Thế giới Hồi giáo đang thay đổi. Ấn Độ, một tiểu lục địa bị chia cắt, đã bị người Moghul xâm chiếm. Họ thiết lập nên một đế quốc hùng mạnh ở miền Bắc nước này.
Babur, hậu duệ của Genghis Khan (Thành Cát Tư Hãn) và Tamerlane, là thủ lĩnh của một bộ lạc ở Turkestan gọi là người Moghul, một biến thể của từ Mongol (Mông Cổ). Bị người Uzbek đánh đuổi, người Moghul xâm chiếm Kabul ở Afghanistan năm 1504. Tiếp đó họ chuyển hướng chú ý sang Ấn Độ, nơi có các quốc gia Hindu và Hồi giáo hay đánh lẫn nhau. Sau một cuộc tấn công thăm dò vào năm 1519, 12.000 quân Moghul tràn qua đèo Khyber sang Ấn Độ vào năm 1526 và xâm chiếm cường quốc lớn nhất tại đó là vương quốc Delhi.
Babur và thần dân của ông là người Hồi giáo. Khi họ xâm lược Ấn Độ, đế quốc Ottoman cung cấp súng và binh lính cho họ. Đội quân của Babur cưỡi những con ngựa chạy nhanh, cơ động hơn hẳn lũ voi chiến chậm chạp của người Ấn Độ. Lợi thế này đã giúp họ đánh bại quân Ấn Độ đông gấp nhiều lần trong một trận chiến mà quốc vương Ấn Độ bị giết. Sau thắng lợi này, Babur lấy Delhi làm thủ đô. Sau khi ông mất vào năm 1530, con trai ông là Humayun nối ngôi.
Humayun tấn công miền Tây Ấn Độ, nhưng vào năm 1540 người Sur đã đánh bật người Moghul về lại Ba Tư. Humayun trở lại vào năm 1555, đánh bại người Sur và quay lại Delhi. Một năm sau, trước khi có thể giành lại toàn bộ đế quốc, ông bị thiệt mạng trong một vụ tai nạn.
Kế vị Humayun là Akbar, cháu nội của Babur. Akbar lên làm hoàng đế năm 13 tuổi và cai trị Ấn Độ cho đến lúc mất vào năm 1605. Ông là một nhà lãnh đạo quân sự vĩ đại và một hoàng đế sáng suốt. Quân đội của ông tiến theo hướng Tây tới tận Gujarat và theo hướng Đông tới tận Bengal. Đây là tỉnh giàu nhất ở miền Bắc Ấn Độ. Bengal sản xuất gạo và lụa, nguồn thu nhập chính của chế độ Akbar. Đến năm 1576, Akbar kiểm soát toàn bộ miền Bắc Ấn Độ.
Mặc dù hoàng đế Akbar là người Hồi giáo, nhưng nhiều thần dân của ông lại là người Hindu; và để gìn giữ hòa bình, ông cưới một công chúa người Hindu. Ông tin vào sự khoan dung tôn giáo và hòa giải với người Hindu, cho họ tham gia bộ máy cai trị và khuyến khích họ buôn bán ở nước ngoài. Ông đã thiết lập một đế quốc được tổ chức tốt, với những quan lại chuyên nghiệp.
Trong giai đoạn này, Ấn Độ buôn bán thuận lợi với châu Phi, người Ottoman, châu Âu và Viễn Đông. Người Bồ Đào Nha lúc đó đã có các trạm thương mại và hải cảng ở Ấn Độ. Nước này cũng có ngành dệt lớn nhất thế giới. Akbar nghênh tiếp các thầy tu Ki-tô giáo dòng Tên và các nghệ sĩ Ba Tư trong cung điện của mình, và ông cố thiết lập một tôn giáo mới cho Ấn Độ nhưng không thành công. Ông xây dựng trường học cho trẻ em và xây một thủ đô mới ở Fatehpur Sikri. Thành phố này là nơi kết hợp các phong cách kiến trúc đạo Hồi và đạo Hindu.
Akbar thừa kế đế quốc Moghul vào năm 13 tuổi và cai trị trong gần 50 năm. Ông đã chiếm Rajasthan, Gujarat, Bengal, Kashmir và Deccan để cai trị hầu hết Ấn Độ. Ông giảm thuế cho nông dân, khuyến khích buôn bán, áp dụng một bộ máy cai trị và quân đội rất hiệu quả. Các biện pháp này tỏ ra vẫn hữu hiệu cho cả các hoàng đế Moghul đời sau cùng các thần dân của họ. Mặc dù bản thân không biết đọc, nhưng hoàng đế Akbar nghênh tiếp các học giả thuộc mọi tôn giáo, nghệ sĩ và khách nước ngoài tới thăm cung đình của ông. Thành công lớn nhất của ông là giảng hòa với phần đông dân chúng Ấn Độ theo đạo Hindu, chấm dứt nhiều cuộc xung đột giữa người Hindu và người Hồi giáo.
1504 Người Moghul chiếm Kabul
1526 Delhi trở thành thủ đô của người Moghul ở Ấn Độ
1556 Akbar Đại đế, vị hoàng đế vĩ đại nhất của người Moghul lên ngôi
1571 Fatehpur Sikri trở thành thủ đô mới
1605 Jahangir trở thành hoàng đế Moghul (Nur Jahan cai trị năm 1611–1622)
1628 Shah Jahan, hoàng đế Moghul
1658 Aurangzeb, hoàng đế vĩ đại cuối cùng của người Moghul
1707 Đế quốc Moghul bắt đầu suy tàn
1803 Thành trì cuối cùng của người Moghul rơi vào tay người Anh