Ở Tây Phi, đế quốc Mali phát triển hùng mạnh nhờ kiểm soát hoạt động buôn bán vàng. Ở miền Đông, đế quốc Ethiopia theo đạo Ki-tô bị cô lập do sự bành trướng của đạo Hồi.
Năm 1240, vua Sundiata Keita cai trị vương quốc Malinke nhỏ bé ở Tây Phi đã làm sụp đổ nước Ghana và thành lập một nước mới gọi là Mali. Ông thành lập một nhà nước được tổ chức chặt chẽ, sở hữu các vùng đất canh tác màu mỡ cạnh sông Niger. Dưới sự trị vì của vua Sundiata, Mali kiểm soát hoạt động buôn bán vàng và trở nên giàu có, hùng mạnh. Nhiều tuyến đường qua sa mạc Sahara dành cho các đoàn thương gia chở hàng bằng lạc đà đều dẫn tới những thành phố xinh đẹp của Mali như Koumbi Saleh, Djenne và Timbuktu.
Các thành phố thương mại của Mali xuất khẩu ngà, vàng và nô lệ sang thế giới Hồi giáo, tới Venice và Genoa ở châu Âu. Đổi lại, họ nhập muối, vải vóc, đồ gốm, thủy tinh, ngựa và đồ xa xỉ. Timbuktu và Djenne trở thành các trung tâm học vấn, nơi người Hồi giáo sống lẫn với người châu Phi. Thành phố Timbuktu có một trường đại học và 100 trường học. Đế quốc Mali đạt đỉnh cao sức mạnh và cũng trở thành một nước Hồi giáo dưới sự cai trị của Mansa Musa (1307–1337), cháu gọi Sundiata bằng ông. Nhà vua đã hành hương tới thánh địa Mecca vào năm 1324, mang theo 500 nô lệ và 90 con lạc đà chở vàng. Năm 1325, Mali chinh phục vương quốc Songhai ở vùng hạ lưu sông Niger nhưng năm 1464, Songhai tuyên bố độc lập. Mali bắt đầu suy yếu vào năm 1350, và đến năm 1500 thì bị Songhai thôn tính.
Ở Đông Phi, quốc gia Axum lâu đời sụp đổ vào khoảng năm 1000. Ethiopia (Abyssinia) do triều đại Zagwe của người Do Thái sáng lập vào khoảng năm 1137. Phần lớn người Ethiopia theo đạo Ki-tô nhánh Copt. Giáo hội của họ bị cô lập trước sự bành trướng của đạo Hồi nhưng vẫn giữ quan hệ với đạo Ki-tô thông qua một tu viện của người Ethiopia ở Jerusalem. Năm 1190, Lalibela lên ngôi hoàng đế Ethiopia, dời đô khỏi Axum và xây thủ đô mới ở thành phố Roha thần thánh, sau này được đổi tên là thành phố Lalibela để tôn vinh nhà vua.
Năm 1270, Yekuno Amlak lập ra triều đại Solomon, triều đại tự xưng là hậu duệ của vua Solomon và nữ hoàng xứ Sheba. Đế quốc Ethiopia bành trướng lãnh thổ sang các vùng núi Đông Phi, thâu tóm nhiều bộ lạc. Đây là nước duy nhất không bị các nước khác nhòm ngó trong một thời gian dài, tách biệt với thế giới bên ngoài vì địa hình núi bao quanh. Tuy nhiên, sau khi phát triển mạnh nhất vào thế kỷ XIV và XV, nước này có những bất hòa nội bộ vào thế kỷ XVI. Đối với châu Âu thời Trung đại, Ethiopia được coi là một vương quốc Ki-tô giáo bí ẩn với một nhà vua huyền thoại tên là Prester John. Haile Selassie, hoàng đế cuối cùng của Ethiopia (cai trị từ năm 1930 đến 1974), là hậu duệ của Yekuno, người sáng lập Ethiopia.
1137 Triều đại Zagwe sáng lập Ethiopia
Những năm 1190 Lalibela được xây làm thủ đô của Ethiopia
1240 Sundiata Keita lập ra quốc gia Mali
1270 Yekuno Amlak lập triều đại Solomon, Ethiopia mở rộng lãnh thổ
1307-1337 Mansa Musa, nhà vua vĩ đại nhất của Mali
1350 Mali bắt đầu dần suy tàn
Thế kỷ XIV - thế kỷ XV Đỉnh cao của văn hóa Ethiopia
Khoảng năm 1500 Songhai chinh phục Mali