Tất cả các phi công tham dự chiến dịch Trân châu cảng được lệnh tập họp quanh mô hình này. Trung tá Genda, người phụ trách công cuộc huấn luyện cuối cùng, trình bầy cho các phi công mục đích của việc thực tập. Từ trước các phi công tham dự các cuộc thực tập không tập những mục tiêu cố định, rất thắc mắc không hiểu cuộc thực tập có mục đích gì. Nay trung tá Genda nói thẳng cho họ biết họ sẽ tham dự cuộc tấn công các chiến hạm của Mỹ tại Trân châu cảng, và mục tiêu của họ là những mẫu hạm và chiến hạm bỏ neo trong quân cảng. Ðứng về phương diện quân sự thì nhiều chiến hạm lớn của Mỹ tập trung trong một quân cảng nhỏ hẹp như Trân châu cảng là một mục tiêu rất hấp dẫn cho các phi cơ oanh tạc.
Genda trình bầy chi tiết các khu vực của đảo Oahu và Trân châu cảng. Khi Genda tiếp tục cuộc trình bầy một cách lạnh lùng thì nhiều phi công cũng cảm thấy một sự hồi hộp pha thêm chút e ngại trước chiến dịch quá táo bạo này. Genda cho biết nếu cuộc tấn công giữ được bí mật thì các phi cơ phóng thủy lôi sẽ đi tiên phong trong cuộc tấn công. Trái lại nếu kế hoạch bị bại lộ thì các oanh tạc cơ sẽ phải làm nhiệm vụ đầu tiên. Vừa phấn khởi vừa lo ngại, các phi công Nhật theo dõi các lời giải thích chỉ dẫn cặn kẽ của Genda cho họ trong lúc thi hành nhiệm vụ.
Ngày 5-11, Yamamoto ra nhật lệnh hành quân số 1. Ðây là một lệnh tối mật và bao gồm những nét chính của cuộc tấn công bất ngờ vào Trân châu cảng. Kể từ sau nhật lệnh số 1 thì việc tấn công Trân châu cảng không còn là một giấc mơ của Yamamoto nữa, mà đã là một thực tế, một cơ hội nhổ đi con dao găm đâm vào trái tim Nhật Bản. Dưới đây là nguyên văn nhật lệnh đầu tiên:
Sửa soạn khai chiến.
Phải tiêu diệt hạm đội Mỹ tại phía đông.
Phải cắt các đường hoạt động và tiếp tế của Mỹ tới Á đông.
Phải ngăn chặn và tiêu diệt lực lượng địch.
Phải khai thác chiến thắng để hủy diệt ý chí chiến đấu của địch quân.
Yamamoto ra lệnh phải hoàn tất các chuẩn bị cuối cùng trước khi xuất quân vào ngày được gọi là ngày Y, và giờ khai chiến sẽ được công bố trong một Nhật Lệnh của Bộ Tư Lệnh Hoàng Gia. Hai ngày sau Yamamoto lại ra một nhật lệnh thứ hai nữa như sau: "Lực lượng xung kích phải giữ cực kỳ bí mật và sẽ điều động tập hợp tại vịnh Tankan ngày 22-11 để tiếp tế nhiên liệu."
Vịnh Tankan nằm trong quần đảo Kuriles ở về phía bắc Nhật Bản. Trong lúc Yamamoto thận trọng thi hành kế hoạch tấn công thì lục quân không quan tâm tới Trân châu cảng. Ðiều lục quân mong đợi nhất là phải mở các cuộc hành quân ở phương nam. Lục quân dự định cuộc hành quân miền nam sẽ khởi sự vào ngày 1-12. Ngay từ đầu tháng 11, Yamamoto đã về Ðông Kinh để gặp tướng Terauchi, người chỉ huy cuộc hành quân phía nam, nhằm tấn công Tân gia ba, Nam dương, Miến điện, và Phi luật tân. Yamamoto đề nghị với Terauchi sẽ mở cuộc tấn công Trân châu cảng vào ngày chủ nhật thứ hai của tháng 12, để cho hạm đội Nhật Bản có thêm thời giờ sửa soạn. Terauchi và bộ tổng tư lệnh đồng ý. Như vậy cuộc chiến tại Thái Bình Dương được chính thức ấn định vào lúc 8:30 sáng ngày chủ nhật 7-12, giờ tại Hawaii.
Tại sao Yamamoto chọn ngày chủ nhật để tấn công? Ðó là kết quả của một tin từ Honolulu gửi về. Vài ngày trước khi Yamamoto quyết định ngày tấn công, Yamamoto phái trung tá hải quân Suzuki giả trang làm một người hầu bàn trên chiếc thương thuyền ghé Hawaii để gặp tổng lãnh sự Nhật Nagao Kita. Suzuki lén đưa cho Kita một loạt gồm tới 97 câu hỏi, trong đó có câu hỏi "Ngày nào phần lớn chiến hạm Mỹ sẽ tập trung tại Trân châu cảng?"
Khi câu hỏi này được chuyển cho Yoshikawa, thì Yoshikawa trả lời ngay không do dự là ngày chủ nhật. Khi bị hỏi vặn thêm tại sao lại là ngày chủ nhật, Yoshikawa cho biết ngay chủ nhật nào đô đốc Kimmel cũng đem cả hạm đội vào quân cảng.
Sau khi ấn định ngày tấn công rồi, Yamamoto bổ nhiệm phó đô đốc Chuichi Nagumo vào chức Tư lệnh Lực lượng Xung kích trực tiếp tấn công Trân châu cảng. Nagumo có một lực lương bao gồm 23 chiến hạm trong đó có 6 mẫu hạm: Akagi, Kaga, Soryu, Hiryu, Zuikaku và Shokaku. Ðể bảo vệ sáu mẫu hạm mới tân trang này là hai tuần dương hạm lớn Hiei và Kirishima, hai tuần dương hạm nhỏ Tone và Chikuma, một tuần dương hạm nhẹ và chín diệt ngư lôi hạm mới.
Trên sáu mẫu hạm sẽ có 423 phi cơ đủ loại. Ba mươi phi cơ dùng để tuần tiễu làm thành một cái dù lớn bảo vệ bên trên các mẫu hạm. Bốn chục phi cơ làm lực lượng trừ bị. Còn lại 353 phi cơ có nhiệm vụ tấn công quân cảng Trân châu cảng. Trong số các phi cơ có nhiệm vụ tấn công thì có 100 phi cơ loại Kates, trang bị đạn 16-phân để oanh kích ở mức cao, 40 phi cơ Kates khác dùng để phóng thủy lôi, 131 oanh tạc cơ và 79 chiến đấu cơ Zero. Các tuần dương hạm và chiến hạm khác cũng có một số phi cơ nổi để thám thính và để trợ giúp các phi đội chiến đấu.
Ngày 10-11, đô đốc Nagumo ra nhật lệnh đầu tiên trên chiếc soái hạm Akagi đang bỏ neo tại Biển Inland. Cũng ngày hôm ấy tân Tham mưu trưởng của Liên Hạm đội là đô đốc Ukagi, đã đọc một bài diễn văn quan trọng, trong đó ông kêu gọi lòng ái quốc của các phi công Nhật trong một nhiệm vụ thiêng liêng cho tổ quốc:
"Một hạm đội địch hùng hậu tập trung tại Trân châu cảng. Chúng ta phải diệt tan hạm đội này ngay khi cuộc chiến xảy ra. Nếu kế hoạch này thất bại ở bất cứ giai đoạn nào của cuộc hành quân, thì hải quân của chúng ta sẽ chịu số phận thảm hại sẽ không bao giờ có thể đứng lên được nữa."
"Sự thành công của cuộc tấn công này vào Trân châu cảng sẽ chứng tỏ là một trận tương tự như trận Waterloo cho cuộc chiến sau đó. Vì lý do này, hải quân Hoàng gia sẽ tập hợp tất cả sức mạnh về chiến hạm và phi cơ để bảo đảm chiến thắng."
"Hiện nay các kỹ nghệ nặng của Hoa Kỳ đang chuyển sang chế tạo chiến hạm, phi cơ và các khí cụ chiến tranh khác. Phải mất nhiều tháng mới đủ cho sức mạnh nhân lực của Hoa Kỳ động viên được để đương đầu với chúng ta. Nếu chúng ta bảo đảm được sự siêu việt chiến lược ngay từ lúc khởi đầu, bằng cách tấn công và chiếm được những yếu điểm bằng một cú đánh bất ngờ trong lúc Hoa Kỳ chưa sẵn sàng, thì chúng ta làm cho các cuộc hành quân sau này thuận lợi cho chúng ta. Hoàng thiên sẽ chứng giám cho sự chính đáng của chúng ta trong cuộc chiến này."