Sau khi Trạng mất, Ở làng Cổ Am có đền thờ Cụ. Một hôm ớ trong làng có cha con thằng Khả đi bắt chuột ở bên ngôi mộ Cụ vô ý làm đổ tấm bia trên mộ. Dân làng thấy thế mới bắt về đình rồi phạt ba quan tiền vì khi tấm bia đổ xuống thấy có hàng chữ ở sau:
Cha con thằng Khả
Đánh ngã bia tao
Làng xóm xôn xao
Bắt đền tam quán.
Cha con thằng Khả chạy đi kiếm mãi cũng chỉ được có một quan tám nhưng dân làng không chịu. Nó cãi rằng:
"Cha con tôi lỡ lầm nên Cụ Trạng chê bắt phạt có quan tám. Cụ đã biết trước cha con tôi chỉ chạy được có như thế nên mới nói bắt đền tam quán. Tam quán mà nói lái ra thì thành quan tám chứ không phải là ba quan. Ai đời nếu không thế sao cả bài không có chữ Nho nào lại dùng hai chữ Nho ở cuối. Theo chúng con thì chữ tam quán là chữ Nôm nói lái mà ra. Dân làng không tin hãy cứ xin âm dương trong đền cụ mà xem".
Vì túng thế, cha con thằng Khả cãi liều như vậy nhưng dân làng nghe cũng có lý mới đi lễ đến cụ xin âm dương thì quả như vậy thật. Cứ xin hoài ba quan mà hai lần vân cứ khi thì xấp cả, khi thi ngửa cả. Chỉ tới khi khấn là quan tám mới được đồng xấp, đồng ngửa mà thôi. Mọi người lại càng tin phục Cụ Trạng.
Khi sắp chết, Trạng có ghi vào gia phả và dặn con cháu rằng:
- Bình sinh ta có một tấm bia đá sẵn và đã sơn kia. Khi ta nhắm mắt rồi, chúng bay phải nhớ, hễ hạ quan tài xuống phải để tấm bia đá ấy lên nắp rồi sẽ lấp đất sau. Hễ khi nào có người lạ đến viếng mộ ta mà nói rằng "Thánh nhân mắt mù” thì phải lập tức mời người ấy về nhà, yêu cầu họ để hướng lại ngôi mộ cho ta. Chúng bay phải nhớ và canh chừng, chớ không được cải cát. Nếu trái lời ta, dòng dõi về sau sẽ suy đồi lụn bại".
Con cháu nghe lời, làm y như đã dặn. Cách đó 50 năm sau, một hôm có một người Tàu đến nhìn ngôi mộ Cụ một lúc rồi nói rằng:
- Cái huyệt ở đằng chân sờ sờ thế kia mà không biết lại tự đem để mả thế này. Vậy mà thánh nhân cái gì đâu, hay là Thánh nhân mắt mù đó.Người trong họ nghe được, chạy về cho ông trưởng tộc hay. Ông này vội vàng ra đón người Tàu kia về nhà, xin để xoay ngôi mộ kia lại. Khi tiếp chuyện, mới hay người này là một nhà phong thuỷ trứ danh ở Trung Quốc vừa sang. Ông ta sở dĩ lại đây là muốn được xem di tích của cụ Trạng, vì bấy lâu ông ta vẫn nghe tiếng đồn về Trạng. Khi nghe nói, ông ta sẵn lòng sửa lại ngôi mộ cho, và hiu liu tự đắc cho mình là giỏi hơn Trạng Trình.
- "Với Cụ trạng thực ra chỉ nghe người ta đồn chớ đến nơi được thực mục sở thị, có gì là giỏi đâu”.
Ông ta bảo :
Không cần phải đem đâu xa cả, chỉ đào lên rồi xoay lại và nhích đi một chút là được. Ông trưởng tộc cả mừng, tụ họp con cháu lại đưa thầy địa lý Tàu ra để lại ngôi mộ. Khi đào đến tấm bia đá, ông thầy Tàu lấy làm lạ, lại sẵn tính hiếu kỳ, ông bảo đem rửa sạch xem có những gì vì khi đó, những lớp sơn cũng đã mục rồi. Con cháu Cụ vì tôn trọng thầy nên cũng phải chiều lòng.
Khi tấm bia được rửa sạch đem lên, mới thấy mấy câu thơ sau này hiện ra:
Ngũ thập niên tiền mạch tại đầu,
Ngũ thập niên hậu mạch quy túc,
Hậu sinh nhĩ bôi ná năng tri ?
Hà vị thánh nhân vô nhĩ mục ?
Có nghĩa là :
Ngày nay mạch lộn xuống chân,
Năm mươi năm trước mạch dâng đằng đầu.
Biết gì, những kẻ sinh sau ?
Thánh nhân mắt có mù đâu bao giờ ?
Khi xem tới bài thơ trên đây, ông thầy Tàu lúc đó mới phục Trạng là một vị Thánh thật, tiên tri thật, nếu không, sao biết được những lời mình sẽ nói. Quả thật mình chỉ xứng đáng là học trò Cụ thôi.
Cũng khi sắp mất, Trạng có giao cho con cháu một cái ống tre sơn son thếp vàng gắn bít hai đầu và dặn đến đúng năm tháng ấy ngày giờ ấy, phải để cái ống ấy vào kiệu rước lên dinh Tống Đốc Hải Dương, trao cái ống này cho quan thì sẽ cứu vãn được tình thế gia đình nhưng tuyệt đối không được ai mở xem, trừ quan Tổng đốc.
Cái ống tre ấy truyền đến người cháu 7 đời cụ, mới rước lên Dinh quan Tổng đốc, đúng vào ngày giờ đã ghi trong gia phả. Khi quan mở ống, thấy một cuộn giấy, ngài rút ra xem thấy có hai câu chữ nho:
Ngã cứu nhĩ thượng lương chi ách,
Nhĩ cứu ngã thất thế chi bần
Nghĩa là :
Ta cứu mày khỏi sà nhà đổ,
Mày cứu ta cháu bảy đời nghèo.
Đang lúc bận việc, quan Tổng Đốc thấy hai câu nói xấc xược gọi quan bằng mày ấy, ngài cả giận sẵn cầm chiếc quạt, ngài đứng dậy chạy lại định đánh người cháu Cụ. Nhưng vừa bước khỏi sập, chiếc sà nhà đã từ ngay trên đỉnh đầu đổ rớt xuống đánh rầm một cái. Phúc bảy mươi đời, ngài mới bước ra, nên không sao.
Quan Tổng Đốc lúc đó mới giật mình, hiểu rõ Cụ Trạng đã cứu cho mình khỏi cái chết bất đắc kỳ tử. Quan phải ân cần xin lỗi người cháu Cụ, mời về tư thất thế đãi cơm rượu, rồi đưa một số tiền ra giúp, để cứu vãn cho gia đình con cháu Cụ khi đó đang lâm vào hoàn cảnh cực kỳ túng thiếu.
Tục truyền năm Minh mạng thứ 14, quan Doanh Điền sứ là Nguyễn Công Trứ đi khai khẩn ở vùng Hải Dương. Một hôm ông thấy cần thiết phải đào một con sông ở làng Cụ. Nhưng nhặt cái nếu đào như ý định, phải phá đền thờ Cụ Trạng đi. Dân làng ra xin không được. Ông Trứ cho là mình vâng mệnh nhà vua, nhà vua lớn hơn còn phong sắc cho bách thần, huống chi là Trạng. Thế rồi, ông ra lệnh cho dân phu phải lập tức phá ngôi đền thờ Cụ để nhường chỗ đào sông.
Khi sai người đào đem bát hương ra, ông Trứ thấy ở dưới bát hương có một tấm bia bằng đá phủ vải điều.
Ông ta sai giở tấm vải ra thì thấy mấy câu sau:
Minh Mạng, thập tứ,
Thằng Trứ phá đền.
Phá đền thời phải làm đền ,
Nào ai đụng đến Doanh điền nhà bay.
Đọc mấy câu thơ nầy, Nguyễn Công Trứ sợ toát mồ hôi, liền phải sửa soạn lại đền thờ cho Cụ, và không dám nghĩ đến việc phá đền để đào sông nữa.
Năm Tân Mão (1771), niên hiệu Cảnh Hưng thứ 32 đời vua Lê Hiển Tông, từ một chân tuần biện lại ở Vân Đồn, Nguyễn Nhạc được hai anh em Huệ và Lữ đứng bên chiến đấu trong 7 năm, nhảy một bước lên ngai Thái Đức Hoàng Đế (1778)…
Trong Sấm Trạng Trình, đoạn 5, có hai câu:
Hà thời biện lại vi vương
Thử thời Bắc tận, Nam trường xuất bôn.
Có nghĩa là: khi nào kẻ biện lại làm vua thì đó là lúc miền Bắc mất mà miền Nam cũng phải chạy dài.
Và quả thật, trong lịch sử Việt Nam chỉ có một người từ chức biện lại lên làm vua, đó là Nguyễn Nhạc thì từ đó tình hình Việt Nam xẩy ra theo đúng lời sấm nói trên. Đó là cuộc chiến tranh giữa Tây Sơn và chúa Nguyễn ở trong Nam nổi dậy. Không bao lâu quân Tây Sơn thắng trận, tiêu diệt chúa Nguyễn rồi thừa thắng đem binh ra diệt luôn chú Trịnh ở Bắc, Tây Sơn trả lại quyền cho nhà Lê. Vua nhà Lê từ đó thoát khỏi nạn chúa Trịnh chuyên quyền. Nhưng sau khi vua Hiền Tông mất, ra Chiêu Thống lên ngôi, dòng dõi chúa Trịnh lại trở về. Nhà vua phải mật triệu Nguyễn Hữu Chỉnh Ở Nghệ An ra giúp. Chỉnh đem binh ra đánh đuổi và dẹp tan đám con cháu chúa Trịnh còn sót lại. Vua Chiêu Thống giữ Chỉnh Ở lại để giúp mình. Nhưng Chỉnh lại chuyên quyền và ra mặt để chống với Tây Sơn.
Nguyễn Huệ thấy vậy liền sai tướng là Vũ Văn Nhậm đem binh ra đánh Chỉnh. Quân Nhậm tiến gần Thăng Long. Chỉnh đem vua chạy trốn. Nửa đường Chỉnh bị Nhậm bắt sống. Còn vua thì thoát nhưng phải giả dạng là thường dân giấu ấn tín trong mình để chạy... Trong thời "biện lai vi vương" không những miền Bắc bị diệt, mà miền Nam cũng phải bôn ba chạy trốn, không những chạy trốn một lần mà là nhiều lần. Dòng sử sau đây cho ta biết về điều đó:
"Ngay lúc đầu chúa Nguyễn bị quân Trịnh do tướng Hoàng Ngũ Phúc đuổi phải chạy vào Quảng Nam nương náu chưa được vài tháng ở Bến Ván; tại đây chúa lập cháu là Nguyễn Phúc Dương lên làm Đông cung để lo khôi phục và phòng xa nếu mình bị rủi ro đã có người kế vị ngay cho kịp với thời cuộc. Tây Sơn vẫn tiến lên, quân Bắc vẫn đi xuống, chúa Nguyễn bị kẹt giữa hai gọng kìm, trốn tránh vào Trà Sơn sau rốt phải cùng cháu là Nguyễn Phúc ánh xuống thuyền chạy về Gia Định...".
Khổ 3 của bài sấm có 4 câu:
Chấn cung xuất nhật
Đoài cung vẫn tinh
Phụ nguyên trì thống
Đế phế vi dinh
Nghĩa là:
Mặt trời mọc ở phương Đông
Ngôi sao sa ở phương Tây
Họ Nguyễn làm vua
Vua bị rút xuống làm dân thường
Theo bát quái thì Chấn thuộc về người trên. Ý muốn nói người anh nhà họ Nguyễn tức Nguyễn Nhạc sẽ dấy nghiệp. Sao sa ở phương Tây ý nói nhà Tây Sơn xuất hiện.
Sau đó là khổ 5 đã nói ở bài trước về Nguyễn Nhạc để rồi chuyển sang khổ 7 với 2 câu:
Bao giờ trúc mọc qua sông
Mặt trời sẽ lại đỏ hồng phương Tây
Hai câu này ứng với việc Tôn Sĩ Nghị đem quân sang cướp nước ta. Khi quan sông Nhị Hà, Nghị chia đồn đóng ở những bãi cát rộng lại sai làm cầu phao ở trên sông đề đi lại cho tiện. Trúc mọc qua sông là nói cầu phao làm bằng tre vậy. Chính sau trận Đống Đa lịch sử, Tôn Sĩ Nghị phải kéo quân qua cầu phao sông Nhị Hà này "xô đè lên nhau mà chết, thây xác gây nội nghẽn sông" mà Nguyễn Huệ đã mở ra một triều đại mới của nhà Tây Sơn ứng với hai câu:
Bao giờ trúc mọc qua sông
Mặt trời sẽ lại đỏ hồng ph ương tây.
Đến khổ 8 là:
Đoài cung một sớm đổi thay
Chấn cung sao cũng sa ngay chẳng còn
Dầu cha lộn xuống chân con
Mười bốn năm tròn hết số thì thôi.
Ý nói Nguyễn Nhạc suy yếu, Nguyễn Huệ nổi lên (trong kinh dịch, Đoài Cung là phương Tây chỉ em còn chấn cung là phương Đông chỉ người anh). Chữ Quang (trong Quang Trung) có chữ tiểu Ở trên, còn chữ Cảnh (trong Cảnh Thịnh) lại có chữ tiểu ở dưới. Cảnh Thịnh là niên hiệu của Nguyễn Quang Toàn (con vua Quang Trung). Hai đời này vừa được mười bốn năm vì thế mới có câu: Đầu cha lộn xuống chân con Mười bốn năm tròn hết số thì thôi.
Mở đầu khổ 7 là hai câu thơ:
“Chim Bằng cất cánh về đâu?
Chết tại trên đầu hai chữ Quận Công”
Nguyễn Hữu Chỉnh, một danh tài đất Bắc Hà thường tự hào và cho rằng: "Nhân tài xứ Bắc chỉ có một mình tôi”. Nguyễn Hữu Chỉnh thường ví mình có chí cả như chim Bằng. Người đương thời gọi là “Cống Chỉnh”.
Lúc đầu Nguyễn Hữu Chỉnh đến làm thuộc hạ của Hoàng Ngũ Phúc, một viên lão tướng đại tài của chúa Trịnh. Sau khi Ngũ Phúc mất, Chỉnh lại theo con nuôi của Phúc là Hoàng Đình Bảo, phò Trịnh Cán (con thứ của Tĩnh Đô Vương Trịnh Sâm và thứ phi Dạng Thị Huệ, tục gọi là bà Chúa Chè). Phủ chúa Trịnh có loạn Kiêu binh, phế Trịnh Cán, giết Hoàng Đình Bảo, lập Trình Khải lên ngôi chúa, Nguyễn Hữu Chỉnh liền bỏ Trịnh sang đầu Tây Sơn, và dâng lên vua Tây Sơn bài sách “Phù Lê diệt Trịnh”.
Nhờ bài sách này mà nhà Tây Sơn đã áp dụng một chiến thuật mềm dẻo, đưa đất Bắc Hà sang một khúc quanh lịch sử quan trọng.
Sau khi diệt được quân của chúa Trịnh, Nguyễn Huệ đem các thuộc hạ như Nguyễn Hữu Chỉnh, Vũ Văn Nhậm... vào cung Văn Thọ vấn an vua Lê. Vua Lê phong cho Nguyễn Huệ làm chức Nguyên Soái Dục chính Phù Vân Uy Quốc Công, Nguyễn Huệ có ý bất mãn, nhưng nhờ Nguyễn Hữu Chỉnh khéo léo nên Nguyễn Huệ nguôi cơn giận. Vua Lê lại đem người con gái út là Ngọc Hân Công Chúa lúc bấy giờ mới mười sáu tuổi, tài sắc vẹn toàn, lại có tài văn chương thi phú gả cho Nguyễn Huệ.
Vua Lê mất, Nguyễn Huệ tôn cháu là Hoàng Tôn Lê Duy Kỳ được ngôi vua lấy hiệu là Chiêu Thống. Khi quân Tây Sơn rút về Nam, nghe theo đề nghị của Vũ Văn Nhậm (Nhậm thường hay ghét Nguyễn Hữu Chỉnh về tính tình kiêu căng tự phụ), Nguyễn Huệ bỏ Chỉnh lại đất Bắc. Chỉnh hoảng hốt đem gia nhân chạy theo quân của Nguyễn Huệ. Đến Nghệ An, Chỉnh bắt kịp đạo quân của Nguyễn Huệ, Nguyễn Huệ tìm cách vỗ về Chỉnh và khuyên nên ở lại Nghệ An để phòng mọi bất trắc của dân tình đất Bắc Hà, nhưng bên trong lại ngầm truyền lịnh cho Vũ Văn Nhậm theo dõi mọi hành động của Chỉnh, vì Nguyễn Huệ biết trước sau gì Chỉnh cũng mưu phản. Chỉnh không theo sát được Bắc Bình vương Nguyễn Huệ, biết mình đã bị bỏ rơi, tiến thoái lưỡng nan. Tuy nhiên, Chỉnh vốn là tay mưu trí giỏi, tìm những người tài trí lưu vong, quyết tâm tích thảo dồn lương, gây thanh thế để chiếm đất Nghệ An, gặp lúc vua Lê Chiêu Thống bị con cháu của chúa Trịnh là Trịnh Bồng, thừa kế tiên phụ giữ chức Ấn Đô Vương áp bức. Vua Chiêu Thống liền phái sứ giả vào triệu Nguyễn Hữu Chỉnh ra dẹp loạn Bắc Hà. Cơ hội ngàn năm một thuở đã đến, Chỉnh ra đất Bắc dẹp được yên Trịnh Bồng và được vua Lê phong chức Bình Chương Quân Quốc Trọng Sư Đại Tư Đồ Bằng Trung Công.
Chỉnh lại chiếm Trịnh phủ làm Đại bản doanh, xin vua Lê phong cho con là Nguyễn Hữu Dụ làm Thế tử cắt đặt những tay chân bộ hạ vào những chức vụ trong triều Lê và ngoài các biên trấn. Các quan lại thuộc hạ của Chỉnh lại tâu vua Lê phong cho Chỉnh tước Nhất Tự Công, được mở phủ quân Võ Thành, đúc ấn riêng và lập Khu mật viện. Khi đã nắm trọn binh quyền trong tay, Chỉnh bắt đầu quyết đoán mọi việc, không thèm hỏi ý kiến vua Chiêu Thống. Thế là vua Lê vừa thoát được nạn Trịnh Bồng lại lọt vào tay lộng thần Cống Chỉnh. Đất Bắc Hà lại một phen nữa khổ sở lầm than, vua Lê làm bù nhìn chỉ còn biết âm thầm đau khổ.
Vũ Văn Nhậm được mật lệnh của Bắc Bình Vương theo dõi mọi hành động của Chỉnh, rồi mật tấu về Nam. Nguyễn Huệ, sau khi hội nghị quân sự tại Quảng Nam đã nêu lên các tội tình của Chỉnh như họ Trịnh ngày trước ôm chân vua Lê mà lộng quyền. Thế là Bắc Bình Vương Nguyễn Huệ ra lệnh cho các tướng như Ngô Văn Sở, Phan Văn Lân ra Nghệ An họp với Vũ Văn Nhậm mở cuộc Bắc phạt bắt Nguyễn Hữu Chỉnh tử tội. Nguyễn Hữu Chỉnh bị bại trận và bị bộ tướng của Vũ Văn Nhậm là Nguyễn Văn Hoà bắt được tại núi Tam Tầng, thuộc huyện Việt Yên, tỉnh Bắc Giang. Chỉnh bị bỏ vào cũi mang về Thăng Long nạp cho Vũ Văn Nhậm. Riêng con của Chỉnh là Nguyễn Hữu Dụ bị bắt và bị chặt đầu ngay tại chỗ.
Còn Nguyễn Hữu Chỉnh thì bị Vũ Văn Nhậm phanh thây, thế là: Chim Bằng đã gãy cách, sau những ngày hưởng thụ vinh sang tột đỉnh, đúng theo lời tiên tri của Trạng trình Nguyễn Bỉnh Khiêm: “Chết tại trên đầu hai chữ Quận Công”.
Khổ 9 bắt đầu bằng hai câu :
“Phụ Nguyên chính thống hẳn hoi
Tin dê lại mắc phải mồi đàn dê”
Theo chiết tự thì đầu chữ phụ ghép với chữ Nguyên thành chữ Nguyễn. Ở đây muốn nói đến nhà Nguyễn: Khi Nguyễn ánh (Gia Long) nhờ Bá Đa Lộc cầu viện nước Pháp là đã làm cho người Pháp chú ý đến Việt Nam và thực chất là cửa đã mở để cho tư bản Pháp tràn vào Việt Nam. Dê đây chính là Dương nhân (người Tây Dương). Và từ đó dần dần nhà Nguyễn cũng mất chủ quyền về tay người Pháp.
Bốn câu của khố 10 :
"Để loài bạch quỷ Nam xâm
Làm cho trăm họ khổ trầm lưu ly
Ngai vàng gặp buổi khuynh nguy
Gia đình một ở ba đi dần dần".
Hai câu đầu ám chỉ việc thôn tính của người Pháp ở Việt Nam (Bạch quỷ: bọn quỷ da trắng) làm cho dân chúng muôn vàn khổ sở. Hai câu tiếp theo là nói vương quyền nghiêng ngả, khuynh nguy.
Dẫn đến việc trong bốn vị vua của nhà Nguyễn thời bấy giờ chỉ còn một người được tại vị yên ổn còn ba người kia bị mất ngôi, xa xứ, lưu đầy. Đó là các vua Hàm Nghi bị đày sang Alge'rie, Thành Thái và Duy Tân bị dày sang đảo Reúnion, chỉ còn lại một mình Khải Định ở lại làm vua kế nghiệp nhà Nguyễn ứng với câu: gia đình một ở ba đi dần dần.
Trở lại hai câu sau của khổ 9 :
"Phục lòng Chỉnh chích u mê
Thập trên tứ dưới nhất đè chữ tâm".
Theo chiết tự thì chữ Đức gồm có chữ thập ở trên, dưới là chữ tứ, dưới nữa là chữ nhất trên chữ tâm. Kết hợp với chữ Dục ở đầu câu trên ở đây người ta cho rằng nói về vua Dục Đức.
Theo lịch sử, Vua Tự Đức không có con trai, nuôi ba người cháu làm con nuôi: Dục Đức, Chánh Mông, Dưỡng Thiện. Tờ di chiếu nói lập Dục Đức nối ngôi và cử Trần Tiễn Thành, Nguyễn Văn Tường, Tôn Thất Thuyết làm phụ chính.
Trong di chiếu có một đoạn rằng Dục Đức mắt cố tật, tính ham chơi, e không được việc lớn, những nước cần phải có vua lớn tuổi nên phải lập con trưởng. Trong ngày cử lễ tấn tôn, Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết vịn vào câu đó mà truyền bãi chầu để định đoạt lại. Ba hôm sau lại thiết triều, Nguyễn Văn Tường tuyên bố phế Dục Đức. Triều đình không ai dám nói gì, duy có Ngư Sử Phan Đình Phùng đứng lên phản đối thì liền bị Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết bắt giam và cách chức đuổi về.
Em ruột vua Tự Đức là Lạng Quốc Công Hồng Dật được lập lên làm vua, niên hiệu là Hiệp Hoà: Dục Đức thì bị đem giam một nơi, về sau không được ăn uống gì mà chết.
Có giai thoại kể rằng: Tổng đốc Hải Dương có lần về thăm quê Trạng Trình. Trong lúc đi dọc sông Tuyết Giang, thấy có ngôi mộ lớn đang có nguy cơ sụp lở, quan xem xét cẩn thận mới biết là mộ của thân phụ Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm.
Vị quan Tổng đốc hết sức ngạc nhiên bởi Trạng Trình là thầy lý số hàng số 1 mà sao lại đặt mộ bố ở chỗ thế này, ông bèn bàn bạc với con cháu Trạng Trình và quyết định di dời lại ngôi mộ vào chỗ khác, ngầm ý muốn sửa lại lỗi xưa của Trạng Trình. Nào ngờ khi đào đến gần hộp quách, phát hiện thấy có tảng đá lớn, lật lên xem thì thấy tấm bia khắc hai dòng chữ: “Bát thập niên tiền khi chung vũ tả/Bát thập niên hậu khí nhập ư trung”, nghĩa là: Tám mươi năm trước khí tốt bên trái/Tám mươi năm sau khí tốt rời vào trong!