Vua Nghệ Tôn tên là Chân, con thứ ba vua Minh Tôn, ở ngôi vua được ba năm. Vua bình được nạn ở trong triều, lấy lại được ngôi báu, có công dựng nền Trung Hưng, sáng tỏ trong trời đất, mà vẫn để tâm về sự điềm đạm, không cho sự được ngôi làm vui thích, cũng là vị hiền quân đời Trần. Tiếc rằng đức nhân từ thì có dư, mà tính cương đoán thì không đủ, để cho nước ngoài xâm lấn, trong triều có kẻ gian thần, nhòm ngó ngôi báu, dần dà đến nỗi mất nước.
Niên hiệu Thiệu Khánh thứ nhất, Nhật Lễ được ngôi vua rồi, chỉ chăm chơi bời yến tiệc; lại quay lại họ Dương, bách quan và tôn thất đều thất vọng, quan Thái tể là Nguyên Trác cùng Thiên Ninh Công chúa đương đêm đưa các tôn thất vào trong thành giết Nhật Lễ. Nhật Lễ trèo qua tường phục ở dưới Tân Kiều, tìm không được, liền tan tác kéo về. Đến khi trời gần sáng, Nhật Lễ vào cung, chia người lùng bắt 18 người chủ mưu; Nguyên Trác bị hại, Thiên Ninh Công chúa mật bảo Cung Định Vương rằng: "Thiên hạ của tổ tiên ta, sao lại bỏ cho người khác, ông nên tránh đi, tôi đưa gia nô đi bình cái nạn này". Nguyễn Nhiên cũng biết Nhật Lễ muốn hại Cung Định Vương khuyên ông phải đi ngay, Cung Định Vương liền đi Đà Giang, ước hẹn kín với em là Kính hội với quân Thanh Hóa mà khởi binh. Lúc ấy Nhật Lễ tin dùng tên Ngô Lang, Ngô Lang âm mưu với Cung Định Vương. Mỗi lần đem quân đi đánh, thì lại mật bảo phải theo Cung Định Vương, nên bao lần cho quân đi không có người nào trở về cả. Ngô Lang làm nội ứng, bách quan cũng thứ đệ đi theo, cố nài xin Cung Định Vương trở về triều, để quét sạch nội nạn. Quân của Cung Định Vương đi đến Kiến Hưng, hạ lệnh phế Nhật Lễ làm Hôn Đức Công; rồi làm lễ cáo Thái miếu, nói rằng: "Việc ngày nay thật ý tưởng tôi không có ngờ, vì để cho xã tắc khỏi rối loạn mà tôi không tránh được, thật tự hổ thẹn lắm". Ngay hôm ấy lên ngôi vua, đổi niên hiệu, xuống chiếu các xe kiệu đều dùng sơn đen, không được sơn son thếp vàng. Quân tiến đến đóng ở bến Đông Bộ Đầu, Ngô Lang bảo Nhật Lễ phải tự tay viết thư kể tội mình, bỏ ngôi ra đón. Vua trông thấy Nhật Lễ úy lạo mãi, các tướng đều có lòng phẫn, rút gươm hô to rằng: "Kẻ có tội đã bắt được rồi, sao lại lấy nhân đức đàn bà mà bỏ mất ý nghĩa việc đánh giặc này". Liền đuổi Nhật Lễ ra, bắt giam ở phường Giang Khẩu. Nhật Lễ triệu Ngô Lang đến, nói dối rằng: "Có lọ vàng chôn cất ở trong cung, nhờ lấy hộ"; Ngô Lang quỳ xuống nghe lời. Lễ liền đánh Lang đến chết, việc đó đến tai Vua, Vua sai đánh bằng tay chân không giết Nhật Lễ và truy tặng cho Ngô Lang chức Nhập nội Tư mã, tên thụy là Trung Mẫn. Nhất thiết các chế độ đều theo như cũ.
Vua nói: "Tiên triều ta lập quốc cũng đã có pháp độ riêng, không theo chế độ nhà Tống, vì rằng Nam và Bắc mỗi bên làm vua một nước, không nên rập theo của họ, trong năm Đại Trị, bọn thư sinh làm việc nước, không hiểu rõ sơ ý khi lập pháp, liền bỏ cả pháp độ cũ của tổ tiên, theo về tục Bắc. Nay là lúc sơ chính, nhất thiết theo thể lệ trong năm Khai Thái". Vua lấy cớ Nguyễn Nhiên có ơn với mình, cho làm chức Hành khiển, Nhiên không biết chữ, phê phó việc gì phải vạch chữ rõ mà bảo cho y viết. Quan Quốc tử Tư nghiệp là Chu Văn An mất, Vua sai quan dụ tế, cho tên là Văn Trinh, được thờ ở Văn Miếu theo hàng tiên hiền.
Văn An là người thanh tĩnh, giữ tiết hạnh rất khắc khổ, không cầu gì lợi lộc cao sang, chỉ ở nhà đọc sách, có nhiều học trò làm nên to, như các ông Phạm Sư Mạnh, Lê Bá Quát đã làm đến chức Hành khiển, cũng phải giữ lễ thày trò, lạy ở dưới giường ông ngồi; có điều gì không phải là trách mắng ngay; ông là người nghiêm nghị đáng sợ là thế. Vua Minh Tôn cử làm quan Tư nghiệp, dạy Thái tử; vua Dụ Tôn ham chơi nhiều quyền thần làm phạm pháp, ông dâng sớ xin chém 7 tên nịnh thần, không có trả lời, ông liền treo trả mũ áo rồi trở về quê. Ông mến cảnh núi Chí Linh, đến làm nhà ở đó. Vua Dụ Tôn muốn ủy thác chính quyền cho ông, nhưng ông không nhận. Thái hậu nói: "Bậc hiền sĩ thanh cao, vua cũng không bắt người ta làm tôi được, giao chính quyền cho ông ta thế nào được". Thiên hạ ai cũng khen là có khí tiết cao. Khi bình xong nội nạn, ông mừng lắm, chống gậy lên yết mừng Vua, rồi lại trở về núi.
Chu Văn An người làng Quang Liệt, huyện Thanh Đàm(5), chỗ ông ở liền với trường Đại học, ông xây một nhà đọc sách ở gò lớn, trước là cái đầm nước trong, hiện nay có đền thờ ông ở nơi đó. Ông ẩn cư ở núi Phượng Hoàng, huyện Chí Linh. (Đền thờ có bài văn bia là Nguyễn Công Thái, tiến sĩ triều Lê, soạn ra. Ở núi Phượng Hoàng có bia và bài ký, do tiến sĩ Lê Duy Đản lập lên). Lê Quát hiệu là Mai Phong học trò cao của Chu Văn An.
Sách Xưu Dị Ký: Long vương có con út ham học, nghe biết Chu Văn An dạy học trò, liền lên ở cõi trần để vào học, mà không ai biết, gặp lúc nắng hạ, nhà làm ruộng mất mùa, tiên sinh giảng xong bài, ngồi yên có vẻ lo buồn, mới đến hỏi tiên sinh cớ sao lại buồn, Tiên sinh nói: "Vì gian thần cầm quyền, không biết việc điều hòa âm dương, đến nỗi có đại hạn, người có lòng nhân đều phải đau xót, ta cũng không sao quên được", liền đứng ra thưa rằng: "Tiểu sinh có tài gì đâu, làm thế nào kéo được máy tạo hóa được, nhưng cũng xin thử làm chút ít, may ra cũng đủ sức" bèn cầm hồ nước đổ vào nghiên mực, một lúc có cơn mưa như giội; rồi lạy tạ thầy, từ đây xin thôi học. Khi về đến bên sông Nhuệ Giang, chợt gặp vị thiên sứ hỏi cớ làm mưa đó; liền ngã xuống đất hóa ra con giao long, người trong làng đào đất lấp lên, gọi là "giao long hạc túc", đối ngạn với Quán sở, hơn tháng sau thấy có linh ứng, người làng đó lập đền thờ, nay vẫn hãy còn.
Vua trừ bỏ cách cắt chân ruộng bãi cát bồi, bỏ lệnh điểm duyệt tài sản.
Trước kia, vương hầu có ruộng ở ven sông thì bãi cát mới bồi ở liền ruộng, đều thuộc quyền sở hữu; đến thời bà Chiêu Từ Thái hậu mới lập ra pháp luật cắt chân, chận lấy ruộng mới bồi, để thu lấy thuế. Nhà quyền quý nào chết hay bỏ đi, thì tài sản thuộc về con cháu, đến đời vua Dụ Tôn mới có lệnh phải kiểm duyệt, châu báu nộp hết vào công, đều là những người bầy tôi chỉ thu nhặt mở mào ra đó. Nay đều bỏ hết cả lệ ấy đi.
Nước Chiêm Thành vào cướp kinh đô, do cửa biển Đại An, theo chiều gió đi một đêm đến thăng cửa biển Thái Tổ (nay là phường Phục Cổ huyện Thọ Xương). Vua đi thuyền sang sông Đông Ngàn để đánh giặc. Khi bấy giờ thái bình đã lâu, biên giới và các thành không có quân phòng giữ, nên giặc đến không có quân lính để chống cự, quân giặc vào thành cướp của bắt người, cung điện rỗng không. Trước, mẹ Nhật Lễ trốn sang nước Chiêm Thành, dụ chúng vào cướp, để phục thù cho Nhật Lễ, người Chiêm đắc chí, hàng năm làm lo cho biên giới, quốc gia từ đấy mới sinh ra nhiều việc.
Nước Chiêm từ đời Dương Mại, Phạm Chí trở về sau, vẫn làm mối lo cho nước ta, thời gian nhà Lý và Trần tuy có bị nhiều trận thua to, cũng vẫn khi phục, khi phản vô thường, đến cuối đời Trần thì chúng lại quật cường lắm.
Vua lập em vua là Kính (Cung Tuyên Vương) là Thái tử chế ra 14 chương Hoàng Huấn cho Thái tử, đến khi truyền ngôi, lại làm bài châm 150 câu mà cho.
Vua lấy người họ ngoại là Lê Quý Ly làm Khu mật Đại sứ (2 người cô và chị Quý Ly đều là cung nhân của vua Minh Tôn, một thì sinh ra vua Duệ Tôn, nên lúc sơ chính Vua càng tin dùng, lại gả Công chúa cho nữa).
Vua truyền cho Thái tử Kính lên làm vua. Vua Nghệ Tôn là người hiếu hữu, bình xong loạn Nhật Lễ mà không có lòng tham vị, bỏ con mà lập em, làm cho người Minh khen là có lòng coi thiên hạ là công như Nghiêu, Thuấn.
Vua cho Trương Hán Siêu được tòng tự vào đền thờ Khổng Tử.
Nhà Trần cho 3 người được tòng tự vào đền thờ Khổng Tử: Chu Văn An là hơn cả, Hán Siêu là nhầm; còn đến Tử Bình thì chặt bỏ xác ra từng tấc một cũng chưa hết tội, sao lại được xen vào hàng cung đình lễ nhạc. Nay ở nhà phía tây Văn Miếu vẫn còn bài vị thời Chu Văn An. Còn Hán Siêu và Tử Bình thì đã tước bỏ đi rồi, không biết từ đời nào, xem thế có thể thấy lòng người ta cùng một nhân tâm, thiên lý.