Như đã thấy, dù là đất nước Đại Việt sau ngày thoát ách Bắc thuộc còn mang nặng tính chất bản xứ mà dấu vết còn rõ ở cả tầng lớp trên, nhưng tổ chức vương quyền Lí Trần vẫn phải hướng theo khuôn mẫu Trung Quốc, trong đó nho học là căn bản vì đây là một quan niệm tổ chức xã hội có hiệu quả mà tầng lớp trí thức của các hệ thống tư tưởng khác, cũng là vay mượn, không có. Nho sĩ đi tu để có chức phận theo trào lưu đương thời từ đó sẽ nắm được quyền lợi ruộng đất thiết thân, nhưng tăng sĩ, đạo sĩ bàn chuyện đất nước thì quên cả ông Phật, ông Lão Tử với các lập luận triết lí của họ. Tăng phó Nguyễn Thường can vua (1202) như một hậu thân của Khổng Tử: ”Ta nghe bài tựa Kinh Thi nói rằng âm thanh của nước loạn thì ai oán và bực tức. Nay dân loạn nước nguy, chúa thượng chơi bời không điều độ, chính sự của triều đình rối loạn, lòng dân trái lìa, đó là triệu bại vong”.
Tổ chức cai trị đất nước phức tạp khiến cho đám nội thần cung đình tuy vẫn còn mạnh vì tính chất tông tộc trị nước của Lí, Trần phải cần đến họ, nhưng ông vua cũng phải thấy đám gia thuộc của mình đã không đủ khả năng đảm đương trọng trách. Và thế là nho sĩ lên chân. Hàn lâm Đinh Củng Viên (+1294) ranh ma bêu xấu cái dốt của hoạn quan Lê Tông Giáo thuộc ti Hành khiển (1288) khiến cho Trần Nhân Tông phải bảo ông lưu thủ đất Thiên Trường (quê vua) này đem của hối lộ cho ông nho thần kia. Rồi không chỉ lấn lướt hoạn quan thất học, càng về cuối triều đại, nho thần nắm cả chức hành khiển đã trao cho hoàng tộc có học. Không phải chỉ những nông, thương phát triển đã tách một số người ra ngoài tầm tay của quý tộc Trần, mà các kì thi mở ra đã vạch đường tiến thân cho một lớp người, đưa họ vào chính quyền, vào ràng buộc mà cũng đồng thời củng cố vị trí xã hội của họ từ triều đình ra đến ngoài dân chúng. Chênh lệch địa vị đối với quý tộc còn lớn, nhưng tình thế đó đã dọn sẵn cho Trần Nguyên Đán vào cuối thế kỉ XIV nhận hai thầy đồ Nguyễn Hán Anh, Nguyễn Phi Khanh vào làm rể nhà mình trong một tình thế gượng ép mà không tỏ nổi uy quyền.
Nhưng sự thu nhận một quan niệm tổ chức cai trị theo mẫu hình phương Bắc không làm mất tính chất độc lập của Đại Việt, bởi vì cùng tiến triển với nó có những biến chuyển đưa ra sự đối kháng Đại Việt – Trung Quốc. Chính quyền Lí, Trần chống Trung Quốc tiên vàn là để bảo vệ ngay chính bản thân tông tộc họ. Lí tuyên bố – hay mượn lời thần tuyên bố: “Nam Quốc sơn hà Nam Đế cư”, còn Trần thì khăng khăng không chịu vào “chầu” Nguyên để sa vào cạm bẫy. Lời hịch tướng sĩ của Trần Quốc Tuấn không phải kêu gọi dân chúng hi sinh vì đất nước theo lối tưởng tượng ngày nay mà là để mắng mỏ tướng sĩ, gia thần quên nhục của chủ, quên cái ơn “không có áo thì (được) cho mặc, không có cơm thì (được) cho ăn”. Không đếm xỉa đến cả nô lệ, loại “người” mà ngay đến tên cũng chỉ là của súc vật: Yết Kiêu, Dã Tượng, ở đây chỉ có tương quan chủ tớ (chủ và gia thần như Phạm Ngũ Lão), nên ngay trong lời hịch có cả chứng dẫn về gương trung thành ở ngay trong hàng ngũ kẻ địch – quân Nguyên. Tuy nhiên, sự tập trung quyền lực ở Thăng Long, mặt khác, cũng tạo nên một mối liên kết xuyên suốt các giai tầng xã hội, các tập đoàn người, dân tộc lớn nhỏ trên một lãnh địa đã trở thành riêng biệt từ thế kỉ X trở đi, làm đà cho sự khác biệt với người cai trị xưa càng ngày càng tăng.
Sự tập trung quyền lực thế tục đã dẫn tới việc lần lượt tập trung các thần trong nước về kinh đô như ta đã thấy dưới triều Lí, rồi hệ thống đó lớn dần, chen thêm các nhân thần của triều đại. Tuy nhiên quan niệm về siêu nhiên biện minh cho hành động đó chưa cho thấy sự vững vàng như kinh sách đòi hỏi. Các ông vua, qua kiến thức nho học tự mình thu nhận hay do các nho sĩ mớm cho, cũng biết đến một quan niệm về một ông Thiên là Cha mình, nhưng ông Thiên ấy còn lẫn lộn với ông Trời – hay một ông (bà) thần có quyền lực hơn hết nào đó mà họ biết đến trong đời sống thường nhật. Ông Trời mang danh hiệu trí thức hoá là ông Thiên vẫn còn là ông Trời hàng ngày trong tâm trí các vua, các triều thần.
Ta hãy nhìn lại sự thờ cúng vị thần bảo trợ tối cao của Lí, Trần. Tô Lịch không được chọn dù Lí đã phong là Quốc đô Thành hoàng Đại vương, vì dấu hiệu nhân thần rõ rệt. Các ông thần khác của Thăng Long và chung quanh cũng không được chọn hoặc vì là gốc nhân thần – nghĩa là không mang tính cách siêu linh tự thân – hoặc tuy cũng là gốc nhiên thần nhưng đã bị truyền thuyết hạ xuống địa vị thần tử, nhân hoá. Cả đến thần Tản Viên sừng sững phía bắc kinh thành cũng bị loại, vì theo ghi chép của Tăng Cổn (thế kỉ IX), ông thần này đã thành rể một ông vua trần tục. Người ta chỉ dành địa vị bảo trợ vương quyền cho một ông thần – cũng là thần núi – ở phương Nam. Có phần chắc rằng thần Đồng Cổ là thần bảo trợ của kinh đô Hoa Lư được rước về đô mới để làm người chủ trì chứng giám lời thề của mọi người trong nước, sau khi làm người chứng giám thề bồi của các tập họp người trên vùng kinh đô của các vua Đinh, Lê. Danh hiệu “Thiên hạ minh chủ thần” có trước tước Đại vương của Lí Thái Tông phong thêm chứng tỏ nhiệm vụ, vai trò của Thần ở địa phương cũ.
Ta thấy Toàn thư ghi lại hai lần về lễ thờ: lần đầu, sau loạn Tam vương (1028) với lời thề “làm con bất hiếu, làm tôi bất trung, xin thần minh giết chết”, lần 2 (1227), lúc họ Trần củng cố quyền lực, ta chỉ thấy có lời thề của các quan bị ràng buộc vào nhiệm vụ: “Làm tôi hết lòng trung, làm quan trong sạch...” Lời ghi của Lê Tắc thuộc về kí ức trước năm hàng Nguyên (1285) có chi tiết về thành phần tham dự chứng thực nội dung lời thề trên: “Mồng 4 tháng 4, người trong dòng họ, quan cận thần hội tại miếu Sơn thần thề trung thành với vua...” Sử kí cho biết dân chúng chỉ là thành phần đứng ngoài nhìn: “Ngày hôm ấy, trai gái bốn phương đứng chật ních ở cạnh đường để xem, cho là ngày hội lớn”.
Gốc tích của Thần trong thể thức (uống máu) ăn thề chứng tỏ đây là một hội thề bộ lạc, làng xóm được nâng lên cấp bực trung ương. Thế mà tuy là ngày hội lớn, hội vẫn không đạt được nội dung cao cấp của một vương quyền Nho Giáo đòi hỏi, vì có sự mâu thuẫn trong quan niệm về quyền lực thiêng liêng bảo vệ vương quyền: Thần do vua phong lại bảo vệ chính nhà vua và dòng họ. Hội lễ được tiếp tục vì là một thói quen sinh hoạt lâu dài nhưng diễn biến tư tưởng từ đầu thế kỉ XI, như đã nói, đã gây ra sự tranh chấp, xung khắc cũ mới trong lúc bản thân Thần lại đi vào ngõ cụt. Tuy Lê Tắc viết về Thần sau nhiều năm lưu lạc ở Trung Quốc, chắc cũng phai lạt sự tôn kính lúc còn ở quê nhà, nhưng lời ghi nhạt nhẽo “thần núi” đã biểu lộ được khía cạnh sa sút uy thế của Thần mà ta có thể thấy được khi xét đến các yếu tố khác.
Thần Đồng Cổ ở phương Nam được sùng kính cũng là theo khuynh hướng bẩm sinh của con người đối với núi non, nhưng chinh căn bản của sự ngưỡng vọng đó đã khiến cho Thần thất thế ở Thăng Long. Thần “di cư” về nơi ở mới, nhưng dù là được rước mời, có đền miếu làm trụ sở, có quang cảnh rộn ràng mang tính nghiêm túc của lễ hội, tất cả cũng không đủ bù đắp lại trong lòng người sự sùng bái khích động từ quang cảnh hùng vĩ, ghê rợn, âm u của ngày xưa, ở nơi ngự trị cũ. Thần đến giữa một tập đoàn người vốn đã có khá nhiều thần riêng của họ, có những mối bận tâm thế tục của một kinh đô đầy dẫy biến cố thu hút mọi người, theo những sự kiện không ngừng gây chú ý. Nội dung thần làm chủ vua, chủ nước (của vua) như quan niệm cũ, phải mất dần để thay thế vào đó là một vị thần đặc biệt của vua sai phái, xem xét hành vi của bầy tôi phục vụ vua ở trần thế. Cho nên trong các lần phong tặng, Thần đã được phong theo lối đồng loạt, không cho thấy có dấu hiệu quan tâm đặc biệt gì so với các thần khác trong các năm 1285, 1288, 1313. Tuy nhiên, ít ra là theo nguyên tắc của Nho Giáo, Trần đã tiến thêm một bước so với Lí vì phần lớn các thần được thờ cúng dưới đời Lí không mang một tôn hiệu nào hết, nghĩa là Trần đã có ý thức mình là chủ thần linh.
Những năm được ghi này còn mang ý nghĩa quan trọng khác, vì các năm 1285, 1288 là những năm họ Trần đã vượt qua được sự thử thách an nguy đến tột đỉnh để có năm 1313 như một xác nhận đề phòng kiêu hãnh. Sự khu biệt chính trị dẫn đến sự khu biệt văn hoá trong chừng mực địa phương hoá những tiếp nhận cũ, ngăn trở một phần những tiếp nhận mới và khai thác những yếu tố tưởng đã mất đi từ lâu, dần dà nổi lên lại với những dạng hình rõ rệt hơn. Tất cả đã hiện diện trong tranh chấp, hoà hoãn, tạo nên một sắc thái sinh hoạt tinh thần riêng biệt mà nổi bật là tính tự tôn dân tộc rồi sẽ lên đến đỉnh cao với những biện minh lí thuyết và thành tựu thực tế từ trung ương đến địa phương.