Sau vụ bị chết hụt, thái hậu Ngọc Vạn càng trở nên trầm tư đến lạ lùng. Không phải là do thái hậu sợ hãi mà chính vì sự xáo trộn nội tâm quá mãnh liệt trong bà. Tên thích khách đã gọi ta là con ác phụ ư? Đâu có sai chút nào? Nó cũng nhận xét khách quan mà chính xác đó chứ! Một người đàn bà lúc nào cũng tìm cách đánh lừa chồng, lúc nào cũng rắp tâm chực cướp cơ nghiệp của chính con mình như ta thì nó gọi là ác phụ có gì là quá đáng đâu! Ta dấn thân hành động vì động lực đầu tiên là mưu đem lại sự cường thịnh, nguồn hạnh phúc cho dân tộc ta mà trước hết là cho những người thân yêu của ta. Thế mà bây giờ... ta đang làm gì? Ta đang làm gì? Con hổ, con lang không bao giờ ăn thịt con nó, tại sao ta phải đối xử không xứng đáng với những đứa con vô tội của ta như thế?
Không! Ta phải ngưng ngay những hành động tội lỗi của một người mẹ! Nhưng dễ gì ta ngưng hành động được? Phản bội lời hứa với cha ta ư? Phản bội lời thề nguyện với tổ quốc, dân tộc ta ư? Thế thì ta còn xứng đáng làm con người đội trời đạp đất không? Không thể đổ lỗi cho ai được đâu! Chính ta! Chính ta đã tự nguyện bước vào cái tròng này! Không thể đổ lỗi cho ai được đâu! Nhưng, làm sao ta phải tự tay mình cắt thịt bên này của ta để đắp lên thịt bên kia mãi như thế này? Ta điên mất thôi! Ta điên mất thôi! Chắc kiếp trước ta đã phạm tội gì lớn lắm nên kiếp này ta phải trả. Có cha mẹ ta không được gần gũi phụng thờ, có người yêu thương ta không được chung sống? Có chồng tốt ta không được ăn ở trọn nghĩa trọn tình, có con cái ngoan ta không được đem lòng mẹ bẩm sinh ra đùm bọc? Ta có đáng tiếp tục sống trên đời này nữa không đây?
Thế rồi bao nhiêu ngày thái hậu cứ ở miết trong cung. Chỉ có một người hầu gái lo cơm nước của bà được vào ra liên lạc. Người hầu cứ bảo thái hậu khó ở trong người, không muốn gặp ai. Kể cả khi nhà vua đến vấn an bà cũng không chịu tiếp kiến nữa. Biết tính khí thái hậu như vậy, không ai còn dám làm phiền bà.
Rồi một hôm, khi mặt trời đã gần đứng bóng, người ta vẫn chưa thấy người hầu của thái hậu ra lấy cơm nước. Mọi người nghi ngại lo lắng, bèn báo với viên quan có trách nhiệm. Nhà vua cùng hoàng thân Outey nghe tin hoảng hốt đến ngay cung thái hậu để vấn an. Khi nhà vua đến nơi mới rõ cả thái hậu lẫn người hầu gái đều bặt tăm hơi. Triều đình lập tức phân bủa người ra đi tìm khắp nơi. Nhưng ngày này qua ngày khác, vẫn chỉ hoài công vô ích. Một tháng, hai tháng trôi qua vẫn chẳng tìm ra chút manh mối nào. Dư luận dân chúng xôn xao là thái hậu đã bị bọn bất hảo bắt cóc đem thủ tiêu mất rồi.
Nhận được tin chẳng lành, viên đặc sứ Đại Việt không dám chậm trễ, lập tức phi báo về Thuận Hóa. Chúa Sãi bấy giờ đã 72 tuổi, đang dưỡng bệnh tại Phúc Yên. (Chúa đã dời thủ phủ về Phúc Yên, một làng thuộc huyện Quảng Điền từ năm Bính Dần 1626, đây là thủ phủ thứ tư của các chúa Nguyễn). Nghe báo cáo xong, chúa khóc rống lên:
- Trời ơi, không ngờ con ta lại bạc phước đến thế! Công nghiệp của con to lớn dường bao! Tuổi con còn thanh xuân, sao trời không cho con sống yên một thời gian nữa để hưởng vinh quang, đau đớn thay!
Liền đó, chúa cho triệu thế tử Nguyễn Phúc Lan vào dạy:
- Em con là Ngọc Vạn đã hi sinh đem thân gái ra đi ngàn dặm cũng chỉ vì việc nước. Hiện tại thân phận nó ra sao ta cũng không biết nữa, thật tội nghiệp. Năm nay hình như vận hạn ta không được tốt. Cây cột vững chắc nhất để chống Đàng Ngoài là Lộc Khê hầu (Đào Duy Từ) đã đổ. Rồi đứa con cưng quí của ta, ta vẫn nghĩ nó là cánh tay Nam Tiến thần diệu nhất mà trời ban cho ta bây giờ lại mất tích! Ta đã già yếu rồi, tất nhiên những khó khăn sắp tới sẽ đổ dồn lên đôi vai con. Con phải cố gắng hết mình mới kham nổi. Lâu nay ta không hề đả động gì đến việc mở đất về phía Chân Lạp là vì ta còn nặng tình nghĩa nhạc gia chàng rể. Nhưng đến đời con thì mọi chuyện khác hẳn rồi. Con cứ lấy việc họ Trịnh mà suy thì biết. Ngọc Vạn đã dọn quang một quãng đường thiên lý cho chúng ta đi, con phải lưu tâm đến chuyện đó đừng để lỡ cơ hội, đừng để phụ lòng nó. Công của Ngọc Vạn phải nói là một đệ nhất kỳ công, trong hàng nữ lưu kim cổ khó ai sánh kịp. Cả một miền Thủy Chân Lạp giờ đây không nơi nào là không có người Việt ta sinh sống, đó là cái nền tảng vững chắc mà con phải tận dụng. Ta chỉ gợi ý như thế, chứ sự khôn ngoan linh hoạt để ứng phó với đời ta nghĩ con đã có thừa!
Thế tử Nguyễn Phúc Lan thưa:
- Con xin tuân lời phụ vương dạy bảo.
Chúa Sãi lại tiếp:
- Còn nữa, cuộc hành trình của Ngọc Vạn em con, chắc con cũng thấy, thật là muôn vàn khó khăn. Nó đã dọn thẳng lối vào chính diện thượng tầng quốc gia Chân Lạp. Ngoài nó ra, ta nghĩ rằng không ai làm được công việc đó! Việc gấp trước mắt bây giờ là con phải đốc thúc người mình giúp triều đình Chân Lạp tìm kiếm cho ra tông tích Ngọc Vạn. Nó là em gái của con, con phải hết lòng mới được. Chớ coi thường những điều ta dặn ấy! Còn về mặt hạ tầng, nếu không có sự hỗ trợ đắc lực của một lực lượng an ninh đặc biệt, dân ta dễ gì len lỏi vào giữa chốn rừng thiêng nước độc và bọn tạp dân trăm nước ấy! Đó chính là công lao của năm kiếm khách anh hùng trong "đội bảo hộ lưu dân Đại Việt" mà người đầu lĩnh là Trần Đình Huy. Họ đã âm thầm hành động trong bóng tối để đẩy lui các thế lực cản bước tiến của dân tộc ta, tạo ra những huyền thoại làm cho người Chân Lạp cũng như các sắc dân khác sợ hãi mà phải nhường nhịn dân ta. Ta muốn con sau này phải tưởng thưởng xứng đáng cho những người ấy. Riêng Trần Đình Huy, ta đã định phong tước An quốc hầu để đền đáp và nêu cao công lao an quốc cho ông ta. Con phải nhớ thay ta thực hiện việc ấy!
- Con xin hứa sẽ làm tròn những gì phụ vương dạy bảo!
- Tốt lắm, ta tin tưởng con sẽ làm rạng rỡ thêm công nghiệp của cha ông và nhất là không để cho sự hi sinh lớn lao cả đời của em con trở thành vô ích!
Nói đến đây thì chúa tỏ vẻ mệt lắm, muốn ngất. Thế tử Nguyễn Phúc Lan vội bảo ngự y vào xem bệnh cho chúa.
Chúa Sãi đã khó nhọc giúp cha mình tạo dựng cơ nghiệp từ khi còn trẻ. Chúa đã từng làm trấn thủ Quảng Nam một thời gian dài. Sau lại lao tâm lao lực trải hơn hai mươi năm trị vì xứ Đàng Trong. Bây giờ tuổi già sức yếu, chúa cứ bị bệnh hoạn liên miên. Cái tin công nữ Ngọc Vạn bị mất tích đã làm chúa quá xúc động nên bệnh càng tăng. Một thời gian ngắn sau đó thì chúa qua đời, hưởng thọ 73 tuổi.
Thế tử Nguyễn Phúc Lan đăng quang kế vị xưng hiệu Công Thượng vương tục gọi là chúa Thượng vào năm Ất Hợi (1635).
°
Biến cố thái hậu Ngọc Vạn bị mất tích đã làm chấn động cả nước Chân Lạp lẫn xứ Đàng Trong. Mặc dầu triều đình Chân Lạp không chính thức công bố ra, nhưng việc người của triều đình bủa đi các nơi tìm kiếm đã làm cho cả những người ở tận hang cùng ngõ cụt cũng có thể biết chuyện. Thiên hạ bàn tán xôn xao, phần đông đều than thở thương tiếc cho một người đàn bà cành vàng lá ngọc, sắc nước hương trời mà chịu mang phận bạc. Tất nhiên cũng không tránh khỏi một số người thù địch lại lấy việc đó làm mừng, họ cho là trời cao có mắt, báo ứng phân minh...
Sau nửa năm tìm kiếm không kết quả, vua Chau Ponhea To bèn tổ chức lễ phát tang cho thái hậu. Chúa Thượng Nguyễn Phúc Lan bèn cử sứ thần đại diện sang Chân Lạp điếu tang. Đồng thời chúa Thượng cũng cho hoàng tộc lập trai đàn cầu siêu thất tuần cho người vắn số ở Thuận Hóa.