Vào thế kỷ IX, thị tộc Fujiwara trở thành những nhà cai trị Nhật Bản thay mặt hoàng đế. Trong suốt thời kỳ Fujiwara, nghệ thuật và văn học nở rộ tại Nhật Bản.
Từ đầu thế kỷ IV, Nhật Bản do một hoàng đế cai trị. Nếu hoàng đế qua đời trong khi con trai cả vẫn còn nhỏ thì một quan nhiếp chính, thường là người trong hoàng gia, sẽ được chọn ra để cai trị đất nước cho đến khi tân hoàng đế trưởng thành. Vào thế kỷ IX, thị tộc Fujiwara có vị thế quan trọng trong triều đình Nhật Bản khi con gái của Fujiwara Yoshifusa trở thành hoàng hậu. Theo phong tục, con cái trong gia đình do bên ngoại nuôi nấng và dạy dỗ, nên nhà Fujuwara đã nuôi nấng và giáo dục hoàng đế kế vị. Điều này có nghĩa là Fujiwara Yoshifusa trở thành quan nhiếp chính đầu tiên không thuộc hoàng gia, đánh dấu sự khởi đầu của thời kỳ Fujiwara. Tiếp đó, nhà Fujiwara có thêm nhiều con gái lấy hoàng đế Nhật Bản và thị tộc Fujiwara trở nên hùng mạnh. Chẳng bao lâu sau, mỗi Nhật hoàng đều có một quan nhiếp chính thường trực thuộc thị tộc Fujiwara, là người kiểm soát việc điều hành đất nước trong khi Nhật hoàng dành thời gian cho công việc trong triều và tôn giáo. Thị tộc Fujiwara đã cai trị Nhật Bản trong ba thế kỷ.
Trong thời kỳ Fujiwara, văn học nghệ thuật rất phát triển trong hoàng cung ở Kyoto, cũng như tại điền trang của giới quý tộc và trong các ngôi đền, dù dân thường rất ít được thưởng thức. Người giàu và có thế lực sống rất cách biệt với các tầng lớp còn lại trong xã hội. Trong thời kỳ này ra đời các tác phẩm hội họa và văn học theo phong cách Nhật Bản mới, mà đáng chú ý là thị nữ Murasaki với tác phẩm kinh điển Truyện Genji. Trước đó, người Nhật Bản có xu hướng bắt chước phong cách Trung Hoa. Các thị tộc được nhà Fujiwara ưu ái bắt đầu phát đạt. Nhưng sau đó, các thị tộc khác cũng trở nên lớn mạnh, và các tỉnh, các phủ ngày càng độc lập với trung ương. Họ gây chiến lẫn nhau đến mức thị tộc Fujiwara không còn khả năng kiểm soát Nhật Bản. Vào thế kỷ XII xảy ra nhiều cuộc nổi dậy, và cuối cùng nội chiến Gempei bùng nổ vào năm 1180; các Shogun Minamoto hùng mạnh đã thay thế thị tộc Fujiwara.
794: Hoàng cung Nhật Bản chuyển về thủ đô mới Heian (Kyoto)
858: Fujiwara Yorifusa trở thành quan nhiếp chính
930: Thị tộc Fujiwara giành toàn quyền cai trị, tiến hành cải cách kinh tế
Khoảng năm 1000: Sáng tác nghệ thuật và văn học ở Nhật Bản phát triển đến đỉnh cao
1180-1185: Nội chiến Gempei, các Shogun Minamoto nổi lên