Các Shogun nhà Tokugawa đã mang lại sự ổn định cho Nhật Bản sau nhiều năm hỗn loạn. Lo sợ những ảnh hưởng phá hoại mà người nước ngoài có thể gây ra, họ đã đóng cửa Nhật Bản với thế giới bên ngoài.
Năm 1603, Tokugawa Ieyasu, người đứng đầu một dòng họ thế lực ở Nhật Bản, đã trở thành Shogun của Nhật Bản, chủ yếu nhờ sức mạnh quân sự và thủ đoạn chính trị. Ông lập chính quyền ở Edo (sau này đổi tên là Tokyo) và bắt đầu biến Edo, vốn là một làng đánh cá nhỏ, thành một thành phố-pháo đài lớn. Từ Edo, ông cai quản hầu hết mọi hoạt động của quốc gia. Năm 1605, ông rút khỏi triều chính nhưng vẫn tiếp tục kiểm soát chính quyền cho đến lúc mất vào năm 1616.
Sau 150 năm hỗn loạn và nội chiến giữa các daimyo, dòng họ Tokugawa nắm quyền kiểm soát đất nước hết sức chặt chẽ, tiêu diệt bất kỳ daimyo nào chống đối và hạn chế ảnh hưởng của nước ngoài. Từ năm 1540, các thương gia châu Âu và linh mục Thiên Chúa giáo từ Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha đã tới Nhật Bản. Vùng Nagasaki ở miền Nam, vốn thuộc quyền cai trị của một daimyo chống đối, đã trở thành cơ sở biệt lập cho những người nước ngoài này.
"Những con quỷ ngoại bang" khiến các nhà cai trị dòng họ Tokugawa hoảng sợ. Họ cho rằng những vị khách xa lạ này sẽ truyền bá tư tưởng phá rối và lại gây chia cắt đất nước. Người nước ngoài quả thực đã làm thay đổi tư tưởng của người dân quanh vùng Nagasaki. Tokugawa Iemitsu, một Shogun lên thay sau này, đã khủng bố những người Nhật mới cải sang đạo Ki-tô khi họ nổi dậy vào năm 1637. Ông đã giết 37.000 người trong số này và cấm tôn giáo của họ.
Sau cuộc nổi dậy của những người Ki-tô giáo Nhật Bản ở Nagasaki, chỉ một số thương gia Hà Lan và Trung Quốc được phép vào Nhật Bản. Người Nhật không được ra nước ngoài và người Nhật sống xa tổ quốc không được phép về nước. Các linh mục Ki-tô giáo được lệnh phải ra đi nếu không sẽ bị giết, nhà thờ của họ bị phá hủy. Người Ki-tô giáo Nhật Bản bị xử tử. Cuộc sống trở nên rất quy củ, trật tự, đất nước Nhật Bản hoàn toàn khép kín với bên ngoài. Sự cai trị của nhà Tokugawa đã mang lại hòa bình cho Nhật Bản trong gần 250 năm.
Nhật Bản phát triển phồn thịnh hơn vì lúc này đã là một quốc gia thống nhất. Thương gia và nông dân được khuyến khích phát triển ngành nghề, trong khi các vị daimyo truyền thống và samurai mất dần vị thế, trở nên nghèo túng. Giống như châu Âu, Nhật Bản đang chuyển từ một xã hội phong kiến sang một nền kinh tế thương mại. Các thành phố và đô thị phát triển lớn hơn, dân số tăng mạnh vào thế kỷ XVII và XVIII. Mặc dù xã hội Nhật Bản vẫn tuân theo các quy tắc đạo đức khắt khe, người dân đã được giáo dục tốt hơn.
Trong giai đoạn này, Nhật Bản cũng có những sa sút nhất thời. Năm 1684, Shogun thứ năm của nhà Tokagawa là Tsunayoshi đã ban hành một số biện pháp cải cách do các học giả Phật giáo khuyến khích. Các biện pháp này không được lòng dân. Năm 1703, kinh đô Edo (Tokyo) bị một trận động đất và hỏa hoạn tàn phá. Nhưng vào năm 1716, một Shogun có tư tưởng cải cách là Yoshimune lên nắm quyền và sự cô lập của Nhật Bản đối với thế giới bên ngoài bắt đầu bị phá vỡ.
1603 Ieyasu lập chế độ Shogun của dòng họ Tokugawa
1609 Cơ sở buôn bán nhỏ của Hà Lan được thiết lập trên đảo Deshima ở vịnh Nagasaki
1612 Bắt đầu đàn áp người Nhật Bản theo đạo Ki-tô ở Nagasaki
1637 Các thương gia Bồ Đào Nha bị trục xuất
1638 Cuộc nổi dậy Shimabara ở Nagasaki
1684 Khó khăn sau cuộc cải cách của Tokugawa Tsunayoshi
1703 Động đất và hỏa hoạn phá hủy Edo
1716 Yoshimune, một nhà cải cách, lên nắm quyền