Người châu Âu dần dần thâm nhập châu Á, tìm cách chi phối hoạt động buôn bán tại đây. Vào thế kỷ XVIII, những quan hệ thương mại này biến thành các cuộc giao tranh chính trị.
Từ năm 1603, Nhật Bản do các Shogun nhà Tokugawa cai trị. Họ điều hành đất nước rất chặt chẽ và cô lập Nhật Bản với thế giới bên ngoài. Nhưng họ cũng mang lại an ninh và thái bình cho nước này. Dưới sự cai trị của nhà Tokugawa, Nhật Bản phát triển thịnh vượng. Dân số tăng từ 20 triệu lên 30 triệu người trong vòng 150 năm, sản lượng nông nghiệp tăng mạnh. Các thành phố trở nên phồn vinh, cùng với đó là sự lớn mạnh của hoạt động buôn bán và tầng lớp thương gia. Thợ thủ công khéo tay làm ra những hàng hóa đẹp, đặc biệt là quần áo, vải lụa màu. Nhiều người Nhật Bản được hưởng một nền giáo dục tốt.
Nhưng Nhật Bản cũng có những vấn đề của mình. Nhiều người Nhật Bản rời bỏ ruộng đồng, dồn về các thành phố, và tầng lớp samurai rơi vào cảnh nợ nần. Sưu thuế cao dẫn tới các cuộc nổi loạn, và nhiều tội nhỏ cũng bị trừng phạt bằng án tử hình. Vào những năm 1740, Shogun Yoshimune (1684–1751) có tư tưởng tiến bộ đã bãi bỏ nhiều đạo luật hà khắc và cho phép du nhập sách vở của châu Âu. Nhưng vào những năm 1760, tại Nhật Bản đã xảy ra nạn đói, động đất; các cuộc khởi nghĩa xảy ra thường xuyên, và phong trào chống đối các Shogun dần lớn mạnh. Chỉ một số ít thương gia Hà Lan là những người nước ngoài duy nhất được phép vào Nhật Bản. Họ bị đối xử một cách miệt thị, nhưng vì kiếm được rất nhiều tiền nên họ chịu đựng sự xúc phạm này.
Tại Đông Nam Á, không có việc cấm các thương gia nước ngoài giống như ở Nhật Bản. Các nhà buôn gia vị người A rập và châu Âu đã tới khu vực này từ thời Trung Cổ, sau này người châu Âu đã thiết lập các trạm thông thương. Người Hà Lan thống trị khu vực này, kiểm soát Java và lập các trạm thông thương trên nhiều hòn đảo. Một vài quốc gia do Hồi giáo chi phối ở Đông Ấn có thái độ thân thiện với người Hà Lan hoặc bị người Hà Lan kiểm soát.
Trong thế kỷ XVIII, quan hệ buôn bán đã biến thành các giao tranh chính trị. Người Anh ngày càng quan tâm hơn đến khu vực này. Năm 1762, họ ép người Tây Ban Nha phải từ bỏ độc quyền đối với tuyến đường biển sang châu Mỹ La-tinh. Năm 1786, họ kiểm soát Penang ở Mã Lai, và năm 1795 thì chiếm được cảng Malacca của người Hà Lan.
Trong các cuộc chiến tranh do Napoleon khởi xướng, người Anh chiếm Batavia, thủ phủ của người Hà Lan trên đảo Java. Sau đó, họ trả lại thủ phủ này cho người Hà Lan sau khi người Hà Lan thừa nhận quyền kiểm soát của Anh ở Mã Lai. Năm 1819, người Anh lập Singapore làm hải cảng tự do và các thương gia Anh được hưởng đặc quyền tại đây. Singapore trở thành cảng dừng chân quan trọng trong các hoạt động buôn bán của người Trung Quốc và nhanh chóng phát triển thành một trung tâm thương mại chủ chốt trong khu vực. Hàng hóa từ Anh và Ấn Độ được chuyển tới phương Đông và hàng hóa từ Trung Quốc và Đông Ấn được chuyển về phương Tây.
Các nước châu Âu bắt đầu can dự vào các cuộc chiến tranh giữa các nước Đông Nam Á. Họ lợi dụng các cuộc xung đột địa phương để giải quyết tranh chấp giữa họ với nhau. Người Anh, Pháp và Hà Lan đều chiến đấu ở Xiêm (Thái Lan ngày nay) vào những thời điểm khác nhau, tuy vậy Xiêm vẫn là một nước độc lập. Trong những năm 1824–1826, nổ ra một cuộc chiến tranh giữa người Anh và người Miến Điện do Miến Điện ủng hộ kẻ thù của Anh, những người sống gần các vùng đất giàu có ở Bengal mà Anh cai trị. Người châu Âu không chiếm các vùng đất liền của Đông Nam Á làm thuộc địa, nhưng họ khiến các nước này dần dần phụ thuộc vào họ. Đến năm 1820, người châu Âu đã có ảnh hưởng rất lớn ở Đông Nam Á.