Lê Khánh sinh năm 1886, người huyện Nghi Lộc, tỉnh Nghệ An. Sinh ra trong một gia đình công giáo. Ông học trường Tiểu chủng viện Xã Đoài, sau khi tốt nghiệp ông được vào học trường Đại chủng viện. Những sinh viên học trường Đại chủng viện được coi là Thày già, vì chỉ học trong vài năm là được phong Linh mục. Song Lê Khánh cảm thấy nỗi nhục nhã của người dân mất nước, trong khi cả đang phải hy sinh cả núi xương, sông máu để đánh đuổi giặc Pháp thì mình lại đi tu. Ý chí chống giặc Pháp, muốn xả thân cứu nước thôi thúc trong tâm can Lê Khánh đã lâu, song quy định nghiêm ngặt của nhà trường là sinh viên không được tiếp xúc với bên ngoài, không được đọc các sách báo ngoài kinh sách của Giáo hội, nên không rõ tình hình trong nước và trên thế giới. Lê Khánh chỉ biết tâm sự cùng Lưu Song Tử những nỗi căm thù người Pháp của mình, nhưng cả hai người đều không biết hành động ra sao. May sao trong số những người truyền giáo châu Âu có một người tên Việt gọi là Bạch Nhị Nghĩa đã đem tình hình Nga - Nhật chiến tranh và các phong trào cách mạng ở Việt Nam cuối thế kỷ XIX đầu thế kỷ XX trong đó có tổ chức Duy Tân hội và phong trào Đông du do nhà chí sĩ Phan Bội Châu tổ chức và lãnh đạo.
Bạch Nhị Nghĩa cũng vì mối quan hệ trên với Lê Khánh và Lưu Song Tử mà ngay trong năm đó bị bãi chức truyền giáo. Tuy nóng lòng yêu nước, nhưng Lê Khánh cũng như Lưu Song Tử phải đợi đến năm Bính Ngọ và năm Kỷ Vị (1906 - 1907), tốt nghiệp được cử làm thày giảng ở Tòa Giám mục mới thoát được sự khống chế của các linh mục người Pháp, được tiếp xúc với những người ngoài tôn giáo, trong đó có ông Trần Văn Bỉnh là giáo dân tham gia Duy Tân hội, đã giới thiệu Lê Khánh với ba vị Linh mục là Nguyễn Trường, Đậu Quang Lĩnh, Nguyễn Thận Đồng và thày già Mai Lão Bạng đều là chức sắc trong Tòa giám mục địa phận Vinh. Ba vị Linh mục yêu nước đã theo dõi từng bước đi của hai sinh viên Đại chủng viện, nên khi được ông Trần Văn Bỉnh giới thiệu ba vị linh mục đã giao nhiệm vụ cho hai thày già Lê Khánh và Lưu Song Tử.
Khi Lê Khánh và Lưu Song Tử tham gia hoạt động hội Duy Tân thì ba vị linh mục phân công Mai Lao Bạng xuất dương sang Nhật giúp đỡ Hội chủ, cử Lê Khánh vận động thanh niên, giáo dân ở huyện Hương Sơn. Sau đó Lưu Song Tử được cử sang Nhật học, Lê Khánh cùng hoạt động với Đặng Thái Thân.
Lê Khánh cùng Đặng Thái Thân tiếp tục vận động thanh niên công giáo sang Nhật và quyên tiền gửi sang Nhật. Lê Khánh bị địch truy nã gắt gao, nhưng ông vẫn cùng Đặng Thái Thân cố gắng gây dựng lại cơ sở. Ông cùng Đặng Thái Thân dự định vũ trang khởi nghĩa vì sợ rằng nếu cứ để cho địch khủng bố thì dần dần phong trào sẽ đi đến chỗ tan rã. Thực dân Pháp đàn áp Duy Tân hội và phong trào Đông du ngày càng khốc liệt, nhiều hội viên bị bắt. Trong một chuyến công tác, Lê Khánh bị bắt, bị giam ở nhà lao Vinh. Giặc tra tấn ông vô cùng dã man, nhưng ông kiên trinh bất khuất, giặc không khai thác được tài liệu gì. Ông đã nhặt nhạnh, tích trữ lạt gói bánh tày bện lại thành dây để leo leo lên mái nhà, dỡ ngói trốn khỏi nhà lao. Năm 1910 Lê Khánh cùng Đặng Thái Thân đến họp ở làng Phan Thôn. Thực dân Pháp cho quân đến bao vây làng rồi xông vào bắt, Đặng Thái Thân nấp ở máng nước giữa hai mái nhà, dùng súng lục bắn trả bọn mật thám, giết chết được mấy tên, dành viên cuối cùng tự bắn mà chết, quyết không để cho giặc bắt. Lê Khánh thu hút giặc về phía mình để cứu Ngư Hải, bị trúng đạn chết, năm đó ông mới 25 tuổi.