc và Trung Phi, nhưng vào khoảng năm 6000 TCN thì chưa có sa mạc "rào chắn" này. Các hình vẽ trên đá và trong hang cho thấy khí hậu thời bấy giờ ẩm hơn và có thể từng có khá đông dân cư sinh sống tại Sahara. Từ khoảng sau năm 3500 TCN, đất đai ở Sahara bắt đầu khô cằn, tuy vậy các đô thị và tuyến đường trên sa mạc vẫn được duy trì để kết nối giữa Bắc và Trung Phi.
Văn hóa Ai Cập trải rộng trên lưu vực sông Nile tới tận Nubia (Sudan ngày nay), nơi có người da đen sinh sống. Vương quốc của người Kush đã phát triển vượt ra ngoài biên giới Nubia từ năm 2000 TCN. Vương quốc Kush là đối tác thương mại quan trọng và nguồn cung cấp vàng của Ai Cập. Khoảng năm 1500 TCN, Ai Cập xâm lược Kush để chiếm các mỏ vàng ở đây. Nhưng năm 750 TCN, chính Ai Cập lại bị người Kush chinh phục và lập ra triều đại pharaông thứ 25. Vương quốc Kush chưa bao giờ trải qua thời đại đồ đồng mà tiến thẳng từ đồ đá sang đồ sắt. Thủ phủ được dời từ Napata, trung tâm tôn giáo của người Kush, tới Meroë do quanh đây có nhiều quặng sắt. Việc này nghĩa là Kush trở thành một trung tâm quan trọng về chế tạo đồ sắt, cung cấp cho Ai Cập, Babylon, bán đảo Arập và Ethiopia. Thủ phủ Meroë của người Kush được xây dựng mô phỏng Ai Cập và bảo tồn nhiều phong tục truyền thống Ai Cập cho tương lai vào chính thời điểm Ai Cập đang trải qua những thay đổi về văn hóa. Ethiopia cũng là một trung tâm văn hóa quan trọng, nhưng khép kín với những tập quán tín ngưỡng riêng.
Quanh sông Niger là nơi sinh sống của các bộ lạc làm nghề nông, với một vài đô thị buôn bán. Ở vùng hạ lưu sông Niger, người Nok ở Nigeria trở thành thợ chế tạo đồ sắt và sống thành làng mạc. Về phía Đông, có bộ lạc Chad sống theo lối du mục và cả những người sống thành làng mạc. Ở phía bên kia của Trung Phi, người Bantu di chuyển từ Nigeria về phương Nam, mang theo nghề chế tác đồ sắt và nghề nông. Nam Phi là nơi cư trú của người Khoisan, sống bằng nghề chăn cừu, cũng như săn bắn và hái lượm.
3000 TCN Sahara bắt đầu bị sa mạc hóa
2750 TCN Nghề nông bắt đầu ở Tây Phi
700 TCN Vương quốc của người Kush ở Nubia hưng thịnh
600 TCN Văn hóa Nok, Nigeria và Mero phát triển
200 TCN Jenne-jeno, đô thị châu Phi đầu tiên được thiết lập