Phế Đế tên là Nghiễn, con trưởng vua Duệ Tôn. Vua Duệ Tôn đi đánh miền Nam mà bị mất, vua Nghệ Tôn mới lập làm vua, sau bị giáng làm Linh Đức Vương, ở ngôi vua 12 năm, là người hôn ám, hèn kém không làm được việc, để quyền về tay kẻ dưới, làm cho xã tắc nghiên đổ, đến thân cũng không giữ được, đáng thương lắm.
Niên hiệu Xương Phù thứ hai, nước Chiêm Thành lại vào cướp, Vua sai Đỗ Tử Bình chống cự, quan quân tự tan vỡ, quân giặc thứa kế đến kinh đô, Lê Giác bị giặc bắt, chúng bắt phải lạy chúng, Giác nói: "Ta làm đại thần một nước lớn, đâu phải lạy chúng mày", quân giặc giận đem giết đi. ( Giác là con Lê Quát, được truy phong là Trung Võ Hầu; con là bính làm chức Cận thị Chi hậu cục Chánh chưởng).
Thời bấy giờ đương có việc quân, mà phủ kho trống rỗng; Đỗ Tử Bình kiến nghị theo phép đánh thuế dong của nhà Đường, mỗi một hộ phải nộp 3 quan tiền, từ đấy thuế mới nặng thêm. ( Lệ cũ: ruộng cấy hay bãi dâu mới đóng thuế, không cấy trồng thì miễn thuế. Ruộng phải nộp thóc, bãi dâu phải nộp lụa, đã định sẵn thành nghạch, sinh thêm ra thì không tính đến, chết đi thì không trừ; đến bây giờ lại bắt phải cung rao dịch ( bắt đi làm việc).
Quý Ly tiến cử Nguyễn Đa Phương làm Tướng quân. ( Quý Ly khi nhỏ học Sư Tề, dạy cho nghề võ, Đa Phương là con Sư Tề, đã bị quân Chiên bắt, nay mới trốn về, được Quý Ly tiến cử, người đời bấy giờ bảo là đáng lo vì chúng gây nên vây cánh).
Vua sai quân dân chuyển vận của cải của nước đến giấu ở nước Thiên Kiện, các thần tượng ở lăng cũng về rước về An Sinh, phòng khi có quân Chiêm Thành lại vào cướp Diễn Châu, vua sai Lê Quý Ly thống lĩnh thủy quân, Tử Bình thống lĩnh bộ quân để phòng ngự. Khi giao chiến, Nguyễn Toàn Ngao quay thuyền trở lại tránh tên đạn của giặc, Quý Ly chém đầu đem rao các trại quân. Các trại quân thúc trống reo hò mà tiến lên, chúa Chiêm là Chế Bồng Nga thua trận trốn chạy. Từ đây Tử Bình kêu là có bệnh, xin giải binh quyền ( rồi chết liền), Quý Ly một mình lĩnh chức Nguyên nhung.
Vua sai đốc xuất các người tăng chúng cường tráng ở thiên hạ tạm làm lính, để đánh Chiên Thành. Bấy giờ quân Chiêm cướp Thanh Hóa, quan quân đóng ở núi Long Đại; Nguyễn Đa Phương cắm gỗ ngăn giữ cửa biển Thần Đầu, người Chiêm đưa cả quân thủy và bộ lên trên núi, lấy đá ném xuống, thuyền quân bị tổn hại nhiều, Đa Phương không đợi lệnh của Quý Ly mở gỗ cắm ở cửa biển ra mà đánh, quân Chiêm thua to, tản mát vào núi. Đa Phương đốt hết cả rhuyền của giặc, lại đốc quân vây núi, giặc chết đói nhiều, dư chúng phải bỏ chạy, quân ta đuổi theo đến Hóa Châu rồi mới về. Được tin thắng trận, Vua cho Đa Phương làm Kim Ngô Vệ Đại Tướng quân.
Khi Lê Quý Ly lĩnh chiến thuyền đi đánh Chiêm Thành, mới đóng thuyền lớn có hiệu là Diêm Dã, Ngọc Đột, Nha Tiệp, khi ra biển bị sóng gió đánh bể nát nhiều, liền trở về; người Chiêm nghe tin, dẫn quân đi đường bộ theo chân núi đường Quảng Oai mà đến kinh đô, Thượng hoàng sai Lê Mật Ôn chống giữ, đi đến chân Tam kỳ (thuộc Quảng Oai), quân giặc đã phục sẵn, lính và voi đều xông ra, quan quân ta thua chạy. Được tin báo, Thượng hoàng đi Đông Ngàn để tránh giặc, một người học trò là Nguyễn Mộng Hoa kéo thuyền ngự xin ở lại để đánh giặc, nhưng Thượng hoàng không nghe.
Từ đời nhà Lê và Lý trở lại, quân Chiêm Thành rất hèn nhát, hễ quân ta đến thì giặc chạy hoặc hàng; đến bấy giờ Bồng Nga nghĩ thay đổi tục cũ, dạy cho biết phương pháp đánh trận, người Chiêm từ ấy mới dũng mãnh chịu quen khổ sở, nên thường làm mối lo cho biên giới của ta.
Thượng hoàng ở cung Bảo Hòa, các bầy tôi chia phiên trực ở bên, hỏi các việc cũ, biên tập thành tám quyển, nhan đề Bảo Hòa dư bút.
Nhà Minh đánh Vân Nam, sai Dương Bàn đến đòi quân lương, Vua sai Trần Nghiêu Du vận lương đến đầu địa giới Thủy Vũ đưa cho; nhà Minh lại yêu cầu 20 thày tăng. Xưa kia nước ta đưa Nguyễn Tôn Đạo (hoạn quan) đến Kim Lăng, Tôn Đạo nói thầy tăng người Nam là đạo tràng khoa cúng lễ hơn thày tăng người Bắc, nên bấy giờ mới cầu xin. Tôn Đạo lại nói phương nam nhiều hoa quả tốt, nên nhà Minh cầu xin các cây cau, vải, mít, long nhãn, nước ta có đưa cho, nhưng vì không chịu được rét, chết khô cả. Tôn thất đại thần là Nguyên Đán thấy quyền bính ngày một xuống tay kẻ dưới, biết rằng Quý Ly tất cướp nước, mưu đồ tránh hậu họa, bèn xin cáo lão, về Côn Sơn vui cùng trúc đá, tự hiệu là Băng Hồ, ngầm ủy thác con là Mộng Dữ cho Quý Ly, sau này tôn thất nhà Trần đều bị giết hại, duy có con cháu Nguyên Đán là còn.
(Nguyên Đán hay thơ, có tập thơ Băng Hồ phát hành ở đời, có thơ gửi cho liên hữu nói ý những việc hưng vong cổ kim có thể để làm gương, các ông sao nỡ không can gián gì. Lại gửi cho Trang Định, đại ý nói đêm nay cáo vào chuồng gà, chả xơi được mẹ tất là xơi con. Trang Định chỉ còn biết than thở).
Minh sứ đến mượn đường đi đánh Chiêm Thành, đòi 50 con voi, từ Nghệ An đặt nhà trạm cấp lương cỏ, đưa đến Vân Nam.
Lời bàn: Từ khi Tôn Đạo đưa tình hình trong nước mách cho nên nhà Minh, cực ngôn nhân vật thịnh, vàng ngọc giàu, cho nên nhà Minh mặc ý yêu cầu, nào đòi lương đòi voi, không năm nào ngơi. Quân gian nịnh kéo phùng nghênh dễ được lòng người. Nhà Trần sai Tôn Đạo sang Bắc mà hỏng việc nước, nhà Minh tin Tôn Đạo lấn đất Nam mà mở ra hấn khích ở biên giới, đến cả gia đình Tôn Đạo cũng tan nát theo, đáng lấy đó làm răn.
Hồ Tôn Thốc làm quan An Phủ, có xâm đến của dân, vua Nghệ Tôn lấy làm lạ mà hỏi, thì tạ lỗi rằng: "Một người được ân vua, cả nhà được hưởng thiên lộc. " Vua tha tội cho (Tôn Thốc người ở Diễn Chân, Nghệ An, nhỏ tuổi đã đỗ, chưa có tiếng, gặp tiết Nguyên tiêu, có vị pháp quan họ Lê mở hội treo đèn, Tôn Thốc ở ngay trên đám tiệc làm 100 bài thơ, từ đấy tiếng lừng kinh đô).
Vua cho Quý Ly là cờ và thanh kiếm: (là cờ đề rằng: "Văn võ toàn tài, quân thần đồng đức").
Quý Ly lấy dụ chỉ của Thượng hoàng phế Vua làm Linh Đức Vương. Khi trước có sao chổi, Vua cùng Thái úy Thích bàn mưu nói: "Thượng hoàng yêu dùng họ ngoại, Quý Ly muốn làm gì được nấy; nếu không tính trước, tất sau này khó chế ngự được". Mưu ấy tiết lộ, Quý Ly biết, Đa Phương khuyên nên ra ở núi Đại Lại, để chờ biến chuyển, Cự Luận nói: "Không được, đã ra ngoài rồi, thì khó lòng giữ được toàn". Quý Ly nói: "Túng xử không phương kế gì, thì ta phải tự tận, không thể nhờ tay người khác được". Cự Luận nói: "Thượng hoàng có nhiều con trưởng đích xuất, mà lại lập cháu làm vua, tục ngữ có câu: "Chưa thấy ai bán con để nuôi cháu" đem câu ấy động đến tai, rồi cải lập Chiêu Định, trở tai họa thành ra phúc, dễ như trở bàn tay. Quý Ly mật tâu, Thượng hoàng cho là phải. Sáng sớm hôm ấy, nói thác rằng Thượng hoàng đi An Sinh, triệu Vua đến bàn việc nước, Vua chưa ăn cơm đã đến ngay, lập tức bị dẫn ra chùa Tư Phúc giam kín, rồi ra nội chiếu nói: "Vua Duệ Tôn mất không trở về, thì lấy con đích làm Vua, là theo lối cổ đó, những vì quan gia lên nối ngôi, hãy còn tính trẻ con, đức tính thất thường, không thể làm chủ một nước được", nên giáng làm Linh Đức Vương, rước Chiêu Định vào nối ngôi Vua. Chưa được mấy lâu, lại đem buộc cổ cho chết.
Cung nhân của vua Duệ Tôn, là mẹ Linh Đức Vương là em gái họ của Quý Ly. Vua Duệ Tôn đi đánh miền Nam bị chết, bà này đã cắt tóc làm ni cô, đến khi vua Nghệ Tôn lập Linh Đức làm vua, bà cố từ chối không được, lại vào ở trong cung, nói chuyện với Thái úy Thích có vẻ lo lắm: "Con tôi bạc phúc, khó kham được trách nhiệm to. Tiên hoàng mất đi, tôi không chết theo được, không còn muốn trông đến việc đời nữa, huống chi còn nỡ trông thấy con nguy đến thân hay sao". Rồi bà mất.
Con út vua Nghệ Tôn là Chiêu Định Vương Ngung được lập lên làm vua, cải niên hiệu là Quang Thái.
Lời bàn: Vua Nghệ Tôn già lẫn quá lắm, trước kia đã nhường ngôi cho em, lại lập cháu làm vua, không coi ngôi vua là của riêng, lòng đó sao quang minh thế. Đến khi tuổi già, mê hoặc về câu bán con nuôi cháu, chia ra khinh và trọng trong chỗ con cháu, không nghĩ rằng: xã tắc là trọng, người nào hiền đức thì lập lên, còn phân biệt con với cháu làm gì. Vả lại trong hàng con vua Nghệ Tôn duy chỉ Trang Định lớn tuổi mà hiền đức, Quý Ly vẫn sợ xưa nay, thanh ngôn rằng tất phải lập ông ấy làm vua, để cho ông có lời từ chối; ông đã từ chối rồi; liền khen ông là đại đức, để ngăn ý Nghệ Tôn không định kiến gì, lầm tin sự giả dối của nó làm cho thật. Lão già 60 tuổi, trao ngôi vua cho đứa trẻ 10 tuổi; gửi con cho quạ già, mà dặn nó: "Đừng thịt con ta, đừng phá hủy nhà ta", không biết rằng con quạ già có tin được đâu. Than ôi! Lòng người muốn làm mất nước của người ta, tất phải làm hôn mê trí lự của kẻ đương cực, như có vật gì che mất mắt đi, người đứng xem bên ngoài tuy có sáng suốt, nhưng vì hoàn cảnh dở dang trái ngược, không làm gì được, nên mới đến nỗi thế đó.