Các công ty Đông Ấn là những tổ chức thương mại hùng mạnh được Anh, Hà Lan và Pháp lập ra để bảo vệ lợi ích kinh doanh của họ ở khu vực Đông Nam Á.
Năm 1600, Công ty Đông Ấn của Anh được thành lập tại London với mục đích hợp lực các thương gia Anh đang làm ăn tại Đông Nam Á. Một cuộc cạnh tranh ráo riết trong hoạt động buôn bán lúc đầu do Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha kiểm soát diễn ra tại khu vực này. Vào thế kỷ XVII, cuộc đua tranh trong hoạt động buôn bán béo bở với phương Đông diễn ra giữa Hà Lan, Anh và Pháp.
Sau Anh, Hà Lan cũng thành lập Công ty Đông Ấn Hà Lan năm 1602 có trụ sở ở Amsterdam và cả ở Batavia (Jakarta) trên đảo Java. Người Pháp thành lập Công ty Đông Ấn của họ muộn hơn, vào năm 1664.
Các công ty trở thành các tổ chức rất hùng mạnh. Buôn bán chỉ là một trong những hoạt động của các công ty, mà họ cũng có ảnh hưởng chính trị. Họ trang bị vũ khí cho tàu của mình để có thể chiến đấu trên biển và có quân đội riêng. Các công ty Đông Ấn lập căn cứ thương mại và cả quân sự, và đạt thỏa thuận với các nhà cai trị địa phương gần nơi họ hoạt động. Họ gây hấn với các nước láng giềng và cả với nhau. Xét về nhiều mặt, các công ty này hành xử như những quốc gia độc lập.
Người Anh thua người Hà Lan trong cuộc tranh giành quyền kiểm soát hoạt động buôn bán gia vị ở Đông Ấn. Sau đó Ấn Độ trở thành trung tâm hoạt động của người Anh. Đến năm 1700, Anh giữ độc quyền buôn bán tại Ấn Độ, nắm trong tay một loạt cảng quan trọng, như cảng Calcutta, Madras và Bombay. Người Hà Lan có các bến cảng ở mũi Hảo Vọng tại Nam Phi, ở Ba Tư, Ceylon (nay là Sri Lanka), Mã Lai và Nhật Bản, và cũng kiểm soát quần đảo Hương liệu (quần đảo Molucca - nay thuộc Indonesia). Người Pháp ít thành công hơn trong ý đồ thống trị Ấn Độ. Trong giai đoạn này, nhiều sản nghiệp tư được tạo dựng. Các thủy thủ và thương gia nhiều khi chết vì bệnh tật hoặc giao tranh. Một số người đã lấy châu Á làm quê hương, thành lập các trung tâm của người châu Âu ở Ấn Độ, Đông Nam Á và Trung Quốc.