Phần lớn châu Phi không chịu ảnh hưởng của những tác động từ bên ngoài. Ở Tây Phi có những nước mới hình thành, và các cuộc di cư đã làm thay đổi miền Nam châu Phi.
Việc dùng lạc đà để đi lại trên sa mạc Sahara dẫn tới những thay đổi lớn vào khoảng năm 100 TCN. Nhờ đó các đoàn lái buôn có thể chở hàng hóa như vàng, ngà voi, hương liệu, gia vị và nô lệ đi qua sa mạc. Các đô thị buôn bán hình thành ở Tây Phi như Jenne-jeno, Niani, Yelwa và Nok đều nằm bên bờ sông hoặc rìa sa mạc và cạnh các khu rừng nhiệt đới. Đó là thủ đô của các quốc gia châu Phi mới ra đời. Tuyến đường thương mại Bắc-Nam đi qua Meroë và Axum, vòng qua sa mạc Sahara tới các khu vực ngày nay là các nước Chad (Sát), Rwanda và Kenya.
Meroë sụp đổ vào năm 350 TCN. Axum, nằm trên bờ Biển Đỏ của Ethiopia, giàu có nhờ xuất khẩu ngà voi, đá quý và dầu thơm sang bán đảo Arập, Hy Lạp, La Mã, đã đạt thời kỳ cực thịnh vào năm 350 CN. Khoảng thời kỳ đó, vua Ezana của Axum đã tiếp thu đạo Ki-tô. Các đô thị và đại công trình bằng đá nguyên khối được xây dựng. Axum phát triển thịnh vượng cho đến năm 1000 CN.
Những người nói tiếng Bantu làm nghề nông từ Nigeria dần di cư về hướng Nam và Đông. Đến khoảng năm 500 CN, họ đã chiếm miền Trung và miền Nam châu Phi, để lại các cánh rừng nhiệt đới cho người Pygmy và sa mạc Kalahari cho thổ dân Khoisan. Ở bờ biển phía Đông châu Phi, người Bantu bắt đầu buôn bán với người Hy Lạp và La Mã.