Qua diễn biến của trận tập kích Đông Bộ Đầu, có thể rút ra mấy vấn đề về nghệ thuật quân sự: 1- Đánh giá đúng địch, ta, xác định chính xác phải phải rút lui và rút lui đúng thời cơ Để tránh sức mạnh ban đầu và sở trường của địch, nhà Trần đã tiến hành rút lui chiến lược khỏi Bình Lệ Nguyên, sau đó rút lui khỏi cả kinh đô Thăng Long, làm kế hoạch bao vậy, đánh tan quân ta của địch bước đầu bị thất bại. Để đảm bảo an toàn cho cáclực lượng rút lui, quân Trần đã triển khai các điểm chốt chặn trên các trọng điểm như ở Phù Lỗ, quân ta phá cầu Phù Lỗ làm cho quân Mông Cổ không truy đuổi kịp vua Trần. Đồng thời quân ta sử dụng 1 bộ phận lực lượng cùng các lực lượng dân binh, thổ binh đánh nhỏ lẻ rộng khắp, cả trước mặt, sau lưng, 2 bên sườn địch; kết hợp với kế “thanh dã”, đã gây cho địch từ tập trung phải chuyển sang phân tán đối phó và luôn bị uy hiếp căng thẳng, mệt mỏi, thiếu lương thảo…
Khi tới Thăng Long thì chỉ là một kinh thành vắng lặng, chúng nống ra xung quanh cướp phá lương thảo nhưng lại bị đánh trả quyết liệt. Quân ta ngày đêm tổ chức tập kích, quấy rối… vì vậy, địch không dám đóng quân trong thành mà đóng về bến Đông Bộ Đầu dừng lại điều chỉnh chiến lược. Về phía ta, khi tình hình thực tế chưa cho phép diệt địch triệt để, kịp thời thay đổi kế hoạch rút lui để bảo toàn lực lượng là hết sức đúng đắn.
2- Rút lui bí mật, nghi binh tạo bất ngờ cao, bảo toàn lực lượng, giữ vững ý chí chiến đấu, tích cực chuẩn bị mọi mặt cho tổng phản công. Quân ta chủ động rút khỏi Thăng Long, không những bảo toàn được lực lượng, tranh thủ được thời gian, tạo thời cơ để phản công mà còn đặt địch trước tình thế không thực hiện được chiến lược đề ra. Một trong những tình huống khó khăn và đáng lo ngại nhất của quân Mông Cổ là không biết tình hình và ý định hành động của quân ta. Quân dân Đại việt đã chủ động tạo nên cục diện mới trên chiến trường. Đại quân và triều đình theo sông Hồng rút về xuôi, đóng dọc khúc sông Thiên Mạc.
Quân ta dùng thuyền rút theo đường sông n ên kỵ binh Mông Cổ nếu truy kích sẽ gặp khó khăn. Mặt khác địch lại không rõ tình hình, ý định của ta nên không dám truy kích. Tại vùng Thiên Mạc, quân ta nhanh chóng củng cố, tăng cường lực lượng. Và khi thời cơ đến, binh thuyền của ta có thể nhanh chóng theo sông Hồng tiến về Thăng Long phản công được thuận tiện.
3- Chọn thời cơ tập kích chính xác, kiên quyết, đúng mục tiêu, hướng chủ yếu, vận dụng phương pháp phản công sáng tạo. Trong cuốn “Binh thư yếu lược đã tổng kết về thời cơ như sau: “Thời là cái đến không đầy chớp mắt, trước thì thái quá, sau thì bất cập…” Quân Mông Cổ không dám đánh trong thành Thăng Long, phải cụm lại ở Đông Bộ Đầu trong vòng vây của thế đánh nỏ lẻ. Sau 1 cuộc hành quân chiến đấu trên quãng đường dài, sinh lực bị tiêu hao, binh lính mệt mỏi và bắt đầu mất hết tinh thần chiến đấu. Sau 9 ngày vào thăng Long, quân Mông Cổ đã mất hết “nhuệ khí ban mai” của 1 đạo quân tiến công như lốc cuốn…
Đó là thời cơ để nhà Trần phản công. Khi đã phản công tập kích thì quân nhà Trần tập kích kiên quyết liên tục… Mặc dù đạo quân chủ lực do vua Trần chỉ huy còn chưa tới, trong đêm nắm lấy thời cơ có lợi, tướng Trần Khánh Dư lập tức hạ lệnh đánh úp… lực lượng địch có khoảng 3 vạn tên được xác định là mục tiêu chủ yếu. Lực lượng phản công của nhà Trần chia làm 2 cánh, 1 cánh theo đường bộ cơ động triển khai trước, cánh chủ yếu theo đường thủy (sông Hồng) đổ bộ lên đánh thẳng vào cụm quân địch. Lợi dụng đêm tối, quân ta quen địa hình, cuộc phản công được vận dụng dưới hình thức 1 trận tập kích lớn, chia cắt người và ngựa quân địch, giành thắng lợi quyết định trong đêm. Nghệ thuật rút lui và nghệ thuật phản công trong chiến trận Đông Bộ Đầu thể hiện đầy đủ tính tích cực, chủ động tiến công địch, thực hiện rút lui chiến lược, tiến công nhỏ lẻ rộng khắp buộc địch co cụm lại.
Địch sa vào thế bị động chống đỡ, từ mạnh chúng chuyển thành yếu. Đó là thời điểm để quân ta tập kích đạt hiệu quả cao nhất. Ta từ thế yếu thành mạnh, mạnh chuểyn thành thắng thông qua đòn tập kích quyết định. Giặc Mông Cổ có ưu thế về kỵ binh cơ động nhanh nhưng ta đã không cho chúng có dịp phát huy. Tạm lùi 1 bước, tập trung lực lượng, chớp thời cơ có lợi để phản công, zxác định hướng chiến lược chính xác, cách đánh úp ban đêm táo bạo, tận dụng được yếu tố bí mật, bất ngờ, hạn chế được sở trường củ a kỵ binh địch (người tách khỏi ngựa) là những kinh nghiệm lớn rút ra từ chiến thắng Đông Bộ Đầu. Những kinh nghiệm ấy là nền móng hình thành nên tư tưởng chiến lược “lấy nhàn chờ nhọc” “lấy đoản binh phá trường trận” mà trần Quốc Tuấn và Triều đình nhà Trần đã áp dụng thành công trong các cuộc kháng chiến chống Nguyên - Mông lần 2 và lần 3.
Về việc phá cầu Phù Lỗ này có nhiều tư liệu khác nhau:
- An Nam chí lược của Lê Trắc chép trận đánh trước đó là trận Nỗ Nguyên, không phải là Bình Lệ Nguyên và sau đó: " Ngày hôm sau, vua Trần chặt cầu Phù Lỗ, bày trận ở bên kia sông. Quân { Mông Cổ } muốn sang sông, chưa dò được nông sâu, bèn theo bờ sông bắn vào nước, nghiệm chỗ nào tên bắn xuống nước mà không nổi lên là cạn, lập tức dùng kỵ binh qua sông. Ngựa nhảy lên bờ, che mà đánh, quânAn Nam vỡ. ".
- Về trận Phù Lỗ này, quốc sử và Nguyên sử đều không chép ---> chưa chắc đã có thật. Dù có thật thì đây cũng là một trận nhỏ như Lê Trắc: giắc vừa qua được sông, chợt đánh thì quân ta vỡ ngay.
- Giả thiết khác: Thua trận Bình Lệ Nguyên { Nỗ Nguyên? }, Thái Tông cho rút quân. Quân thuỷ lui theo sông Hồng, trên bờ có quân kỵ, bộ theo yểm hộ. Phần lớn theo vua và Lê Phụ Trần rút theo đường bộ. Giặc dùng quân kỵ đuổi theo { giống ngựa Hồ của Mông Cổ tuy nhỏ bé nhưng dai sức, đi xa không mệt nên giặc có ưu thế hơn }. Khi quân ta qua cầu Phù Lỗ rồi thì chặt, phá đi khiến giặc đuổi theo đến nơi thì mắc sông không qua được. Đến khi tìm được chỗ nông, qua được sông thì quân ta đã đi khá xa, thẳng đường qua Đông Ngàn, Gia Lâm về Thăng Long. Giặc đuổi không kịp nữa.
Về địa danh Bình Lệ Nguyên: đây là tên một bến sông Hồng, dưới ngã ba Hạc { Việt Trì ngày nay }. Theo nhà sử học Đào Duy Anh thì đây là huyện Bình Nguyên, đời Mạc đổi là Bình Tuyền sau lại đổi là Bình Xuyên tức huyện Bình Xuyên, Vĩnh Yên sau này. Nó nằm tại xã Tam Canh giáp giới giữa Vĩnh Yên và Phúc Yên ngày nay. Năm 1287 ông hoang Sáu { Chiêu Văn Vương Trần Nhật Duật } phục binh đánh quân Ai Lỗ từ Vân Nam kéo sang. Bến Đông Bộ Đầu: Trần Trọng Kim viết trong Việt Nam sử lược: Đông Bộ Đầu ở phía đông Nhị Hà thuộc hạt Thượng Phúc. Có ý khác cho rằng Đông Bộ Đầu vốn nằm ở bến dốc Hang Than hiện nay vì cho rằng:
Đông Bộ Đầu còn gọi là Đông Tân có nghiã là bến Đông vậy phải nằm ở phía đông thành Thăng Long, hay phía đông sông Hồng { vị trí của dốc Hàng Than hiện nay }