Chúng ta thấy rằng triều Nguyễn cũng không đem lại một chút mới mẻ nào trong quan niệm về thần linh. Hệ thống văn hoá mà họ thu nhận, và cả suy nghĩ của khối dân chúng đa số, nghĩ về hình ảnh những thần linh đã có những khuôn mẫu rõ rệt được vạch sẵn. Nhưng khuôn mẫu đó bị một tôn giáo mới đe doạ làm nứt rạn từ lúc nó mới du nhập Đại Việt vào thế kỉ XVI, và đã gây xung đột trực tiếp với quan niệm chính thống ngay ở trung ương vào những năm cuối thế kỉ XVIII, đầu thế kỉ XIX khi nhà Nguyễn còn ở Gia Định. Thiên Chúa Giáo đang muốn đem một hệ thống thần linh mới – ít ra thì đây cũng là cách nhìn của dân chúng hiểu qua sự rao giảng của giáo sĩ – theo đó đã khêu gợi, mời gọi dân chúng mơ ước về một vùng trời linh thiêng khác, gây nguy hại đến chính quyền khiến cho phản ứng chống đối, “trở về nguồn” là phù hợp với đòi hỏi của thời đại, đồng thời với việc củng cố quyền bính thống nhất. Trong chiều hướng đó là sự xác định lại những gì đã thành hình theo khuôn khổ như lệnh năm 1841 nói rõ: “Liễu Hạnh Công chúa và các vị thần đã phong tước rồi... cứ để như cũ.”(1)
Có điều trong khi tập họp, bố trí lại hệ thống thần linh xưa cũ theo hướng tập trung quy chiếu về một trung ương mới – có sự thay đổi thủ đô – nhà Nguyễn đã tìm cách chặn đứng một tình trạng thần linh cát cứ có thể ảnh hưởng đến quyền uy thế tục của mình. Ý thức rõ hơn về địa vị con-Trời theo sau chiến thắng khiến các vua Nguyễn thấy mình phải có địa vị cách biệt hơn đối với các thần linh của các triều trước. Từ 1804, họ đã buộc Bắc Thành khai danh sách các thần hiệu để quy định ai được giữ, ai phải bỏ.(2) Và đến lệnh năm 1841 trên: “Khi trước hiệu thần là Đại Vương, Thánh Phi, Công Chúa, Công Hầu, Quý Phủ, bây giờ theo nghĩa hoặc đổi ra Tôn thần, hoặc đổi ra Chi thần... Phủ quân... Phu nhơn”. Lệnh là chung cho “các tỉnh” khắp nước, nhưng các Đại Vương, Công Chúa rõ ràng là đầy dẫy trên kinh đô cũ, nên lệnh đó cũng có nghĩa là ngăn cấm và đề phòng tình trạng tự phong ở địa phương Đàng Ngoài, tuy nhắm vào cõi thiêng mà gợi ra những tham vọng của những kẻ muốn làm sứ quân, có khuynh hướng cát cứ được tăng lên với sự thất thế mới vừa xảy ra. Thần đã phải xuống cấp theo với sự mất ngôi của nhà Lê.
Ở mức độ sa sút nhiều hơn vì mang những điều kiện lịch sử lâu dài, sâu xa hơn là trường hợp thần Hậu Thổ Thiên Y. Không còn là vị thần bảo vệ vương quyền, đất nước thuộc loại cao cấp từ khi khuynh hướng phụ hệ Nho Giáo lấn lướt ở chốn triều đình, thần Thiên Y (cũ) mang lốt Hậu Thổ hẳn tồn tại nhờ thói tục quen thuộc, có phần nào nhờ ảnh hưởng sự hiện diện của người Chàm đến thế kỉ XVI ở Thăng Long, mà chắc chắn hơn, là đã tồn tại bền lâu nhờ nền tảng tính chất Đất-mẹ trường cửu kéo dài theo với sự trỗi dậy của các nữ thần, như với Liễu Hạnh như đã nói. Biến chuyển này còn thấy trong tên gọi trú sở ngày nay của vị phúc thần thôn Láng Hạ: đền Ứng Thiên (Hoá Dục), đền Hậu Thổ, đình Nhà Bà, đình Láng Hạ. Dãy tên đó nói lên được diễn biến lịch sử kèm theo công năng của trú sở thần, và cái tên cuối cùng với dấu hiệu kiến trúc hiện thời là của Nguyễn(3) chứng tỏ chặng đường cuối cùng trong hình dáng cũ của vị thần danh tiếng trên “vùng đất lớn trời Nam” lạc loài ở đất Bắc, trong khi phần còn lại của thần ở nửa phía Nam đất Việt lại đầy quyền uy, sống động.
Cũng trong dịp trỗi dậy mạnh mẽ của tính nữ ở các thế kỉ XVII, XVIII mà qua thế kỉ XIX, một vị thần được quốc tế khác có thêm một bà vợ – sự kiện giống như là từ cõi vô thức của tâm hồn tập thể, người dân đã phản ứng lại các khuôn mẫu giá trị chính thống, ở đây là sự chống lại quan niệm xướng ca vô loài, quan niệm miệt thị hình thức biểu hiện nghệ thuật mà kể cả nhà nho, ai cũng ưa thích. Tổ chức hát cửa đình có dấu phồn thịnh ở thế kỉ XVII theo với sự thành lập đình, làm dịp cho những người trần tục tiếp cận với thần linh, từ đó dễ mang hơi hướng thần hoá. Cho nên, đào hát cửa đình Á Nương – cái tên chỉ có tính tượng trưng cho thời kì sau khi thành thần – sau những lần quen mặt ở đình Yên Sở, chết đi trong làng đó, được trở thành vợ thứ của Lí Phục Man.(4) Cái chết bí ẩn, hợp với chuyện của linh thiêng thật vừa tầm để ghép với ông thần sông nước đã trở thành anh hùng dân tộc khó đảo ngược được.
Cuộc hôn phối phải trải qua một lời bói toán khi một trận dịch phát ra trong làng sau lúc Á Nương chết. Ở đây, sự phong thần không phải theo thể chế quốc gia của lớp trí thức nho gia trung ương mà phát xuất từ không khí và trình độ tín ngưỡng của làng xã. Cho nên không phải ngẫu nhiên mà thần tích có gom thêm chuyện hòn đá Rùa thiêng (1789) của dòng họ Á Nương và gương mặt hình rùa của người đại biểu cuối cùng trong dòng họ này (1804), đem thêm sự thần bí, biện minh cho thế lực của vị thần mới rõ là có mang trong mình gốc rễ từ tín ngưỡng đá, rùa, gò đống... sâu vào trong thời gian.
Một sự phối hợp khác xảy ra ở đền thánh Gióng mang tính cách liên kết địa phương và phong phú hoá lễ hội với các yếu tố văn hoá nghệ thuật ở cấp độ trung ương chuyển xuống. Phần hội lễ đánh nhau chưa thấy ở Phù Đổng vào nửa đầu thế kỉ XVIII, nhưng lại thấy ở Sóc Sơn dưới hình thức cụ thể hơn, tình hình đó có vẻ không thay đổi dưới thời Lê quý – vì cũng chẳng có lí do gì để thay đổi, cho đến thời gian xảy ra những biến động đảo lộn to lớn hồi cuối thế kỉ XVIII, đầu thế kỉ XIX. Dấu vết xưa còn lại có vẻ là trò hàng phục cọp của phường Ải Lao từ Hội Xá đến tham gia: Xưa cũ không những là ngay trong ý nghĩa sinh hoạt tàng ẩn nơi trò diễn xướng (rừng rú hoang sơ) mà còn vì sự liên kết của phường với chùa Kiến Sơ (phường trú ở chùa suốt thời gian hội lễ) trong khi ông Đống đã tách ra thành một thành phần độc lập chứ không còn là ông thổ địa - Hộ pháp của chùa nữa. Cái xưa cũ khéo léo ẩn hiện sau những hình dạng mới kết tập. Lời ca của phường Ải Lao được truyền tụng là có từ thời Lí, nhưng những câu hát đưa tình mời mọc luyến ái giao hoan được sắp xếp trong khung cảnh rừng núi, lại có dáng nhuần nhuyễn thật là mới với thể lục bát, thu nhận cả những câu Kiều của Nguyễn Du ở nửa đầu thế kỉ XIX.(5) Dấu vết tính giao có lúc còn khá nguyên vẹn trong một số hội lễ trên đồng bằng Bắc Bộ, lại ẩn náu trong lễ phá trận: Tướng giặc là con gái son phấn rực rỡ đón chờ đám đàn ông, con trai hùng hục ra quân đánh bại, bắt về. Phần diễn xướng chính của lễ phá trận mang tính cách “tuồng” với cơ cấu trang phục, lề lối điều hành có dạng của thế kỉ XIX, và sự trình diễn tượng trưng có gốc gác phát xuất từ chốn triều đường, trên tầng lớp cao... Những sự phụ hội về sau đó chứng tỏ các làng xã miền Bắc đã thừa hưởng thêm từ sự tan rã của chính quyền trung ương ở Thăng Long (cuối thế kỉ XVIII), rồi Huế (cuối thế kỉ XIX) để có chủ động hơn trong việc tổ chức hành lễ ở địa phương. Họ còn tiếp tục đưa thêm vào hệ thống chung những thần mới theo quan niệm bình dân của thời đại. Điều này thấy rõ ở phản ứng trung ương, trong lệnh chỉ 1804, cho biết có những thần gốc “tinh gỗ đá... quái côn trùng.”(6) Như thế những hèm mới vẫn xuất hiện dưới thời Nguyễn vì có dấu hiệu là lệnh chỉ đã không được thi hành nghiêm túc để chặn được những lối thờ cúng riêng biệt đã kể.
Không phải chỉ có những mảng văn hoá lẻ tẻ nương theo đà hạ giá của một triều đình, đã tìm chốn ẩn trú nơi các hệ thống thấp hơn mà có khi cả những nguyên tắc giềng mối cũng được chuyển xuống cho dân chúng chấp nhận, lâu dần sẽ thành sinh hoạt của chính họ, không gây ra thắc mắc.
J. Przyluski quan sát lễ Động thổ trên một làng ở Hưng Yên, thấy trong ý nghĩa cúng tế của chức việc làng có hình thức phong thần vốn theo lí thuyết gốc phải là của nhà vua.(7) Ở đây, người hành lễ có thể cũng không hiểu hành động của mình theo cách giải thích của Przyluski, nhưng điều quan trọng phải lưu tâm là họ biết họ có tác động quyền hành đến cõi thiêng trong lễ Động thổ, dẫn đến quyền hành thế tục, bởi vì sau đó mọi người mới được cày cấy, làm vườn, xay giã... Chính cái ý nghĩa đương thời đối với họ đó đã khiến cho họ nhận ra các lễ tiết tương tự ở các vùng xa hơn dù rằng có sự lệch lạc về chi tiết, cả đến về danh xưng. Ở phía nam đất nước, giữa những khuôn mặt thần linh phồn tạp có dạng văn hoá khác, lễ Động thổ, Vía đất chỉ còn mang tính cách gia đình, cầu an (mất hẳn nghi tiết long trọng cho dù chỉ là của làng xã). Có thể cho rằng từ phạm vi đất nước to rộng, từ vị thế cao cả của người cầm đầu xứ sở mà thu hẹp trong phạm vi gia đình, một lễ tiết như thế chứng tỏ sự suy tàn của một truyền thống, nhưng sự kiện đó đồng thời cũng chứng tỏ một sự bảo lưu truyền thống dai dẳng mà tính tích cực hay tiêu cực của nó cần phải được đánh giá một cách thận trọng hơn.