Vào thời Trung đại, các thể chế tôn giáo trên toàn thế giới đã phát triển mạnh và có thế lực ở khắp nơi. Điều này mang lại những lợi ích lớn lao nhưng ngược lại cũng dẫn tới sự tha hóa trong các tổ chức tôn giáo.
Đến năm 1200, ngay cả tôn giáo “trẻ” nhất là đạo Hồi cũng đã 500 năm tuổi. Các tôn giáo trở thành những thiết chế quan trọng và định hình trong tập quán của mỗi nước. Ở nhiều nơi, cuộc sống hàng ngày trở nên cực nhọc vì nạn đói nghèo và những gian truân, và những ai không chịu được sự khốn khó thường trở nên hư hỏng, đồi bại hoặc phạm tội. Nhiều người theo đạo bắt đầu cảm thấy việc từ bỏ cuộc sống đời thường, trở thành tu sĩ để thờ phụng Chúa có thể sẽ có lợi hơn. Đó là lý do khiến cuộc sống tu viện trở nên hấp dẫn đối với nhiều người. Ở châu Âu, Trung Quốc và Tây Tạng, chế độ tu kín với các lề luật nghiêm ngặt và lối sống thanh đạm ngày càng phát triển. Các tu viện cũng hỗ trợ cộng đồng địa phương trong việc chăm sóc y tế, giáo dục, tạo việc làm và cung cấp nơi tạm trú. Tu viện khuyến khích các cuộc hành hương và có ảnh hưởng tích cực trong những lúc loạn lạc.
Giới tu sĩ có ảnh hưởng đến chính trị cũng như tôn giáo. Ở châu Âu, Giáo hoàng kình địch với nhà vua, Tu sĩ kình địch với quý tộc, thậm chí đôi khi các Giáo hoàng cũng cạnh tranh với nhau. Giáo hội bị tha hóa – người ta có thể dùng tiền để mua chức vụ trong hệ thống tu hành và sự tha thứ cho những tội lỗi mình phạm phải. Trong đạo Hồi, không có giới tăng lữ nhiều quyền lực nhưng có nhiều nhóm Hồi giáo khác nhau.
Ở Mexico của người Maya và người Toltec, các thầy tu nắm quyền lực tuyệt đối và đòi hỏi mọi người sẵn sàng hy sinh làm vật tế sống. Khắp nơi trên thế giới, nhiều người đơn thuần tin vào Thượng đế, nhưng không được truyền dạy về tôn giáo một cách thích đáng. Ở châu Âu, tôn giáo được truyền dạy bằng tiếng Latinh, ở Ấn Độ thì bằng tiếng Phạn (Sanskrit), những thứ tiếng mà hầu hết mọi người không hiểu. Hành hương là một việc quan trọng đối với các tín đồ: người Hồi giáo hành hương tới thánh địa Mecca, người Ki-tô giáo tới Rome và Jerusalem, còn tín đồ Phật giáo và đạo Hindus (Ấn Độ giáo) thì tới các ngọn núi và ngôi chùa linh thiêng. Nhiều người không thể cải thiện cuộc sống của mình, nên họ cầu nguyện để có được cuộc sống tốt đẹp hơn trên thiên đường (đối với người Ki-tô giáo, Hồi giáo và người Maya) hoặc ở kiếp sau (đối với tín đồ đạo Hindu và Phật giáo). Đền chùa và nhà thờ được xây dựng trên khắp thế giới, một số được xếp vào loại các công trình kiến trúc đẹp nhất của thời đại.
Trong thời Trung đại cũng đã xuất hiện các nhà tư tưởng tôn giáo lớn. Các học giả như Meister Eckhart ở Đức, Thomas Aquinas ở Italy, Maimonides và Ibn Arabi ở Ai Cập, Marpa Dịch giả ở Tây Tạng, Ramanuja ở Ấn Độ và Dogen ở Nhật Bản đã định hướng tư tưởng của thời đại. Tôn giáo trở thành một phần của cuộc sống thường ngày, ảnh hưởng đến nghệ thuật, khoa học, y học, chính quyền và xã hội. Tôn giáo đã tạo nên cốt lõi của nhiều nền văn hóa trên thế giới. Một số người cho rằng cầu nguyện vào các ngày lễ tôn giáo là đủ, tất cả các ngày còn lại thì được phá lệ. Một số đền và nhà thờ trở nên giàu có và tha hóa đến mức nhiều người bắt đầu tỏ ra nghi ngờ đức tin của mình.