Đã thoáng qua những chứng dẫn cho thấy tập họp thần linh trung ương Lí, Trần chỉ là một phần rất nhỏ của thần linh trong nước. Lấy mẫu mực Nho Giáo để khuôn nắn tính chất các thần may ra chỉ đưa đến những dáng đồng dạng ở một vài điểm cốt yếu chứ không bao trùm hết được quan niệm người đương thời nghĩ về thần. Ngay đến các thần được tập trung, nghĩa là đã được thu gọn, cải biên theo người ghi chép, nhìn kĩ, cũng không mang một nội dung duy lí như các đời sau và sách vở của nho sĩ muốn gán cho. Các phần Tiếm bình kèm theo ở VĐULT chẳng hạn, với những lời tán tụng và phản đối, cho thấy sự lệch lạc qua thời gian của tầng lớp trí thức chung một ý thức hệ, và đồng thời cũng cho thấy sự lệch lạc ngay lúc đương thời của đối tượng được thờ cúng và người ghi nhận.
Các nho thần, hay trí thức thấm nhuần nho học, mượn khía cạnh nhập thế của lí thuyết này để củng cố vương quyền, cố sức đem quan điểm về một ông con Trời vào đầu óc các vua Lí, nhưng có bằng cớ cho thấy các ông này đã sợ thần linh hơn là ý thức mình cai trị được thần linh. Lần đầu tiên có được nhà cao cửa rộng trên một xứ đầy dông bão thường có sét đánh sập cả cung điện, Lí Nhân Tông đã sợ sấm sét phải cầu cứu đến đức Phật – một ông Phật-thần – và truyền căn bệnh ấy lại cho ông cháu, Lí Cao Tông(6). Họ cầu mưa qua một hòn-đá-Phật, qua một hồn ma, họ vẫn chia xẻ tâm trạng sùng kính thần linh của dân chúng trong khi địa vị của họ đáng lẽ đòi hỏi một thái độ nhiều quyền uy hơn. Thành thử trong một thời gian dài, vẫn còn sôi động một quan niệm thần linh chiết toả cuộc sống thường nhật đến cả tầng lớp cao trong nước, trong đó lẫn lộn đậm nét những tin tưởng xưa cũ hoặc còn giữ được những nét cốt yếu, hay đã chuyển hoá ra đầu phục các hệ thống tôn giáo, làm biến dạng các hệ thống này.
Ở thế kỉ XVIII, Ngô Thì Sĩ(7) làm thống kê:”Triều Lí trước sau gần 50 lần chép điềm lành... Đời (Lí) Thần Tông chép 29 điềm tốt, điềm hươu đến 9 lần, vì hươu mà được làm quan đến 3 lần, dò xét hươu được thưởng 2 lần...” Lê Văn Hưu (thế kỉ XIII), Ngô Sĩ Liên (thế kỉ XV), không làm thống kê, nhưng cũng phê bình vua, nhân có những điều các ông cho là “lạm dụng” khi thấy các nhân vật đi theo sinh hoạt thời đại: tìm hươu trắng, vật thú lạ.
Chuyện vật lạ chưa phải chấm dứt dưới triều Trần, nhất là vào lúc đất nước rối loạn: hổ đen xuất hiện ở kinh thành (1354), chim trắng vào đầu nhà Hồ (1400). Có điều những ghi nhận lúc này quan tâm đến con người nhiều hơn: chuyện đổi giống, sinh dính liền. Lại có thêm những ảnh hưởng mới từ phương Nam: cá voi chết cũng được ghi nhận (1287) ở cửa sông danh tiếng Bạch Đằng, như mở đường cho việc phong thần đền cửa Càn (1312).
Các vật dị hình: cau nhiều thân, rùa nhiều đầu, ngựa nhiều móng, hổ, voi, sẻ trắng, hươu trắng, hươu đen... không được giải thích về mặt lệch lạc sinh học mà như là những “điềm” báo hiệu sự tốt đẹp.
Đạo Phật có ưu thế nên không lấy làm lạ rằng các điềm, vật lạ có liên quan đến tôn giáo này, được Ngô Thì Sĩ nhặt ra đến 30 lần trong đời Lí: bông đèn, hoa sung (ưu đàm) nở, cây phướn múa. Phần lớn các con vật được coi là lạ chỉ vì mang màu trắng được đặt ở vị thế cao quý trong thời đó. Voi trắng bị bắt nhiều lần (1060, 1068, 1079, 1090, 1106, 1186) là gốc ở tin tưởng về chuyện Tiền thân (Jataka), từ chuyện mẹ Thích Ca thấy voi trắng chui vào mình mà hoài thai Phật.
Nhưng ta biết Phật Giáo tự nơi xuất phát đã vướng víu những thần thoại Bà La Môn với các hệ phái của nó, và trong tình trạng phát triển ở Đại Việt với các nước Chiêm Thành, Chân Lạp phía nam đậm màu các giáo phái đó, với cả Phật Giáo, thì những tin tưởng quen thuộc của hệ thống Ấn Độ lại có dịp hội tụ để nổi lên trong tâm tư người dân Đại Việt. Con voi trắng linh thiêng có thể nhận lãnh sự sùng kính thay cho con bò thần (trắng) Nandin, vật cưỡi của thần Civa.
Nho Giáo, hệ thống chính trị - xã hội đó, hay bài bác “mê tín, dị đoan”, cũng mang đến những thần linh của mình lấy từ phương Bắc. Nổi bật hơn hết là con rồng, trên nét chạm khắc của người thợ đương thời nó còn là con rắn, vậy mà đã xuất hiện luôn luôn bên mình một ông hoàng thái tử, trong cung điện hoàng đế, với màu vàng chỉ vị trí trung ương của vị chủ tể nước theo hệ thống bát quái Trung Hoa.
“Điềm” đều là điềm lành, mang ý nghĩa cầu mưa rõ rệt. Ngay đến cả con voi trắng cũng là vật báo hiệu mưa trong một truyện Tiền thân. Cho nên ta có thể nhìn lại vị thần chủ trì chính về việc làm mưa của nhà Lí để thấy tính chất phồn thực trong sự tin tưởng liên quan đến những vị thần khác, có tên hay vô danh, của thời đại.
Có thể biết rõ thần Hậu Thổ có gốc tích là Bà Chúa Xứ đất Chiêm Thành như đã nói. Rõ hơn, có thể biết tượng gốc đem về không phải là khúc cây lượm tình cờ trên bãi sông mà chính là tượng đang thờ lúc ấy: “một đầu cây rất giống hình người, hình như có dấu sơn cũ...” (Chúng tôi nhấn mạnh.) Thần tích chứa đựng một truyền thuyết về bà Thiên Y nhập vào thân cây nhưng các danh hiệu phong tặng lại cho ta thấy hình tượng nguyên cả tập họp linga-yoni. Năm 1285: Hậu Thổ Thần Địa Kì Nguyên Quân; “nguyên quân” là từ được dùng để xưng tụng một phụ nữ quý phái, sang cả, chỉ đúng vào người đàn bà hiển linh mặc “quần xanh” kia, màu xanh như sẽ thấy đi cùng với những nữ thần báo mộng cho Nguyễn Hoàng về sau, ngay trên đất Chàm; “địa kì nguyên quân” rõ ràng là chữ Hán dịch ngay tên Bà Chúa Xứ, chứng tỏ đương thời người ta đã nghe và hiểu tên Chàm: Po Yan Ino Nưga; thần Hậu Thổ là từ mượn của Trung Hoa nhưng người Tiếm bình VĐULT của thế kỉ XVIII vẫn hiểu nên ghi rõ hơn: Hậu Thổ Phu nhân. Thần Đất, trừ ở các dân tộc có tổ chức xã hội phụ hệ mạnh, thường vẫn là thần Đất Mẹ vì chứa đựng mầm mống sinh sôi nảy nở, điều hiện rõ trong danh hiệu năm 1313 chỉ nội dung tín ngưỡng: Ứng Thiên Hoá Dục. Người Tiếm bình còn hiểu ý nghĩa thờ thần, nên dè dặt giải thích “chiếu phong tặng rất kín đáo”, nhưng ngơ ngẩn trước danh hiệu “Nguyên Trung” của năm 1288 mà không thấy ý nghĩa của nó nằm trong sự “kín đáo” đã nói, là chỉ sự thẳng cứng xuyên suốt của thần, chỉ hình tượng vật chất của một bộ phận thờ cúng: cái linga. Phỏng đoán từ VĐULT, chi tiết hơn, có thể gọi tượng đem về là một mukhalinga, linga có hình mặt người.
Thần Thiên Y A Na – tên Việt bây giờ của ...Nguyên Quân, vẫn còn giữ âm gốc: Thiên/ Yan(a)/Dàng – đã được nâng lên bực đàn chủ của đàn Viên Khâu (1154) – lập ra để tế Trời – từng làm “được mưa to xối xả” với một thần thuộc quyền là Câu Mang. Có lẽ đây là thần Câu Long được đọc trại đi hay hiểu sai lạc: Câu Long, con Cộng Công, không chống với Chuyên Húc như người cha mà chỉ lo việc cày cấy đất nhà và được thừa hưởng cúng kiếng, trở thành thần Hậu Thổ Trung Quốc, thần Đại Xã của vùng trời Hoa Hạ(8) chứ không phải là “phụ tá” của thần Hậu Thổ gốc Chiêm Thành. Không phải là vấn đề sai hay đúng mà là chứng cớ về sự chuyển biến của một nét văn hoá khi phải xê dịch.
Vị thần Phù Đổng đem về Thăng Long hình như vẫn không mất bản chất thờ cúng tính dục, tuy trên vùng đất quê hương, thiền phái Quan Bích muốn đồng hoá Thần, đã khoác cho Thần bộ mặt kẻ giữ gìn, bảo vệ tôn giáo (lokapala) qua lối mượn ý từ cõi linh thiêng theo một cung cách nào đó:
Phật pháp thuỳ năng hộ?
Trong các đền ở kinh đô Lí có tên hai vị thần chỉ xuất hiện một lần (1145) theo lời sử ghi nơi thờ cúng được dựng lên, là Ông Nghiêm và Ông Mẫu. Các nhà chú thích sách Toàn thư xưa và nay đều bỏ lơ, có lẽ vì không tìm ra dấu tích liên hệ. Dừng lại ở phần ý nghĩa chữ thì Ông Nghiêm có thể là (Lí) Ông Trọng, còn Ông Mẫu là thần Phù Đổng vì các nghĩa của chữ “mẫu” liên quan đến vấn đề ở đây là “gò đống”, “chốt cửa”, “giống đực” có ám chỉ đến nguồn gốc, khía cạnh tính dục của Thần. Đền thần ở Thăng Long lập trên đất có tên Hán-Việt là Cảo Hương – tên nôm là làng Cáo. Thế mà truyện Hồ tinh của LNCQ cho biết phía ngoài đồng ruộng cày cấy, trên vùng cao ráo bên hồ Tây “đều có dân cư, tục gọi là Hồ Thôn” – lại một chữ khác xác nhận tên gốc làng Cáo (chồn). Ta nhắc đến cách giải thích của E. Porée-Maspéro về nghi lễ thờ cúng của tập đoàn người ở chân núi Tản Viên kéo dài đến bên thành Thăng Long, có thể có tập tục để một người – pháp sư? hoá trang cáo (chín đuôi) hợp hôn với trai gái ngày lễ đi vào hang động. Ông Đống Phù Đổng đi về an cư ngự trị trên một Hồ Thôn đó hẳn là không lạc loài.
Xa về phía biển, ta gặp một chuyện “dâm loàn” mà nho sĩ vẫn ghi lại. Bà vợ của ông Nam Hải Long Vương, chúa cả vùng biển ấy, thuật chuyện làm việc tính giao bình thường với một ông Hoả Long nào đấy, nếu hiểu theo quan điểm Nho Giáo hẳn phải đem đến một kết quả tồi tệ, nhưng lại thấy nảy nở ra một sự khác thường: một vị thần với đầy đủ quyền lực. Ông Hoả Long con ấy, tuy trong truyện nói là một khúc cây, nhưng sự kiện đeo đẳng dựa vào mạn thuyền người dân chài, cho thấy thấp thoáng có dáng con cá voi cứu người đi biển ở phía Nam.
Như thế, thần linh Lí, Trần dù đã được tập họp thành hệ thống cho những thần nổi bật, dù mang dạng phúc thần của Nho Giáo, vẫn chứa đựng đầy tín ngưỡng phồn thực của dân chúng mà quan điểm một nhà nước nông nghiệp thấy có thể chia xẻ được, và phải chia xẻ.
Thần thổ địa Đằng Châu điều khiển mưa, tạnh. Thần Bố Cái cũng ra ân cứu hạn. Hai Bà Trưng cũng không được Lí thờ như những vị anh hùng cứu quốc mà vì đã tỏ quyền lực trong một cơn mưa cứu hạn, do đó được đưa về phía bắc Đại nội, trong đền Vũ Sư,(9) hẳn là nơi mà một thời chủ trì cầu đảo ở đấy là tăng nhân “Vũ sư” Tĩnh Giới của nhà Lí, và là nơi Trần Thái Tông thử thách khả năng làm mưa của sư Giới Châu.(10)
Ý thức tính giao liên hệ đến mùa màng biểu hiện ở sự chăm sóc xây dựng các giếng khơi và những chuyện thần kì quanh các giếng cung cấp nước cho nhà nông. Việc đắp đê sông Hồng chỉ có tính hệ thống, nề nếp với triều Trần (1248) trong lúc đê Cơ Xá (1108) của Lí đơn lẻ, chỉ có mục đích chính là bảo vệ kinh thành. Cho nên giếng vẫn còn cần thiết ở mức độ cao cho nhà nông, và có thể hiểu “giếng” còn là ao. ANC ghi chuyện giếng Tự Nhiên ở quê hương nhà Lí được “cố lão tương truyền là không phải do người đào”, thường không cạn, nếu cạn thì đói kém, đầy thì được mùa, tất nhiên! Có giếng Thắng Đức làm bằng đá xếp, giữa vùng cây gỗ lim, do họ Lí đào, đã phun nước báo hiệu cho vua Trần (Duệ Tông) biết sẽ bị thất bại trong trận đánh Chiêm Thành (1377).
Giếng nước chứa mầm mống thần bí nên trong việc tranh chấp ngôi vua dưới triều Trần Minh Tông (1314 – 1329), người ta bỏ bùa ếm mang tên những người chia nạn vào bụng cá bông thả xuống giếng ở Đông Cung. Sự thần bí ấy (về giếng nước, khe nước) có liên quan đến âm tính, đến bây giờ còn thấy trong ngôn ngữ “tục”, và chuyển qua trong những bài thơ nói là của bà Hồ Xuân Hương. Theo ANC, giếng Chuông Linh ở huyện Cổ Nông, là do một người đàn bà đến bên đầm giặt giũ, dựa vào một cái chuông hư khiến chuông chui vào đất sâu đến trăm trượng mà tạo thành. Chuyện cái giếng (ao) Trọng Thuỷ trong thành Cổ Loa, theo lời truyền, có đặc tính làm sáng ngọc châu (hồn oan Mị Châu) là thần thoại đượm màu văn chương trong ý nghĩa tính giao gợi nên từ cái giếng nước. Và vì ý nghĩa siêu hình mang trong bản thân nên giếng không cần phải có công dụng cụ thể nữa, mà chỉ là vật tượng trưng, thành giếng khơi, giếng cảnh, giếng mắt rồng (như tên bây giờ mang ý nghĩa phong thuỷ) có thành được chạm trổ, mài láng trang trí Li Cung nhà Hồ.(11)
Có vẻ như sự thăng cấp thần linh đem về trung ương bắt đầu với triều Lí đã làm đà thăng tiến cho những thần linh khác đi từ chỗ vô danh ra ngoài ánh sáng của lịch sử. Và chính ở dạng công khai mà các thần linh mới dễ định hình theo sự lôi kéo của các dòng tư tưởng lưu hành, trong đó ý thức hệ được nhà nước công nhận đóng vai trò chủ đạo, khuôn nắn những chất liệu từ các tầng lớp dân chúng, từ các khu vực xa xôi đưa về.