Nhưng sáu tháng sau đó, một biến cố xảy ra tại chiến trường Âu Châu giúp Yamamoto quả quyết hơn. Tháng 11 năm 1940, một phi đoàn gồm 21 oanh tạc cơ của Anh từ một mẫu hạm đã dùng thủy lôi tấn công hạm đội Ý tại căn cứ an toàn Taranto. Kết quả là ba chiến hạm Ý bị đánh chìm trong khi Anh chỉ mất có hai phi cơ. Yamamoto lập tức yêu cầu các tùy viên hải quân Nhật tại Âu Châu phải gửi ngay các báo cáo về vụ tấn công này cho ông ngay. Ông đã nghiên cứu thận trọng từng chi tiết của cuộc không tập Taranto.
Theo các báo cáo thì quân cảng Taranto rất cạn, chỉ sâu 44 bộ và chiều sâu đó là một trở ngại cho việc phóng thủy lôi, thế mà các phi công Anh đã chứng minh thủy lôi có thể hữu hiệu tại những vùng biển cạn. Yamamoto nghĩ nếu các phi công Anh thành công tại Taranto thì tại sao phi công Nhật lại không thể thành công dùng thủy lôi tại Trân châu cảng, một nơi mực sâu lên tới 45 bộ.
Chính người Mỹ cũng lo ngại cho Trân châu cảng qua bài học của Taranto, và bộ trưởng hải quân Mỹ đã cảnh giác giới chỉ huy tại Trân châu cảng phải đề phòng một cuộc tấn công bất ngờ của Nhật, bằng cách thiết lập những hàng rào cản thủy lôi, nhưng độ đốc Kimmel, tư lệnh Hạm đội Thái bình dương, phản đối việc thiết lập màng lưới cản thủy lôi, vì như thế sẽ làm chật hẹp đường thủy lưu vào căn cứ.
Ðúng lúc Kimmel từ chối thiết lập màng lưới chống thủy lôi thì đô đốc Yamamoto nói một cách tin tưởng với đô đốc Fukudome rằng cuộc không tập bằng thủy lôi của phi công Nhật vào căn cứ Trân châu cảng chắc chắn sẽ thành công. Ðây là lần đầu tiên Yamamoto công khai nêu ý kiến tấn công Trân châu cảng. Yamamoto chọn đô đốc Onishi, một phi công giỏi nhất của hải quân, để bàn luận chi tiết cuộc tấn công. Chính Onishi sau này thành lập đội phi công Thần Phong danh tiếng trong một nỗ lực cuối cùng, mong cứu Nhật thoát khỏi cảnh bại trận. Yamamoto cho biết ý định muốn đánh một đòn chí tử bất ngờ, đánh gục hạm đội Mỹ tại Thái bình dương.
Ðây là một kế hoạch hết sức bí mật. Lúc đầu chỉ có ba người biết, Yamamoto, đô đốc Fukudome tham mưu của Yamamoto và đô đốc Onishi, người soạn thảo chi tiết cuộc tấn công. Onishi xin phép tham khảo ý kiến trung tá Genda, một phi công nhiều kinh nghiệm đã từng tham chiến tại Trung Hoa và làm tùy viên tại Luân Ðôn. Lúc đó Nhật Bản có 6 mẫu hạm, là Akagi, Kaga, Hiryu, Soryu, Shokaku và Zuikaku. Theo ý kiến của Genda thì tất cả 6 mẫu hạm này phải dùng vào cuộc tấn công. Genda cũng còn nêu ra hai điểm quan trọng: Phải thận trọng lựa chọn những tư lệnh và phi công giỏi nhất cho cuộc tấn công, và phải bảo mật kế hoạch đến tối đa.
Thoạt đầu Yamamoto dự định dùng các mẫu hạm chở phi cơ tới cách Hawaii trên 600 dặm thì dừng lại, từ đó các phi công sẽ cất cánh, oanh kích mục tiêu tại Trân châu cảng. Ðây là một phi vụ xa 1200 dặm, nếu tính cả đường về. Trên đường về, các phi công sẽ nhảy dù xuống biển và được tiềm thủy đỉnh hoặc diệt ngư lôi hạm vớt lên. Kế hoạch này của Yamamoto nhắm bảo vệ các mẫu hạm Nhật không bị các phi cơ Mỹ phản công một khi kế hoạch tấn công bị lộ. Các mẫu hạm Nhật sẽ được an toàn nếu ở xa căn cứ Mỹ trên 600 dặm. Yamamoto cũng muốn gây kinh hoàng cho người Mỹ bằng cách biểu dương sự can đảm của phi công Nhật, vì chỉ có phi công Nhật mới dám thi hành một sứ mạng nguy hiểm, nguy hiểm ngay cả trên đường về.
Dụng ý sâu xa của Yamamoto là cho người Mỹ thấy người Nhật sẽ là những kẻ thù dũng cảm đáng sợ nhất, không hề sờn lòng trước cái chết, để người Mỹ phải suy nghĩ trước khi khai chiến với Nhật. Có lẽ chỉ có dân tộc Nhật và Việt Nam mới có được những tướng lãnh can đảm, khi bại trận đã tự tử chứ không chịu cái nhục phải đầu hàng. Rồi khi Nhật sắp sửa bại trận, hàng loạt phi công trẻ, tranh nhau xin gia nhập đoàn phi công Thần Phong trong một hùng tâm đem cái chết của mình ngăn cản địch quân. Những phi công này tuổi xuân mới bừng nở nhưng đã biết coi cái chết nhẹ như một cánh hoa anh đào. Họ đã lái phi cơ chở đầy bom nhào xuống các chiến hạm Mỹ, và chết tan xác theo sau những tiếng nổ kinh hồn. Nhiều phi công đã làm những bài thơ hài cú trước khi lên chuyến bay cuối cùng:
Ước gì cho tôi rơi xuống
Như những bông anh đào mùa xuân
Thật trong sạch và rạng rỡ.
hoặc
Hôm nay còn là bông hoa
Ngày mai tan tác trong gió
Ðó là đời một bông hoa
Liệu hương thơm còn mãi mãi?
hoặc
Bây giờ nhiệm vụ hoàn thành
Tôi sẽ ngủ giấc triệu năm.
Người Nhật đã biết thua trận một cách hào hùng cao thượng. Những cái chết kinh hoàng của các tướng lãnh mổ bụng, các phi công Thần Phong tan xác trên chiến hạm Mỹ đã không vô ích. Cả thế giới và kẻ chiến thắng họ phải nghiêng mình khâm phục, và quân đội chiếm đóng Mỹ không dám coi thường dân Nhật bại trận. Ai có thể khinh thường một quốc gia có những con dân dũng cảm phi thường như thế?
Tuy nhiên đô đốc Onishi bác bỏ quan điểm của Yamamoto vì các phi công nhảy dù xuống biển rất dễ bị nguy hiểm, và hy vọng được các tiềm thủy đỉnh hoặc các tầu nhỏ khác vớt lên sẽ rất mong manh. Khi phải thi hành một cuộc tấn công quá nhiều nguy hiểm, nguy hiểm cả trong lúc tấn công địch và nguy hiểm cả trong lúc làm xong phận sự trở về căn cứ như thế, nhiều phi công có thể mất tinh thần và kết quả có thể không được mỹ mãn. Ngoài ra còn là một sự phí phạm một số lớn phi cơ và phi công Nhật nữa. Onishi chủ trương các mẫu hạm Nhật sẽ tới gần mục tiêu hơn, khoảng 200 dặm, và các phi công sẽ trở về mẫu hạm sau khi hoàn thành công tác.
Onishi cũng trình bầy những khó khăn của kế hoạch. Trước hết là khó khăn kỹ thuật: Trân châu cảng rất cạn nên thủy lôi sẽ trúng vào đáy tầu nếu được phóng theo đường lối thông thường; sau đó là khó khăn chiến thuật: cuộc tấn công có đủ yếu tố bất ngờ không, vì nếu không có yếu tố bất ngờ, kế hoạch này không thể thực hiện được. Sau khi nêu ra những khó khăn trên, Onishi phỏng đoán kế hoạch có 60% cơ may thành công. Trái lại đô đốc Fukudome bi quan hơn, ông cho rằng kế hoạch này chỉ có 40% thành công và chủ trương nên hủy bỏ kế hoạch.
Ðường tiến quân của hải quân Nhật cũng có nhiều khó khăn. Hải quân Nhật chỉ có thể chọn một trong ba lộ trình sau đây:
1. Ðường phía bắc. Ðây là hải lộ ngắn nhất cho các mẫu hạm Nhật, nhưng những cơn bão mùa đông tại Bắc Thái Bình Dương sẽ làm cho việc tiếp tế nhiên liệu cho các mẫu hạm khó khăn, nhất là những tầu hộ tống nhỏ cần phải được tiếp tế nhiên liệu tới hai lần trong chuyến đi.
2. Hải lộ xuyên giữa Thái Bình Dương đi qua ngang phía nam đảo Midway.
3. Hải lộ phía nam qua quần đảo Marshalls.
Hai hải lộ sau sẽ đưa các mẫu hạm qua những vùng biển lặng, ít bão tố và việc tiếp tế nhiên liệu sẽ dễ dàng hơn. Nhưng hai hải lộ này lại là nơi có nhiều thương thuyền đi qua và cũng là đường tuần thám của các phi cơ Mỹ từ các đảo Wake, Midway và Johnston Islands và do đó việc tiến quân bí mật của các hạm đội Nhật sẽ dễ bị bại lộ. Cuối cùng Yamamoto quyết định chọn hải lộ phía bắc Thái Bình Dương, chạy qua các quần đảo Aleutians và Midway. Tại những vùng biển băng giá đó sẽ không có các thương thuyền, và những diệt ngư lôi hạm sẽ đi trước dò đường, nếu thấy thương thuyền thì sẽ báo động cho các mẫu hạm chuyển hướng.
Mặc dầu cả hai đô đốc Onishi và Fukudome tỏ vẻ bi quan, nhưng các báo cáo của hai đô đốc này cho Yamamoto tin tưởng rằng việc dùng mẫu hạm tấn công Trân châu cảng là một việc có thể thực hiện được. Yamamoto vẫn chống đối chiến tranh, nhưng khi thấy chiến tranh không tránh được thì ông quyết tâm với kế hoạch tấn công Trân châu cảng hơn. Cuối tháng 7-1940, khi thảo luận với đô đốc Shimizu, tư lệnh hạm đội tiềm thủy đỉnh, Yamamoto đã nói: "Hiện tình thế giới mỗi lúc một đen tối và chiến tranh không tránh khỏi. Nếu chúng ta phải chiến đấu với cả Anh và Mỹ thì chúng ta sẽ thảm bại. Tôi muốn không đụng tới Anh quốc, và dùng Anh quốc làm người môi giới nhưng tôi biết Anh quốc không thể làm như thế được. Nếu chiến tranh xảy ra thì cơ hội duy nhất của chúng ta là phải triệt hạ hạm đội Mỹ tại Trân châu cảng và phái tiềm thủy đỉnh tới tận bờ biển phía tây của Hoa kỳ."
Ðể cuộc tấn công thành công, Yamamoto phải có tin tức chính xác về căn cứ Trân châu cảng và hoạt động của hạm đội Mỹ tại đây. Việc đầu tiên Yamamoto đòi hỏi là tùy viên hải quân tại Hoa thịnh đốn, và các văn phòng lãnh sự tại Honolulu phải gửi các báo cáo về những tin tức mà báo chí Mỹ viết về các hoạt động của hải quân Mỹ. Việc thứ hai là phái thiếu úy Yoshikawa, một sĩ quan tình báo trẻ, sang Hawaii để thu thập tin tức. Tháng 8-1941, Yoshikawa tới Honolulu với chức vụ giả là phó lãnh sự. Yoshikawa có nhiệm vụ thu thập tin tức về hoạt động của Hạm đội Thái Bình Dương. Yoshikawa thường đi tắm biển để tìm hiểu tính chất của bờ biển tại Hawaii và chiều cao của sóng biển, vị trí của các tầu chiến Mỹ. Yoshikawa còn cố tâm tìm xem căn cứ Trân châu cảng có màng lưới chống thủy lôi không. Yoshikawa còn được lệnh phân chia Trân châu cảng làm 5 khu vực, và phải báo cáo chi tiết từng khu vực một. Yoshikawa tránh không bao giờ chụp hình, mà chỉ quan sát và ghi nhớ thật kỹ.
Ðể tránh các báo cáo của Yoshikawa có thể bị nghi ngờ, Yamamoto ra lệnh cho tất cả các nhân viên lãnh sự tại các nơi khác, như Vancouver, Portland, San Diego, San Francicso, Manila và Panama cũng phải gửi những báo cáo tương tự. Vì thế khi Hoa Thịnh Ðốn khám phá được mật mã của hải quân Nhật và đọc được các báo cáo hàng ngày của Yoshikawa mà vẫn không hề nghĩ rằng Nhật sẽ tấn công Trân châu cảng. Ðó là kế hoạch che giấu của Yamamoto, và kế hoạch này đã thành công.
Nhưng ngay tại bộ tham mưu hải quân Nhật, không ai hưởng ứng kế hoạch tấn công Trân châu cảng của Yamamoto. Ðiều quan tâm nhất của bộ tham mưu là bao nhiêu mẫu hạm Nhật sẽ bị tổn thất trong trận tấn công, và tất cả các đô đốc khác của Nhật đều cho rằng kế hoạch của Yamamoto quá liều lĩnh nguy hiểm. Trong khi đó bộ tham mưu đã hoàn thành kế hoạch mở cuộc hành quân chiếm các mỏ dầu tại Ðông Nam Á. Tham mưu trưởng hải quân, đô đốc Nagano, không muốn gây chiến với Hoa Kỳ vì ông cũng từng sống tại Hoa kỳ và hiểu sức mạnh của Hoa Kỳ. Ông chủ trương mở chiến dịch chiếm đảo dầu hỏa Java, và nếu hạm đội Mỹ tiến vào hải phận Nhật để tấn công thì hải quân Nhật có lợi điểm được nghênh địch ngay tại chiến trường quen thuộc gần căn cứ nhà.
Yamamoto cũng kính trọng sức mạnh của Hoa Kỳ như Nagano, và cũng chính vì thế ông cần phải đánh gục hạm đội Mỹ ngay bằng cú đánh thần tốc đầu tiên. Nếu hạm đội Mỹ còn nguyên vẹn thì làm sao Nhật có thể khai thác được các chiến thắng tại Ðông Nam Á. Vấn đề của Yamamoto là phải huấn luyện các phi công cho thực thuần thục trong chiến dịch này. Tháng 9, Yamamoto chọn vịnh Kagoshima ở vùng cực nam của quần đảo Kyushu làm nơi thực tập, vì địa hình của vịnh Kagoshima khá giống địa hình của Trân châu cảng. Hàng trăm phi cơ nhào xuống từ núi Shiro, xuống thung lũng Iwasaki, rồi bay sát mặt nước và thả những trái thủy lôi. Các phi công còn phải tập hạ cánh và cất cánh trên mẫu hạm bốn lần một ngày. Ðiểm đặc biệt của cuộc huấn luyện là tập cho phi công quen với việc xuất quân và trở về phải bay sát mặt nước, để tránh không bị các phi cơ Mỹ tấn công. Mỗi phi công phải tập ít nhất là 50 phi xuất
Trong lúc các phi công thực tập vất vả cho cuộc tấn công sắp tới thì bộ tham mưu hải quân vẫn còn nghi ngờ sự thành công của kế hoạch. Bộ tham mưu gửi cho Yamamoto 5 lý do dưới đây, phản đối kế hoạch của Yamamoto:
1. Sự thành công hoàn toàn tùy thuộc vào yếu tố bất ngờ. Ðây là một chiến dịch lớn xử dụng tới 60 chiến hạm. Các chiến hạm này phải lên đường một tháng trước cuộc tấn công và rất dễ bị khám phá. Các hệ thống tình báo của Anh, Mỹ và Nga có tầm hoạt động rất rộng rãi. Bộ tham mưu không tin kế hoạch này có thể bảo mật được.
2. Bộ tham mưu không đồng ý Mỹ sẽ tấn công thẳng vào Nhật ngay, nếu chiến tranh xảy ra. Bộ tham mưu ước tính Mỹ sẽ lập căn cứ tiền phong tại quần đảo Marshalls trước, rồi sẽ chiếm dần từng quần đảo tới gần Nhật Bản hơn. Như vậy cuộc tấn công vào Trân châu cảng không cần thiết đến nỗi phải thực hiện trong những điều kiện nguy hiểm. Nếu không mở cuộc tấn công này, Nhật Bản sẽ có thời giờ tập trung tất cả sức mạnh vào một trận đánh quyết định mà từ lâu hải quân vẫn được huấn luyện sẵn sàng. Ðiều khôn ngoan nhất là chỉ nên giao chiến tại những vùng biển quen thuộc.
3. Hầu hết các chiến hạm tham dự cuộc tấn công Hawaii đều phải tiếp tế nhiên liệu giữa đường, nhất là các diệt ngư lôi hạm phải tiếp tế tới hai lần. Theo thống kê thời tiết thì mỗi tháng chỉ có 7 ngày là có biển lặng sóng êm tại bắc Thái Bình Dương để có thể tiếp tế nhiên liệu dễ dàng. Nếu việc tiếp tế nhiên liệu không thực hiện được, chiến dịch tấn công sẽ thất bại và như thế các chiến hạm trở thành vô dụng mà đáng lẽ được xử dụng hữu hiệu hơn trong các chiến dịch khác. Sự bế tắc này sẽ đưa tới bế tắc khác. Nếu việc tiếp tế nhiên liệu giữa biển gặp khó khăn thì phải dùng tới radio, và do đó sẽ không giấu được bí mật của cuộc hành quân bí mật nữa.
4. Theo tin tình báo của ta thì hàng ngày phi cơ Mỹ bay tuần thám xa Trân châu cảng tới 600 dặm. Ðiều này có nghĩa là lực lượng Nhật sẽ bị phi cơ Mỹ khám phá. Vì các mẫu hạm phải tiến tới cách mục tiêu 200 dặm, và do đó rất dễ trở thành mục tiêu cho các phi cơ Mỹ phản công.
5. Bất cứ một tin tức nào về kế hoạch tấn công này bị tiết lộ cũng sẽ làm tan vỡ cuộc thương thuyết giữa Mỹ và Nhật đang diễn ra tại Hoa Thịnh Ðốn.
Lúc đó Nhật đã mời đô đốc Nomura đang về hưu ra nhận chức đại sứ tại Mỹ với hy vọng thương thuyết hòa bình với Mỹ, vì Nomura đã từng là bạn của tổng thống Roosevelt khi Roosevelt là bộ trưởng hải quân. Nomura đang cố gắng dàn hòa với Mỹ về việc quân Nhật tiến vào Việt nam và vụ phong tỏa dầu hỏa của Mỹ. Ðô đốc Nagano luôn luôn xác quyết với Yamamoto rằng Nomura sẽ thành công trong sứ mạng giao phó, và không muốn kế hoạch của Yamamoto phá vỡ kế hoạch hòa bình với Mỹ của Nhật Bản.
Nhưng theo nhiều sĩ quan cao cấp khác thì Mỹ không có hảo ý gì với Nhật Bản. Mỹ cũng cảm thấy bất ổn nên cũng đang mở rộng các hoạt động hải quân. Nhưng vào lúc đó Mỹ không thể nào mở hai chiến dịch cùng một lúc được, một tại Ðại Tây Dương và một tại Thái Bình Dương. Trong lúc đó thì hải quân Nhật đã sửa soạn và đang ngứa ngáy muốn ra tay ngay, bất cứ khi nào tình thế đòi hỏi.
Như thế kế hoạch tấn công của Yamamoto vẫn chưa được sự đồng ý của hầu hết các đô đốc tư lệnh. Cuối tháng 10, khi nhận được 5 điểm phản đối của bộ tham mưu, Yamamoto rất bất bình. Yamamoto liền phái sĩ quan hành quân của mình là phó đề đốc Kuroshima đem lá thơ dưới đây đến bộ tham mưu hải quân tại Ðông Kinh:
"Sự hiện diện của hạm đội Mỹ tại Hawaii là một mũi dao găm cắm vào cổ họng chúng ta. Nếu Nhật chính thức tuyên chiến với Mỹ thì chiến dịch Ðông nam á sẽ rất dễ bị tấn công vào cạnh sườn."
"Chiến dịch Hawaii vô cùng cần thiết. Nếu không thực hiện cuộc tấn công này thì đô đốc Yamamoto không tin rằng ông sẽ có đủ tin tưởng có thể làm tròn nhiệm vụ giao phó. Các khó khăn dầy dẫy của chiến dịch này không có nghĩa là không thực hiện nổi. Ðiều kiện thời tiết làm chúng ta lo ngại nhất, nhưng ít nhất cũng có bẩy ngày trong một tháng chúng ta có thể tiếp tế nhiên liệu được thì cơ hội thành công cũng không phải là nhỏ. Nếu cơ may đến với chúng ta thì chắc chắn chúng ta sẽ thành công."
"Nếu vì bất cứ lý do gì chiến dịch tấn công Hawaii mà thất bại, thì điều đó có nghĩa là cơ may không thuộc về chúng ta. Ðó cũng là lúc mà chúng ta chấm dứt vĩnh viễn mọi chiến dịch. Nếu chiến dịch này thất bại thì đó là thất trận hoàn toàn."
Mặc dầu các đô đốc khác bất bình câu nói cuối cùng trong lá thư của Yamamoto, nhưng lá thư này đã nâng cao lòng tin tưởng vào Yamamoto. Bộ tham mưu cảm thấy rằng nếu Yamamoto không hoàn toàn tin tưởng vào chiến thắng thì ông sẽ không bao giờ phiêu lưu mạo hiểm.
Yamamoto ra lệnh cho đề đốc Kuroshima không được quay về mà không đạt được sự chấp thuận của bộ tham mưu. Trong lúc bộ tham mưu đang lưỡng lự cân nhắc thì Kuroshima gọi điện thoại cho Yamamoto đang đi bách bộ trên soái hạm. Yamamoto căn dặn Kuroshima: "Hãy bảo cho họ biết tôi sẽ từ chức Tổng Tư lệnh Liên Hạm Ðội và sẽ thân hành chỉ huy các mẫu hạm và lực lượng xung kích trong cuộc tấn công vào Trân châu cảng."
Khi Kuroshima bước trở lại phòng họp và thông báo ý định mới của Yamamoto thì bộ tham mưu hoảng hốt nhưng vẫn không nhượng bộ. Sau một giờ bàn cãi nữa, Kuroshima bước sang phòng bên cạnh và báo tình hình cho Yamamoto. Kuroshima cho biết bộ tham mưu rất cứng rắn, nhất định dùng các mẫu hạm cho chiến dịch chiếm đảo dầu lửa Java. Cuộc điện đàm này rắt ngắn ngủi. Kuroshima mặt tái nhợt bước vào phòng họp và nói với các đô đốc trong phòng họp: "Tôi được lệnh của Tổng Tư lệnh Liên Hạm đội để thông báo cho quý vị hay nếu quý vị không đồng ý với kế hoạch tấn công Hawaii của ông ta thì ông ta sẽ từ chức và giải ngũ trở về đời sống dân sự."
Ðó là một giây phút đầy xúc động và đó cũng là giây phút quyết liệt nhất. Yamamoto đã đem tất cả cuộc đời binh nghiệp của mình và tương lai hải quân Nhật lên bàn cân. Một đô đốc chảy nước mắt nói: "Trường hợp này phải trình lên đô đốc tham mưu trưởng ngay lập tức."
Kuroshima được đưa vào phòng phó đô đốc Ito, tham mưu phó hải quân. Khi Ito nghe được những gì xảy ra, ông liền bước vào phòng tham mưu trưởng của đô đốc Nagano mà không phê bình gì cả. Bên ngoài mọi người chờ đợi một cách căng thẳng và nghe thấy những tiếng xì xào to nhỏ bên trong. Một lát sau đô đốc Nagano bước ra khỏi phòng, một tay ôm lấy vai Kuroshima và nói, "Tôi rất hiểu các cảm nghĩ của Yamamoto. Nếu ông ta tin tưởng đến như vậy thì ông ta được phép thực hiện kế hoạch của ông ta. Tôi chấp thuận kế hoạch của Yamamoto."
Ðây chỉ là một sự đồng ý bất đắc dĩ, nhưng như thế là Yamamoto đã thắng. Kuroshima bay ngay về soái hạm với tin mừng: tham mưu trưởng hải quân đã bật đèn xanh cho Yamamoto. Hôm đó là ngày 3-11-1941. Chỉ còn lại 35 ngày nữa trước khi cuộc tấn công bắt đầu.