Các sĩ quan cao cấp hải quân Nhật định hủy bỏ việc oanh tạc từ trên cao độ, và chỉ phát triển các loại phi cơ phóng thủy lôi, nhưng Yamamoto không đồng ý. Ông cho rằng các phi công ném bom không trúng mục tiêu chỉ vì đã thiếu tập dượt và hơn nữa, phi công không cần phải chọn các mục tiêu di động. Kể từ đó các phi công Nhật phải tập dượt liên tục không ngừng. Yamamoto thân hành đứng trên cầu mẫu hạm quan sát việc thực tập của phi công. Lúc đó là hai năm rưỡi trước cuộc tấn công Trân châu cảng. Khi Nhật mở cuộc tấn công tại Trân châu cảng thì phi công Nhật đạt được mức oanh tạc chính xác cao nhất thế giới. Ðó là công đầu của tư lệnh Yamamoto.
Lối sống rất khắc khổ của tư lệnh Yamamoto đã làm toàn thể sĩ quan hải quân Nhật khâm phục. Công việc hàng ngày của Yamamoto chấm dứt vào lúc 5 giờ chiều; sau đó ông chơi một ván cờ giải trí. Sau bữa tối ông đi vào giường lúc 9 giờ, nhưng không ngủ ngay. Ông nằm đọc các tài liệu và hồ sơ cho tới quá nửa đêm. Ðúng 4 giờ sáng ông thức giấc và nằm trong giường đọc hồ sơ và báo cáo cho tới 6:30 sáng. Ông ngủ rất ít, một phần vì bệnh mất ngủ từ ngày ông được bổ nhiệm làm Tư lệnh Liên Hạm đội Nhật. Trong một bài diễn văn đọc trước học sinh trường cũ của ông, ông đã xác nhận: "Tôi không ngủ được nhiều kể từ khi tôi nhận chức Tư lệnh Liên Hạm đội, bởi vì Nhật Bản mạnh tiến hay sụp đổ là tùy thuộc nhiều vào cách tôi hành xử bổn phận của tôi."
Yamamoto nhận thấy nhiệm vụ lớn nhất của ông là phải làm sao cho hạm đội Nhật bản sẵn sàng khi tổ quốc đòi hỏi sự hy sinh của hải quân. Hải quân Nhật đã thao dượt tập luyên liên tục trong mọi hoàn cảnh thời tiết và địa lý. Các cuộc thao dượt này cũng là thực tập sẵn sàng cho cuộc tấn công Trân châu cảng. Một trong những khẩu hiệu tập luyện của hải quân là: "Với một tinh thần dẻo dai không biết mệt, chúng ta đang cố gắng đạt tới một mức độ siêu nhân về khả năng và hiệu năng chiến đấu hoàn toàn."
Yamamoto cũng không quên khía cạnh đời sống riêng tư của các sĩ quan trẻ. Ông thường nói với họ: "Tôi không uống rượu, nhưng đó là bản chất của tôi. Bản chất của các bạn có thể không thế. Nếu các bạn thích rượu thì các bạn cứ uống tự do, nhưng xin nhớ rằng đừng bao giờ bàn luận các vấn đề hải quân trong một bữa tiệc hoặc trong những tiệm ăn. Bạn cũng không bao giờ trở thành một vĩ nhân nếu bạn phổng mũi vì lời khen của một người đàn bà. Ðừng vội lập gia đình. Hãy sống độc thân cho tới tuổi ba mươi. Nhiệm vụ của các bạn có những đòi hỏi đặc biệt khiến cho việc lập gia đình sớm không có lợi. Năm ba mươi-lăm tuổi tôi mới lấy vợ và tôi không cho như thế là quá trễ."
Sau 6 tháng trong chức vụ và chương trình huấn luyện hải quân tiếp tục tốt đẹp, Yamamoto cảm thấy tin tưởng vào binh sĩ hải quân nhiều hơn. Hải quân dường như đang đi đúng con đường Yamamoto muốn, trái hẳn với chính trường bị lục quân chi phối đã đi ngược lại ước muốn của Yamamoto. Nhật Bản càng lúc càng sẵn sàng gia nhập khối Trục của Ðức và Ý. Việc ký kết Hiệp Ước Liên Kết giữa ba quốc gia vào tháng 9-1940 không có nhiều bó buộc cho Nhật Bản. Nhật Bản chỉ đồng ý tham chiến với Ðức và Ý khi nào Hoa Kỳ liên kết với Anh quốc đánh lại Ðức và Ý. Hitler muốn Nhật ngăn cản Hoa Kỳ không cho Hoa Kỳ can thiệp vào Âu Châu để cứu Anh quốc. Tuy nhiên nhiều nhân vật Nhật rất không đồng ý với lời cam kết có giới hạn này, trong đó có Nhật Hoàng và thủ tướng Konoye. Các đô đốc Yonai, Yamamoto và phần đông sĩ quan hải quân kịch liệt chống lại lời cam kết đó, nhưng lục quân đang nắm quyền và không thèm để ý tới sự phản đối của hải quân.
Người chống đối hiệp ước nặng ký nhất là Yamamoto thì lại ở xa ngoài khơi, nên cuối cùng hiệp ước đã được ký với sự phản đối yếu ớt của tân thứ trưởng hải quân thay thế Yamamoto. Khi còn là thủ tướng, Konoye lo sợ trước viễn ảnh chiến tranh có thể đưa Nhật Bản tới chỗ sụp đổ. Ông biết khi chiến tranh xảy ra với Hoa Kỳ thì thắng hay bại phần lớn do hải quân, nên ông cho mời Yamamoto vào tham khảo ý kiến. Konoye hỏi Yamamoto nếu chiến tranh bùng nổ giữa Nhật và Anh Mỹ thì Nhật Bản có bao nhiêu hy vọng chiến thắng.
Yamamoto trả lời thẳng thắn, "Tôi có thể tung hoành gây tàn phá cho hải quân Anh Mỹ trong một năm hoặc nhiều lắm là 18 tháng. Sau đó tôi không có một bảo đảm nào hết." Lời tuyên bố của Yamamoto trở thành một lời tiên tri rất đúng sau này. Hải quân Nhật làm mưa làm gió tại Thái Bình Dương trong suốt gần hai năm, chạy từ chiến thắng này tới chiến thắng khác mà Anh Mỹ không thể làm gì được, cho tới lúc Yamamoto tử trận. Thủ tướng Konoye là một người hiểu rõ tiềm năng chiến tranh của Anh và Mỹ nên công nhận lời tuyên bố bi quan của Yamamoto rất có lý. Nếu Nhật Bản phải tham dự một cuộc chiến lâu dài với Hoa kỳ thì các đô đốc Nhật trông thấy cuộc chiến cuối cùng chỉ đem lại thất bại cho Nhật Bản.
Sau khi thảm khảo ý kiến của Yamamoto, thủ tướng Konoye làm một cố gắng thân thiện với Hoa Kỳ. Tuy nhiên lúc đó đã quá trễ và hành động của Konoye chỉ gây căm phẫn cho lục quân. Tướng Ðông Ðiều, bộ trưởng chiến tranh, công kích thủ tướng Konoye có một chính sách ngoại giao mềm yếu. Khi tướng Ðông Ðiều làm thủ tướng, bộ trưởng hải quân Nhật không dám nói thẳng với Ðông Ðiều những điều Yamamoto đã dám nới với cựu thủ tướng Konoye, trái lại hải quân dường như để trôi theo con đường chiến tranh của lục quân.
Một đô đốc đã quy lỗi cho hải quân để mặc cho lục quân dẫn dắt vào vòng chiến khi ông viết:
"Trách nhiệm hàng đầu đưa Nhật Bản vào vòng chiến là tại hải quân. Chúng tôi không trách gì lục quân vừa ngu dốt vừa làm càn. Công luận và Nhật Hoàng đã không thể ngăn cản được cuộc lao đầu vào chiến tranh của họ -- nhưng hải quân có thể làm được điều đó. Chỉ mình hải quân đã có một thế chống lại Ðông Ðiều. Nếu hải quân đã làm như vậy thì Nhật Bản đã không tham chiến. Hải quân đã biết rõ tình thế mà vẫn cứ nhường nhịn phe lục quân thiển cận. Hải quân phải chịu trách nhiệm đã để chiến tranh xảy ra mà không ngăn lại."
Ðúng ra hải quân đã bị lục quân lôi vào chiến tranh vì các lãnh tụ hải quân tại Ðông Kinh không có dũng khí và tự tin như Yamamoto. Hải quân Nhật chưa sẵn sàng đi vào một cuộc chiến lâu dài. Vào tháng 1-1940, hải quân chỉ mới có 3,500 phi công. Một sĩ quan hải quân đề nghị huấn luyện thêm 15,000 phi công nữa cho hải quân, nhưng ý kiến này bị coi là điên rồ và bị bác bỏ. Ðề nghị của sĩ quan huấn luyện viên này không tới được bàn giấy của Yamamoto. Ðến năm 1941, hải quân đòi hỏi hàng năm phải đào tạo thêm 15,000 phi công nữa mới đủ cung ứng cho nhu cầu chiến trường, nhưng lời yêu cầu này đã quá trễ. Lúc ấy chiến tranh đã sắp xảy ra rồi, và không thể đào tạo một số đông phi công trong lúc đó. Ðây là một lỗi lầm sinh tử của Nhật Bản.
Vào mùa hè năm 1941, cuộc xung đột vũ trang giữa Nhật và Hoa Kỳ là điều không thể tránh khỏi được, thế mà phần lớn các nhà lãnh đạo hải quân Nhật vẫn không muốn lâm chiến, vì họ có những lý do để hoài nghi chiến thắng. Sức mạnh không lực của Anh Mỹ thực là khủng khiếp, mặc dầu Nhật bản có những phi đội Zero rất hữu hiệu. Người ta có thể so sánh một phi cơ Zero mạnh bằng hai tới năm lần phi cơ Anh Mỹ. Hầu hết các đô đốc đã về hưu rồi đều lên tiếng phản đối chiến tranh. Các đô đốc già này quả quyết rằng các chiến thắng của hải quân Nhật trong quá khứ, kể cả trận hải chiến Ðối Mã, không hoàn toàn tốt đẹp như sự mô tả của các sử gia.
Yamamoto đứng về quan điểm của các đô đốc già. Không ai biết rõ sức mạnh của hải quân cũng như tiềm năng quốc gia bằng Yamamoto. Yamamoto một lần nữa lớn tiếng nhắc lại lời cảnh cáo của ông đã nói với cựu thủ tướng Konoye:
"Nếu cần thiết phải tham chiến, trong sáu tháng đầu cho tới một năm trong cuộc chiến với Hoa Kỳ, tôi sẽ chiến thắng rất ngoạn mục. Tôi sẽ đem về cho quý vị hàng loạt chiến thắng. Nhưng tôi cũng phải cảnh cáo quý vị rằng nếu chiến tranh kéo dài hai hoặc ba năm thì tôi không tin tưởng vào chiến thắng cuối cùng của chúng ta."
Tiếng nói của Yamamoto trở thành một tiếng kêu trong sa mạc, không ai thèm nghe theo. Một năm sau khi được bổ nhiệm làm Tư lệnh Hạm đội Nhật, Yamamoto thường cân nhắc ý định từ chức. Ông tâm sự với một số bạn thân rằng ông muốn trở về quê cũ sống một cuộc đời lặng lẽ, trồng hoa câu cá tại con sông Shinano. Ông cũng đã chỉ định đô đốc Koga thay thế ông. Quả thực về sau đô đốc Koga cũng thay thế Yamamoto, nhưng trong một hoàn cảnh của một đại thảm kịch cho hải quân Nhật.
Thực ra Ðông Ðiều và lục quân cũng muốn Yamamoto về hưu để loại bỏ được một đối thủ nặng ký nhất. Nhưng vai trò của Yamamoto trong hải quân lên tới tuyệt đỉnh, và hải quân không bao giờ muốn mất một đô đốc vĩ đại nhất, kể từ thời của đô đốc Togo. Yamamoto không bao giờ mong muốn tổ quốc ông lao vào một cuộc chiến mà ông biết thế nào cũng bại trận, và ông cũng buồn rầu biết rằng chính ông sẽ là người Nhật duy nhất có thể đưa Nhật Bản đến chiến bại trong một ngày.
Trong tư cách là Tư lệnh hải quân, Yamamoto mài miệt thảo một kế hoạch mà ông nghĩ nếu thành công sẽ có thể cho Nhật Bản một cơ hội đứng vững. Dù ông rất ghét chiến tranh, nhưng ông biết rằng ông không thể từ chức được. Ông phải sửa soạn hạm đội Nhật sẵn sàng khi trường hợp khẩn cấp xảy tới. Con đường sinh tồn duy nhất của Nhật phải là đánh gục hạm đội Mỹ tại Thái Bình Dương càng mau lẹ càng tốt. Nếu hải quân Nhật có thể đánh cho hạm đội Mỹ một đòn chí tử thì sẽ có cơ hội thương thuyết hòa bình trước khi Nhật bị đánh quỵ.
Một hôm ông đọc một bài diễn văn tại trường trung học Nagaoka. Trong bài diễn văn, vị đô đốc nổi tiếng nhất của Nhật Bản phát biểu lần cuối cùng quan điểm của ông về người Mỹ:
"Nhiều người nghĩ rằng người Mỹ yêu thích xa hoa và văn hóa của họ nông cạn và vô nghĩa. Thực là sai lầm khi cho rằng người Mỹ yếu đuối, chỉ biết yêu những sự xa hoa. Tôi có thể bảo cho các bạn biết rằng người Mỹ đầy tinh thần công bằng, tranh đua và mạo hiểm. Hơn nữa cách suy nghĩ của họ rất tiến bộ và khoa học. Chuyến bay một mình băng qua Ðại Tây Dương của Lindbergh là loại hành động hào hùng thông thường của họ. Ðó là một sự mạo hiểm tiêu biểu đặt căn bản trên khoa học của người Mỹ."
"Ðừng quên rằng kỹ nghệ của Mỹ phát triển hơn kỹ nghệ của Nhật Bản nhiều - và không như chúng ta, họ có đủ dầu hỏa họ cần dùng. Nhật Bản không thể thắng được Hoa Kỳ. Chính vì thế, Nhật Bản không nên gây chiến với Hoa Kỳ."
Bài diễn văn gây nên một luồng công kích mới. Phe lục quân vừa chiến thắng tại nước Trung Hoa bán khai lên tiếng chê Yamamoto là kẻ hèn nhát. Nhiều nhân vật quan trọng tức giận, coi lời tuyên bố của Yamamoto là vô trách nhiệm. Yamamoto cũng tức giận tuyên bố: "Tôi là một người Nhật. Tôi chỉ làm điều gì ích lợi cho tổ quốc tôi. Chính những kẻ đang đẩy Nhật Bản vào vòng chiến mới là những kẻ vô trách nhiệm."