Cuối thế kỷ XIX, Đông Nam Á bị thực dân Hà Lan, Pháp và Anh cai trị. Họ trở nên giàu có nhờ lợi nhuận thu được từ các loại cây trồng bằng công sức của dân bản xứ.
Đông Nam Á bị người châu Âu chiếm làm thuộc địa. Họ lập ra các đồn điền, và chiêu mộ dân bản xứ đến làm việc tại đó. Thuộc địa Đông Dương của Pháp gồm Campuchia, Lào và Việt Nam. Vào thế kỷ XIX, người Pháp đã dần xâm chiếm khu vực này, bất chấp sự đối kháng của dân địa phương. Ở Trung Kỳ của Việt Nam ngày nay (được gọi là Annam trong thời kỳ bị đô hộ), vua Hàm Nghi đã tiến hành một cuộc chiến tranh du kích cho đến năm 1888. Người Hà Lan củng cố địa vị của họ ở Indonesia từ những năm 1620. Họ kiểm soát hoạt động buôn bán của Indonesia, và từ năm 1830 họ cũng kiểm soát luôn cả nông nghiệp ở nước này. Nông dân Indonesia buộc phải trồng cây theo ý muốn của người Hà Lan, đặc biệt là cây cà phê và cây chàm (một loại cây dùng để chế thuốc nhuộm màu xanh). Đến năm 1900, phong trào dân tộc dâng cao ở Indonesia. Người Indonesia nỗ lực cải thiện nền giáo dục và giành lại một phần quyền kiểm soát hoạt động kinh doanh buôn bán.
Trước khả năng bành trướng của Miến Điện vào cuối thế kỷ XVIII, người Anh đã xâm chiếm Miến Điện và bán đảo Mã Lai vào thế kỷ XIX, vì họ muốn bảo vệ Ấn Độ, thuộc địa được xem là quý giá nhất của đế quốc Anh.
Năm 1824–1885, người Miến Điện tiến hành một loạt cuộc chiến tranh đẫm máu chống ách cai trị của đế quốc Anh, nhưng đến năm 1886, Anh đã kiểm soát toàn bộ Miến Điện và biến nước này thành một tỉnh của Ấn Độ. Phải đến năm 1937, Miến Điện mới tách khỏi Ấn Độ và giành lại chút ít tự trị.
Tại Mã Lai, tình hình yên ổn hơn vì người Anh cai trị thông qua các ông vua địa phương. Trong giai đoạn đầu của thế kỷ XIX, Công ty Đông Ấn của Anh đã lập các trạm thông thương, và năm 1826, Singapore, Malacca và Penang được thống nhất thành Các khu định cư Eo biển (Straits Settlements).
Trong những năm sau đó, người Anh tiếp tục cai trị các nước khác trên bán đảo Mã Lai và thành lập Hợp bang Mã Lai (Federated Malay States) vào năm 1896, với thủ đô là Kuala Lumpur. Nhu cầu về cao su tăng mạnh vào thế kỷ XIX, nhưng nguồn cung cấp cao su chỉ có duy nhất ở Nam Mỹ. Người ta đã lấy hạt giống cao su từ Brazil đem về ươm tại Vườn Kew ở London. Năm 1877, 2.000 cây cao su non được phân phối cho các nước như Ceylon (Sri Lanka), Malaysia và Indonesia, và cao su đã sinh trưởng mạnh tại những nước này.
Trong những năm 1880, các kỹ sư, chuyên viên vẽ bản đồ địa chính và kiến trúc sư người Anh đã giúp xây dựng đường sắt, cầu, đường, nhà máy và các tòa nhà chính phủ ở Đông Nam Á. Họ vận dụng những kinh nghiệm rút ra từ Cách mạng Công nghiệp Anh. Hoạt động ngân hàng và đầu tư đều nhằm vào việc buôn nguyên liệu từ các thuộc địa để phục vụ cho việc sản xuất hàng chế tạo tại Anh.
Người Anh cũng tìm cách cải tiến kỹ thuật để ứng dụng trong khai thác trữ lượng lớn thiếc và các kim loại quý khác được tìm thấy ở Mã Lai và các nước khác. Khoảng cuối thế kỷ XIX, nhiều người Anh gồm các thương gia, binh sĩ, kỹ sư, nhà ngoại giao và người điều hành chính quyền tới sinh sống và làm việc ở Đông Nam Á.
1813 Công ty Đông Ấn mất độc quyền buôn bán
1819 Thomas Raffles của Công ty Đông Ấn lập Singapore làm cảng tự do
1824 Anh và Hà Lan dàn xếp lợi ích bằng hiệp ước
1859 Hải quân Pháp chiếm thành Sài Gòn
1867 Singapore và Các khu định cư Eo biển xin làm thuộc địa Anh
1877 Vườn Kew ở London ươm cây cao su bằng hạt giống lấy từ Brazil
1884-1885 Chiến tranh Trung-Pháp
1885 Theo Hiệp ước Thiên Tân, Trung Quốc công nhận sự đô hộ của Pháp ở các xứ Bắc Kỳ (Tonkin) và Trung Kỳ (Annam)
1886 Anh thôn tính Thượng Miến Điện
1887 Liên bang Đông Dương được thành lập gồm Việt Nam, Campuchia và Lào
1898 Mỹ chiếm Philippines của người Tây Ban Nha